New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2884298 = | 30 (1.300) | 4 (0.180) | 4/244 | NT | 13.3% | coding (815/927 nt) | PP_2539 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2884357 = | 23 (1.020) | coding (874/927 nt) | PP_2539 | LysR family transcriptional regulator |
GGGGTGGAGGTGTCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAA > NC_002947/2884153‑2884442 | ggggTGGAGGTGTCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTg < 1:307741/150‑1 (MQ=255) tgtCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCggg < 1:67559/150‑1 (MQ=255) tGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGt > 1:489548/1‑150 (MQ=255) gagaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGc > 2:274442/1‑124 (MQ=255) gagaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGc < 1:274442/124‑1 (MQ=255) gagaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTc > 1:421424/1‑150 (MQ=255) agaCCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATCCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCg < 2:107874/150‑1 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGTTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCCAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCAt < 1:103059/150‑1 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGt < 2:573434/117‑1 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGt > 1:573434/1‑117 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCg < 1:266163/146‑1 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCg > 2:266163/1‑146 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCAt > 2:476213/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCAt > 1:121584/1‑150 (MQ=255) ttttCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATc < 2:121584/150‑1 (MQ=255) tCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCggg < 2:45250/150‑1 (MQ=255) cttccgatctgcaccggcctggaaatcaatggggaccttcacacttctcccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgccgcaggcgataaCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTCCACCGGGTCGCGGCGcc > 2:314918‑M1/93‑150 (MQ=255) ttGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGc > 1:336151/1‑150 (MQ=255) ccGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGa > 2:426693/1‑150 (MQ=255) gACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGAtt < 2:336151/150‑1 (MQ=255) gTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCt > 2:519774/1‑150 (MQ=255) aatggggaccgtcacacttcacccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgccgcaggcgataaCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATc < 1:409874‑M1/64‑1 (MQ=255) aatggggaccgtcacacttcacccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgccgcaggcgataaCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATc > 2:409874‑M1/66‑129 (MQ=255) atcaatggggaccgtcacacttcacccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgtcgctggcg‑‑GTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTgga > 1:105827‑M1/65‑150 (MQ=255) tCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAAc > 1:185202/1‑150 (MQ=255) aTTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGGACGATTGCTGGTGGAGGAACTg > 1:518370/1‑150 (MQ=255) ttCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCGCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGa < 2:197763/150‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATc > 1:523997/1‑89 (MQ=255) cccGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATc < 2:523997/89‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGCTGCTGCTACAGCATCGC‑CAGCCGCACCTGTCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGAcgg > 1:474424/1‑150 (MQ=255) ggcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGtgtg > 1:527147/1‑150 (MQ=255) gcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGa < 2:421424/150‑1 (MQ=255) gcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGa < 2:474424/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACg < 2:185202/150‑1 (MQ=255) agcGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTcc > 2:352957/1‑143 (MQ=255) agcGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTcc < 1:352957/143‑1 (MQ=255) gtgtCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTg < 2:489548/150‑1 (MQ=255) gC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGaa < 1:476213/150‑1 (MQ=255) | GGGGTGGAGGTGTCACGGTATCCACTGGAGACCTTTTCCACCTTCGCCACCTTCATGCTGCTTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAA > NC_002947/2884153‑2884442 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |