| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 6032840 | 22 (0.950) | 4 (0.240) | 4/184 | NT | 19.4% | intergenic (+48/+88) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 6032856 | 17 (1.000) | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein | |||||
CGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGAT > NC_002947/6032698‑6032984 | cGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCt > 1:14547/1‑150 (MQ=255) ggcggcGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 2:221459/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAc < 2:323895‑M2/148‑2 (MQ=255) ccTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAc > 1:323895‑M2/1‑147 (MQ=255) gctgcGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacc > 2:489518‑M2/1‑143 (MQ=255) tgcCCCAAGTTGTCGAGGGGGACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCACTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccc > 2:342793‑M2/1‑141 (MQ=255) aaGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtagg < 2:492607‑M2/150‑16 (MQ=255) gTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgg > 2:134613‑M2/1‑130 (MQ=255) gggTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTgg > 2:433260/1‑117 (MQ=255) gggTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTgg < 1:433260/117‑1 (MQ=255) tACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgggtttacccg < 1:324013‑M2/150‑30 (MQ=255) aGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTATCGTCTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGc < 2:545220/150‑1 (MQ=255) cccGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctaccc > 2:610721‑M1/1‑94 (MQ=255) cccGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctaccc < 1:610721‑M1/118‑25 (MQ=255) cccGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa < 1:54422/105‑1 (MQ=255) cccGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCa > 2:54422/1‑105 (MQ=255) gcggcTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggag > 1:561035‑M2/1‑101 (MQ=255) gcggcTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggag < 2:561035‑M2/118‑18 (MQ=255) ggATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctac < 1:21879‑M1/101‑23 (MQ=255) ggATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctac > 2:21879‑M1/1‑79 (MQ=255) ggATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATaa > 1:434914/1‑150 (MQ=255) aGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑a < 1:492607/150‑1 (MQ=255) gacggtgacCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTcc < 2:324013/150‑1 (MQ=255) gTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgg < 2:428929‑M2/88‑21 (MQ=255) gTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgg > 1:428929‑M2/1‑68 (MQ=255) gTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACaa < 2:434914/150‑1 (MQ=255) aaGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATc > 1:208590/1‑150 (MQ=255) catgtgCCGGCCTCTGCGGGGTTTAATGCGCTCGTCCAGGGCTAGGGGCAGCATGGCC‑GTTTAGGCTACCCCTGTAGCACCGCGTTTACCCGAGAAAGGGCCCGTACTGACCCTACAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCAc < 2:262485/148‑1 (MQ=255) ccTCTTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACAGGGGCAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAACAGGGCGTTTACCCGCGAGCGGGCCCGTAATG‑‑GTTACACGACAGCCAGATGACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGa > 1:444850/1‑150 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggta < 1:324013‑M1/150‑122 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTc > 2:487146/1‑140 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTc < 1:487146/140‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGTAGCTCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTcc > 2:517211/1‑150 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggtacccctcgac > 2:134613‑M1/1‑20 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttac < 2:428929‑M1/88‑69 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttac > 1:428929‑M1/1‑20 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCAc < 2:277382/123‑1 (MQ=1) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGTCA‑ACTGCCAGGCTGGCGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCAc > 1:277382/1‑123 (MQ=1) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTg > 1:205268/1‑35 (MQ=255) ccGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTg < 2:205268/35‑1 (MQ=255) cTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgc > 1:561035‑M1/1‑17 (MQ=255) cTCCTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgc < 2:561035‑M1/118‑102 (MQ=255) ccTACAGGGGTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggtacccctcgacgcctt < 2:492607‑M1/150‑136 (MQ=255) tACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCAc > 1:287961/1‑150 (MQ=255) ggggTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagtgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggtccccctcgacaacttggggca > 2:342793‑M1/1‑9 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacggg < 1:610721‑M2/118‑95 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacggg > 2:610721‑M2/1‑24 (MQ=255) ggTAGCGtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggtacccctcgacgccttggcgcagc > 2:489518‑M1/1‑7 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatcc > 2:21879‑M2/1‑22 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGAcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatcc < 1:21879‑M2/101‑80 (MQ=255) gtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggtacccctcgacgccttggcgcagcaagg < 2:323895‑M1/148‑148 (MQ=255) gtcaactgccaggctggcgctacccctgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcttacttggtcaccgtcaccttgctgaaatccagccgcccgaacgggctcacctggtacccctcgacgccttggcgcagcaagg > 1:323895‑M1/1‑1 (MQ=255) | CGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTACCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAG‑T‑ACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGAT > NC_002947/6032698‑6032984 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |