New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_002947 | = 2774173 | 76 (0.890) | intergenic (+81/+29) | calA/PP_5521 | coniferyl alcohol dehydrogenase/hypothetical protein |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
TATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCGAAATAA > NC_002947/2774024‑2774320 | tATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTg‑ggg < 1:1661557/150‑1 (MQ=255) tGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGcc > 2:452213‑M2/1‑148 (MQ=255) gCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGccgta < 2:138432‑M2/150‑6 (MQ=255) gatgatTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGccgtacag < 2:112350‑M2/150‑9 (MQ=255) gatgagTGCCGGGGAGGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTGG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGccgtacag > 1:2118361‑M2/1‑142 (MQ=255) tgatTGCCGGTGATGTGAAGTACAGGTTCTTTACCAACATTGCCACGATACAGGGCTGGTTG‑TTGGTTGACCCGGACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGgc < 1:1224622/150‑1 (MQ=255) ttGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGgcagc > 1:1641289/1‑150 (MQ=255) gctggTGATGTGAAGTACCGGTTCGTTATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCaa < 2:2334881/147‑1 (MQ=255) 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gCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCccgtacaggcaaccgatcaatcagccctgtagcgtggccatgtcgatcacgaaccggtacttcacatcac < 2:521515‑M2/112‑71 (MQ=255) gCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCCCGCGAAG‑AGGcccgtacaggcaaccgatcaatcagccctgtagcgtggccatgtcgatcacgaaccggtacttcacatcac > 1:521515‑M2/1‑41 (MQ=255) cTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCAAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCAc > 1:2230554/1‑150 (MQ=255) cTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGccc < 1:2110826/130‑1 (MQ=255) cacnGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGgc > 2:1518514/1‑150 (MQ=255) cacaGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCTCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGgc > 1:1626863/1‑150 (MQ=255) 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tGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGccgtacaggcagcaacgatgcagccctgtagcgtggccatgtcgatcacgaaccggtacttcacatcaccggcaatcatccgctcataggcctggttgatgttgcggatatccagcatctcgat > 2:1137568‑M2/1‑26 (MQ=255) gATGTAGGTCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTa < 1:2332704/150‑1 (MQ=255) aTGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTAt > 2:2391917/1‑150 (MQ=255) ggCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCt > 1:1884206/1‑123 (MQ=255) ggCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCt < 2:1884206/123‑1 (MQ=255) gCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAgcgc > 1:1443798/1‑150 (MQ=255) gcgGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCg > 1:1402187/1‑150 (MQ=255) gggCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCGAAATaa > 2:241966/1‑150 (MQ=255) gggCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCGAAATaa > 1:430832/1‑150 (MQ=255) gCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTTTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCGaaa < 1:1831225/145‑1 (MQ=255) gCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTTTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCGaaa > 2:1831225/1‑145 (MQ=255) | TATGAGCGGATGATTGCCGGTGATGTGAAGTACCGGTTCGTGATCGACATGGCCACGCTACAGGGCTGATTGATCGGTTG‑CCTGTACGGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCTACACAGGGGTGATGTAGGGCTTGCGCGCGGTG‑GGGCCGTACAGGCAGCAACGATGCAGCCGTTTTACCAGGCCATTGGCTTGTCCCAGCCCTTCCAGAACAACCATCGCCGCACCTCGCCGTGCGCCCCGGTACCGATCTGCCACTCGGGCCGCCCGCTATCCAGCGCAATCACCGAAATAA > NC_002947/2774024‑2774320 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |