New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4573244 | 26 (1.610) | 3 (0.190) | 3/244 | NT | 10.4% | intergenic (+8/‑129) | PP_4054/glgX | hypothetical protein/glycogen debranching enzyme |
? | NC_002947 | = 4573328 | 27 (1.750) | intergenic (+92/‑45) | PP_4054/glgX | hypothetical protein/glycogen debranching enzyme |
GCTGGCGCCCAAGGCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAG > NC_002947/4573095‑4573393 | gcTGGCGCCCAAGGCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCC > 2:45226‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcCCAAGGCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGc < 2:252290/150‑1 (MQ=255) aaGGCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTc < 2:405066/150‑1 (MQ=255) ggCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTcgc < 2:36882/150‑1 (MQ=255) ggCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTcgc > 1:115313/1‑150 (MQ=255) aGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCggg > 1:266587/1‑150 (MQ=255) gcgaAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc < 1:49017/150‑1 (MQ=255) gaagGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc > 2:411783/1‑150 (MQ=255) agGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTa < 2:68499/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAc > 2:421083/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTtcat < 2:52854/150‑1 (MQ=255) aGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATcac > 2:393740/1‑150 (MQ=255) gcCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATTACAGGCGCCTGt > 1:52166/1‑150 (MQ=255) cTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCtgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacc > 2:219402‑M1/1‑97 (MQ=255) gAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCtgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctttag < 1:219402‑M1/150‑59 (MQ=255) aaGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTTGCGGGTAAACCCCCTCCTACAGGGGCATCGCAGTCGCATGTAGGAGCGGGTTTa > 2:357514/1‑150 (MQ=39) aaGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGGTAAACCCACTGAGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTAGTTCCGGTTAAGCCGGGCCGGGGCGCTTCGCGGGTAGACCGGCACCGACAGGTTCATCACAGGCGCCTGTAGGAGCGGGTTTa > 1:199603/1‑150 (MQ=255) gcggcTGCCCTGGCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:151242/150‑1 (MQ=255) gcggcTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTAccc < 1:151206/150‑1 (MQ=255) cctgccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGgcgc > 2:94578/1‑122 (MQ=255) cctgccGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGgcgc < 1:94578/122‑1 (MQ=255) gggggTTAAACCCACTGCGGTGAAAATGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCAGTCGCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAAt < 1:250769/150‑1 (MQ=255) gTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAg > 2:266587‑M2/1‑149 (MQ=255) tAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAgga > 1:393740‑M2/1‑147 (MQ=255) tAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAgga > 2:379760‑M2/1‑147 (MQ=255) aaCCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAGACATAGACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATTACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAggaca > 1:357514‑M2/1‑145 (MQ=255) ccACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCtgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggc < 2:323405‑M1/150‑93 (MQ=255) tGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTTCAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAAt > 2:363811/1‑150 (MQ=255) cGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTc < 1:53867/150‑1 (MQ=255) gTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTccc < 2:267462/150‑1 (MQ=255) ccGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAg > 1:40372‑M2/1‑123 (MQ=255) ccGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAg < 2:40372‑M2/124‑2 (MQ=255) aaGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGAt > 2:5229/1‑150 (MQ=255) ccTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGa > 1:315390/1‑143 (MQ=255) ccTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGa < 2:315390/143‑1 (MQ=255) tGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGa < 2:115313/150‑1 (MQ=255) gTTAAGCCTGTCCGGGCCACTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGcccc > 1:82115/1‑150 (MQ=255) gCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgg < 2:323405‑M2/150‑59 (MQ=255) tGTCCtgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtaatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtctatgtcttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtt > 1:357514‑M1/1‑5 (MQ=255) tCCtgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggttta > 2:379760‑M1/1‑3 (MQ=255) tCCtgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggttta > 1:393740‑M1/1‑3 (MQ=255) ccGTGCCACTTCGCGGGTACACCCGCTCCTACAAGTTCATCACAGGCGCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGCCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCGCGGCCACTCTAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCaaa < 1:411783/150‑1 (MQ=255) ccGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCaaa < 2:401322/150‑1 (MQ=255) ctgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccggggctttttcaccgcagtgggtttaac > 2:266587‑M1/1‑1 (MQ=255) ctgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccgg < 2:40372‑M1/124‑124 (MQ=255) ctgcattggccacttcgcgggtaaacccgctcctacatgcgcctgtgatgaacctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggcccggacaggcttaaccggcagtaggctttttcaccgcccgg > 1:40372‑M1/1‑1 (MQ=255) | GCTGGCGCCCAAGGCAGCCCCGCGCAAGAAGGCAGCGGCCAAGCCGAAGGCGCCTGCCGAACCCAAGGCGGCTGCCCTGCCGGGGGTTAAACCCACTGCGGTGAAAAAGCCCCGGGCGGTGAAAAAGCCTACTGCCGGTTAAGCCTGTCCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGTTCATCACAGGCGCATGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGTGGCCAATGCAGGACAGCACAATTCCCCTTCCATCACGGCCACTCGAGGATCGTCATGAGCCCCCGCACCCCAAAG > NC_002947/4573095‑4573393 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |