New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_002947 | = 2774173 | 76 (0.890) | intergenic (+81/+29) | calA/PP_5521 | coniferyl alcohol dehydrogenase/hypothetical protein |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGCCGAGCACGACATCCGTTGCGATATCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGT > NC_002947/2773963‑2774260 | cgcCGAGCACGACATCCGTTGCGATATCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGG < 1:557293‑M1/150‑1 (MQ=255) gcgCACGACATCCGTTGCGATATCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCct < 1:113285/148‑1 (MQ=255) gACATCCGTTGCGATATCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTcgc < 2:1998920/150‑1 (MQ=255) cATCCGTTGCGATATCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCgg < 1:2428139/150‑1 (MQ=255) atCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGCATCGTT‑‑GCTG‑CCTGTACGGccccaccgcgcgcaagccctacatca > 2:1137568‑M1/1‑124 (MQ=255) ggCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAg < 1:1455599/149‑1 (MQ=255) cTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAggg < 1:1385647/150‑1 (MQ=255) tCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTTCGGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGt > 1:1637139/1‑150 (MQ=255) tCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGt > 2:1400466/1‑150 (MQ=255) gaaaCATCAACCAGGCCTAGGGGCGGCTGGTTTCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGGGATCGACATGACCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGCACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACTCAGGGGTGATGTAgg < 1:527134/148‑1 (MQ=255) gCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAgg < 2:2337950/150‑1 (MQ=255) aaCATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGc > 2:1171849/1‑150 (MQ=255) gtatcAACCTGGCCTGTGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCCTTATCGACATCGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGccccaccgggcgcaagccctacatcccccctgtgtaggagcgggctc < 2:616967‑M1/148‑48 (MQ=255) cATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCtt > 1:562394/1‑150 (MQ=255) aTCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGAt > 1:1481354/1‑140 (MQ=255) tCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTgc > 2:2214110/1‑150 (MQ=255) cAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGcgcgcg > 1:1230444/1‑150 (MQ=255) ggCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGt > 1:452213/1‑150 (MQ=255) 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ccTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGTCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCAcc > 1:176619/1‑150 (MQ=255) cTGTACGGccccaccgcgcgcaagccctacatcacccctgtgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccgtacaggccaccgatcaatcagccctgtagcgtggccatgtcgatcacgaaccggtacttcacctccccggcactcatc > 1:2118361‑M1/1‑8 (MQ=255) cTGTACGGccccaccgcgcgcaagccctacatcacccctgtgtaggagcgggcttgcccgcgaagaggcccgtacaggcaaccgatcaatcagccctgtagcgtggccatgtcgatcacgaaccggtacttcacatcaccggcaatcatc < 2:112350‑M1/150‑143 (MQ=255) cTGTACGGccccaccgcgcgcaagccctacatcacccctgtgtaggagcgggcttgccc > 1:131459‑M1/1‑8 (MQ=255) cTGTACGGccccaccgcgcgcaagccctacatcacccctgtgtaggagcgggcttgccc < 2:131459‑M1/59‑52 (MQ=255) cTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCtt > 2:1685020/1‑115 (MQ=255) cTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCtt < 1:1685020/115‑1 (MQ=255) 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gggCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGc < 1:2442807/107‑1 (MQ=255) gggCCTCTAAGCGGGCCAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGt < 2:1637139/150‑1 (MQ=255) | CGCCGAGCACGACATCCGTTGCGATATCGAGATGCTGGATATCCGCAACATCAACCAGGCCTATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTG‑ATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTGGGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGT > NC_002947/2773963‑2774260 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |