New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2884298 = | 30 (1.300) | 4 (0.180) | 4/244 | NT | 13.3% | coding (815/927 nt) | PP_2539 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2884357 = | 23 (1.020) | coding (874/927 nt) | PP_2539 | LysR family transcriptional regulator |
TTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGGATAAGCGGCGGTTATCGGTGGATCAGTTCTTTTC > NC_002947/2884214‑2884488 | ttGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGc > 1:336151/1‑150 (MQ=255) ccGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGa > 2:426693/1‑150 (MQ=255) gACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGAtt < 2:336151/150‑1 (MQ=255) gTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCt > 2:519774/1‑150 (MQ=255) aatggggaccgtcacacttcacccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgccgcaggcgataaCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATc < 1:409874‑M1/64‑1 (MQ=255) aatggggaccgtcacacttcacccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgccgcaggcgataaCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATc > 2:409874‑M1/66‑129 (MQ=255) atcaatggggaccgtcacacttcacccgccgtcagttcctccaccagcaatcgtgtcgctggcg‑‑GTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTgga > 1:105827‑M1/65‑150 (MQ=255) tCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAAc > 1:185202/1‑150 (MQ=255) aTTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGGACGATTGCTGGTGGAGGAACTg > 1:518370/1‑150 (MQ=255) ttCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCGCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGa < 2:197763/150‑1 (MQ=255) cccGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGCTGCTGCTACAGCATCGC‑CAGCCGCACCTGTCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGAcgg > 1:474424/1‑150 (MQ=255) ggcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGtgtg > 1:527147/1‑150 (MQ=255) gcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGa < 2:474424/150‑1 (MQ=255) gcCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGa < 2:421424/150‑1 (MQ=255) cTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACg < 2:185202/150‑1 (MQ=255) tccaccagcaatcgtgccgcaggcgataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcac‑‑‑‑CGCCAGCGACACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGAt > 1:105827‑M2/87‑150 (MQ=255) agcGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTcc > 2:352957/1‑143 (MQ=255) agcGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTcc < 1:352957/143‑1 (MQ=255) gtgtCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTg < 2:489548/150‑1 (MQ=255) gC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGaa < 1:476213/150‑1 (MQ=255) gataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCAtt > 2:409874‑M2/65‑129 (MQ=255) gataacggcgccgcgacccggtgcacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCAtt < 1:409874‑M2/65‑1 (MQ=255) ggcgccgcgacccggtggacgatgccgaacggctcgctcagcgcccggagcggcaccgTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGAGAAGTGTGAAGGTCCCCATTGATTTCCAGGCCggtgcagatcggaag > 2:314918‑M2/59‑143 (MQ=255) gCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGATCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAggg > 2:421671/1‑150 (MQ=255) cGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGGATaa < 1:426693/150‑1 (MQ=255) tGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGGATAAGcggcgg > 2:290384/1‑150 (MQ=255) aTCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGGATAAGCGGCGGTTATCGGTGGATCAGtt > 2:72441/1‑150 (MQ=255) cACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGGATAAGCGGCGGTTATCGGTGGATCAGTTCTTTTc < 2:518370/150‑1 (MQ=255) aCCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGc > 2:423422/1‑99 (MQ=255) aCCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGc < 1:423422/99‑1 (MQ=255) | TTGAAGATGACCCGACGTTGGTGGCAGTCATTCCCCGTGCGGTGGCGGCCTTTGCCGAGCAGCGCGGGTTGCTGGTGTCGC‑TGGCGGTGCCGCTCCGGGCGCTGAGCGAGCCGTTCGGCATCGTGCACCGGGTCGCGGCGCCGTTATCGCCTGCGGCACGATTGCTGGTGGAGGAACTGACGGCGGGTGAAGTGTGACGGTCCCCATTGATTTCCAGTCCGTTGCCGAAGCGCTGGCAGGGATAAGCGGCGGTTATCGGTGGATCAGTTCTTTTC > NC_002947/2884214‑2884488 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |