| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5816910 = | 24 (0.260) | 23 (0.290) | 14/214 | NT | 52.0% | intergenic (+40/+89) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein |
| ? | NC_002947 | 5816973 = | 22 (0.280) | intergenic (+103/+26) | PP_5092/pilT | NLP/P60 protein/twitching motility protein | |||||
GTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAG > NC_002947/5816769‑5817058 | ggggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTc < 2:578229‑M1/9‑1 (MQ=255)ggggcggttggcgcagttgtcttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgccgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTc > 1:619687‑M1/142‑150 (MQ=255) ggcggttggcgcagtcgtcctcagtgatgcagcgcggggcggcggaggggatgctgactatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgctcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTccc < 2:276183‑M1/11‑1 (MQ=255) tATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACA > 2:1252158‑M1/1‑150 (MQ=255) acCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑gcg > 2:1657286/1‑150 (MQ=255) cTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtga > 2:765589‑M1/1‑145 (MQ=255) gAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCg < 1:1252158/150‑1 (MQ=255) gCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGct > 2:2386742/1‑150 (MQ=255) ttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGctct < 1:2242922‑M1/30‑1 (MQ=255) ttcagtgatgcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGctct < 2:9479‑M1/30‑1 (MQ=255) ttACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTcgcgc < 1:446928/150‑1 (MQ=255) gcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGcccgcgaaa < 2:1930141‑M1/11‑5 (MQ=255) gcagggcggggcggcggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGcccgcgaaa > 1:1930141‑M1/112‑118 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCt < 2:819120/150‑1 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 1:1030052‑M1/124‑1 (MQ=255) gCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG > 2:1030052‑M1/1‑124 (MQ=255) gCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCtctc > 2:72653/1‑134 (MQ=255) gCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCtctc < 1:72653/134‑1 (MQ=255) ggcggcgggggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTATGTGAGCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTca > 2:411903‑M1/103‑150 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cGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtg > 2:1119169‑M2/1‑142 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGTGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgg < 1:2260022‑M1/150‑37 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCTTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgg < 1:1896197‑M1/150‑37 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCATCCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagcttctcgcgagagcgacgcgctacctgtgg < 1:299434‑M1/150‑37 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgg > 1:1916150‑M2/1‑141 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgg > 1:1478416‑M2/1‑141 (MQ=255) gtggtgGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGA‑‑‑‑‑GCGGGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtgg > 2:1350637‑M2/1‑141 (MQ=255) ggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTgg > 2:2023267‑M1/97‑150 (MQ=255) ggaggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTgg > 2:2242922‑M1/97‑150 (MQ=255) ggtggCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtggga < 2:1481162‑M1/150‑39 (MQ=255) ggtggCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACAtacctgtggga > 1:2386742‑M2/1‑139 (MQ=255) aggggatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGa > 1:9479‑M1/95‑150 (MQ=255) tggCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtgggagc < 1:1315708‑M1/150‑41 (MQ=255) gatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgtg < 1:1653794‑M1/53‑1 (MQ=255) gatgctgacgatggagggggcgttgcggaggctgagggagcgagggttgatcaaaggcttgtagtacctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgtg > 2:1653794‑M1/91‑143 (MQ=255) 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tAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAAc < 2:474901/150‑1 (MQ=255) gCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtg > 1:87013‑M1/1‑57 (MQ=255) gCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAtgtgagctgcgcgcgagagcgacgcgctacctgtg < 2:87013‑M1/92‑36 (MQ=255) gcgcTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGccc < 2:1279828/99‑1 (MQ=255) gcgcTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGccc > 1:1279828/1‑99 (MQ=255) cctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACGGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgt < 1:811936‑M1/52‑1 (MQ=255) cctgcaaaggccctttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACGGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCtgt > 2:811936‑M1/25‑76 (MQ=255) tgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGc > 2:1596341‑M1/23‑80 (MQ=255) tgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGc > 2:1598124‑M1/23‑80 (MQ=255) tgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGc < 1:1598124‑M1/58‑1 (MQ=255) tgcaaaggccctttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGc < 1:1596341‑M1/58‑1 (MQ=255) ccccTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGccc < 1:1500063/150‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCa < 1:2240546/96‑1 (MQ=255) cTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCa > 2:2240546/1‑96 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAg > 1:2443110/1‑150 (MQ=255) | GTGAGTATCGACACCTTGAGCAAGCCTTACTGGCAGAAGCACTACGTGGTGGCCAAGCGGGTGCTGCCGAAAGAGCAGCAGCTGAGTCTGGCCAAGCGTTAAGCTGATCGGCGCTATCCGGTACCGGCCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTA‑‑‑‑‑GCGCGTCGCTCTCGCGCGCAGCTCACATACCTGTGGGAGCGGGCGCGCCCGCGAAAGGGCCTTTGCAGGTACTACAAGCCTTTGATCAACCCTCGCTCCCTCAGCCTCCGCAACGCCCCCTCCATCGTCAG > NC_002947/5816769‑5817058 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |