New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1341033 | 26 (1.180) | 3 (0.140) | 3/246 | NT | 11.8% | coding (242/870 nt) | PP_1165 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 1341066 | 20 (0.940) | coding (209/870 nt) | PP_1165 | hypothetical protein |
TGCACATCCAGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGTGCGGCCAGGTCGGAATGGCGCAGCAGCGCTTGCCCGGTCG > NC_002947/1340889‑1341180 | tGCACATCCAGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGt < 2:390569/150‑1 (MQ=255) gCACATCCAGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGtg > 1:147358/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGtgcctgc < 1:247718/150‑1 (MQ=255) cAGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCa > 2:318938/1‑150 (MQ=255) aGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGtgc < 2:42561/143‑1 (MQ=255) aGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGtgc > 1:42561/1‑143 (MQ=255) cGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCAccc < 1:278659/150‑1 (MQ=255) cccGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCACCCCTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGTGTGCCAGTGCCTGCCACCCCtcgg > 1:295006/1‑150 (MQ=255) tAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCtcgggtcgg < 1:282880/150‑1 (MQ=255) tAAGCAAACGGCAAAGCACTGTCTCGCCTCAGCAGTGCTCGCTGTTCCCTTTCGTGCCCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCtcgggtcgg < 2:251656/150‑1 (MQ=255) gCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCtcgg < 2:107139/142‑1 (MQ=255) gCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCtcgg > 1:107139/1‑142 (MQ=255) aaaCGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCaaa < 1:318938/150‑1 (MQ=255) aaCGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTACCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCAACCCTCGGGTGGGGCAAAg > 2:384622/1‑150 (MQ=255) cACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGgctttgcccgacccgaggggtggcaggcactggcacccaata < 2:69858‑M1/150‑43 (MQ=255) cTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCa < 2:147358/150‑1 (MQ=255) cGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGtt < 2:195515/150‑1 (MQ=255) tCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTgg > 1:417865/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGgctttgcccgacccgaggggcggcaggcactggcacccaataccgg < 2:337890‑M1/135‑47 (MQ=255) tGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGgctttgcccgacccgaggggcggcaggcactggcacccaataccgg > 1:337890‑M1/1‑89 (MQ=255) tCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGgcgc > 1:332518/1‑150 (MQ=255) gCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGTGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCa < 2:295006/150‑1 (MQ=255) gggtgCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCCGGCACTGCCATGAATCGGGTAAGTGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGCCGGGCAAAGTCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCag < 1:384622/149‑1 (MQ=255) cTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGcgtcg > 1:16176/1‑150 (MQ=255) ctgctgCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTAcc > 2:310760/1‑150 (MQ=255) gCACTGCCATGTATCGGGCAAGCGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTTCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGt < 2:131939/150‑1 (MQ=255) gCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGt > 1:519584/1‑150 (MQ=255) aTGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGTGCGGCCAg < 2:56594/150‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCGCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGTGCGGCCAGGTCGGAAt < 2:20494/150‑1 (MQ=255) ccGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCGCCCCTCGGGTCGGGCAAAGCcacccaataccgggcatgacccttacccgatccatggcagtgcctggcagcaggcctggcaggtggagcaccacagtgaacagcgagca < 2:337890‑M2/135‑90 (MQ=255) ccGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCGCCCCTCGGGTCGGGCAAAGCcacccaataccgggcatgacccttacccgatccatggcagtgcctggcagcaggcctggcaggtggagcaccacagtgaacagcgagca > 1:337890‑M2/1‑46 (MQ=255) tATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCcacccaataccgggcatgacccttacccgatccatggcagtgcctggcagcaggcctggcaggtggagcaccacagtgaacagcgagcacggctgacgctagacagtg < 2:69858‑M2/150‑109 (MQ=255) ttGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGTGCGGCCAGGTCGGAATGGCGCAGCAGCGCTTGCCCg > 1:450469/1‑150 (MQ=255) gTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGTGCGGCCAGGTCGGAATGGCGCAGCAGCGCTTGCCCGGTCg > 1:216796/1‑150 (MQ=255) | TGCACATCCAGCGTGGCCCGGTAAGCAAACGGCACAGCACTGTCTAGCGTCAGCCGTGCTCGCTGTTCACTGTGGTGCTCCACCTGCCAGGCCTGCTGCCAGGCACTGCCATGGATCGGGTAAGGGTCATGCCCGGTATTGGGTGCCAGTGCCTGCCACCCCTCGGGTCGGGCAAAGCCACCCTCGCCAATGCGGTTGGACCAAGGCGCCAGTGGGTAGCAGGCGAGGCGTCGTGGCGTACCACTTTCAAGTGCGGCCAGGTCGGAATGGCGCAGCAGCGCTTGCCCGGTCG > NC_002947/1340889‑1341180 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |