| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4018688 = | 78 (0.840) | 7 (0.080) | 5/242 | NT | 8.7% | coding (1079/1662 nt) | PP_3545 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| ? | NC_002947 | 4018719 = | 71 (0.790) | coding (1110/1662 nt) | PP_3545 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator | |||||
AAGCCAGGCAACTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGGCCT > NC_002947/4018571‑4018863 | aaGCCAGGCAACTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGt < 1:1336369/150‑1 (MQ=255) aGCCAGGCAACTGGGCCTGGCAGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACCGGCCTTGGGCTGTc < 2:402605/150‑1 (MQ=255) cAGGCAACTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGACGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCac > 1:1151694/1‑149 (MQ=255) cAGGCAACTGGGCCGGGCGGCTGGCCGGTTTCTGGGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCAt < 2:1151694/150‑1 (MQ=255) ggcgatgctttcatcgcaggggagatacaggttgatggccgtaccctggccaagcgtgctatcgatgaccagctggccaccggattgccgcacaaagccttagaccatggacAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg > 1:66326‑M1/113‑150 (MQ=255) aGGCAACTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg > 2:2048755/1‑150 (MQ=255) ggCAACTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATgg < 1:873322/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTAc < 1:1167415/150‑1 (MQ=255) tggccgctggccgGTTTCTGCGTATCCGCGTGGAAGACTCCGGCATGGGTATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCGTGAGCCCTTCTTCACCACCCAGTCGCTCGGCCAGGGCACTGGTCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTtg < 2:215622/150‑1 (MQ=255) tggccgctggcagGATCCAGTGTAGCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTtg > 2:1798213/1‑150 (MQ=255) cgctggcccGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCg < 1:448002/150‑1 (MQ=255) ccgGTTTCTGCGTATCCGCGTTG‑AGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATcc < 1:1771033/150‑1 (MQ=255) atacaggttgatggccgtaccctggccaagcgtgctatcgatgaccagctggccaccggattgccgcacaaagccgtagaccatggacAGCCGCTCGGCAAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg < 1:351212‑M1/38‑1 (MQ=255) atacaggttgatggccgtaccctggccaagcgtgctatcgatgaccagctggccaccggattgccgcacaaagccgtagaccatggacAGCCGCTCGGCAAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg > 2:351212‑M1/89‑126 (MQ=255) gCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCa > 1:2187620/1‑150 (MQ=255) ccGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCAACAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGt > 2:837525/1‑150 (MQ=255) gcgNTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCa > 2:1501332/1‑150 (MQ=255) gTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATc < 1:455786/150‑1 (MQ=255) ggccaagcgtgctatcgatgaccagctggccaccggattgccgcacaaagccgtagaccatggacAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCa < 2:2087709‑M1/36‑1 (MQ=255) ggccaagcgtgctatcgatgaccagctggccaccggattgccgcacaaagccgtagaccatggacAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCa > 1:2087709‑M1/66‑101 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catgggcatgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTGGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTgg < 2:1167900/150‑1 (MQ=255) tgggcatgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGcc > 1:972567/1‑150 (MQ=255) gcatgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAgg > 1:2220212/1‑150 (MQ=255) gcatgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAgg < 2:2187620/150‑1 (MQ=255) catgTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAggg < 1:562059/150‑1 (MQ=255) ccAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACgg < 1:85125/150‑1 (MQ=255) cAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAgg < 2:1037735/143‑1 (MQ=255) cAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAgg > 1:1037735/1‑143 (MQ=255) aaaGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGcc > 1:2441786/1‑150 (MQ=255) aaGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGTCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCCGGGTACGGCCa > 1:1528001/1‑150 (MQ=255) caccggattgccgcacaaagccgtagaccatggacAGCCTCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg > 1:1772466‑M1/36‑73 (MQ=255) caccggattgccgcacaaagccgtagaccatggacAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATg < 2:1772466‑M1/38‑1 (MQ=255) aTGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAAc > 1:463535/1‑147 (MQ=255) aTGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAAc < 2:463535/147‑1 (MQ=255) tGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGt < 2:935449/150‑1 (MQ=255) cAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTAt > 1:539667/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCCAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAgg < 2:269062/129‑1 (MQ=255) 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cttcttCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAg < 1:2237057/150‑1 (MQ=255) ttcttcACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGc > 2:2446081/1‑150 (MQ=255) ttcttcACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGc < 1:1346156/150‑1 (MQ=255) cttcACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCAt < 2:2392245/150‑1 (MQ=255) cttcACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCAt < 1:376230/150‑1 (MQ=255) 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gCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCAcc < 1:1856993/150‑1 (MQ=255) tCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCa < 1:1501332/150‑1 (MQ=255) gCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGcc > 2:292041/1‑150 (MQ=255) ccAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTCCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGccc > 2:214327/1‑150 (MQ=255) cAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGcccc > 1:2126132/1‑150 (MQ=255) aGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATcgccgc < 2:1873161/133‑1 (MQ=255) aGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATcgccgc > 1:1873161/1‑133 (MQ=255) aGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGccccc < 2:1154759/150‑1 (MQ=255) tGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGa > 1:1463607/1‑150 (MQ=255) tGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGa > 1:2014196/1‑150 (MQ=255) gCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACg < 2:2004512/83‑1 (MQ=255) gCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACg > 1:2004512/1‑83 (MQ=255) cTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAgggg > 1:1043897/1‑150 (MQ=255) gggCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGgcct < 2:2300852/150‑1 (MQ=255) gggCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCCCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGgcct < 2:1043897/150‑1 (MQ=255) gctGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCa < 2:1349594‑M2/66‑1 (MQ=255) gctGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCa > 1:1349594‑M2/4‑69 (MQ=255) | AAGCCAGGCAACTGGGCCTGGCCGCTGGCCGGTTTCTGCGTATCCGCGTTGAAGACACCGGCATGGGCATGTCCAAAGCAGTGATGCAGCGCGCCCTTGAGCCCTTCTTCACCACCAAGCCGCTCGGCCAGGGCACTGGCCTTGGGCTGTCCATGGTCTACGGCTTTGTGCGGCAATCCGGTGGCCAGCTGGTCATCGATAGCACGCTTGGCCAGGGTACGGCCATCAACCTGTATCTCCCCTGCGATGAAAGCATCGCCGCCGCTTCACCCAGCCCCCACGTCGAGGGGCCT > NC_002947/4018571‑4018863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |