New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1197531 = | 36 (0.830) | 4 (0.090) | 4/250 | NT | 9.9% | coding (1586/1755 nt) | xcpQ | type II secretion pathway protein XcpQ |
? | NC_002947 | 1197561 = | 37 (0.870) | coding (1616/1755 nt) | xcpQ | type II secretion pathway protein XcpQ |
CAACGGCCTGGTGATACTTGGCGGGCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCAGGT > NC_002947/1197382‑1197657 | cAACGGCCTGGTGATACTTGGCGGGCTGGTCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCAt < 1:159972/150‑1 (MQ=255) aaCGGCCTGGTGATACTTGGCGGGCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATc > 1:780505/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGTGATACTTGGCGGGCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATccgc < 2:361609/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGATACTTGGCGGGCTGATCAGCGACGCGCTCCGTACCAGCGATCGTCGGTTGCCACTGCTCGGCGAAGTTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATccgccc < 1:247843/150‑1 (MQ=255) gTGATACTTGGCGGGCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGt > 1:1072487/1‑150 (MQ=255) cTTGGCGGGCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTg > 2:743951/1‑150 (MQ=255) gCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACgg < 1:743951/150‑1 (MQ=255) tGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGc > 2:997466/1‑150 (MQ=255) aGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCgg < 1:310052/150‑1 (MQ=255) aGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCgg < 2:1050257/150‑1 (MQ=255) tGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGcc < 1:941723/150‑1 (MQ=255) gTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATACCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCa < 1:347849/150‑1 (MQ=255) cggggaatacctgcagcagccgcgtgccctctgcaaggtccggcaactgcagcggtgtggtctgctgcaaggtgcggtacttgtcttcactgaggcccgccaggcTCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCggg < 1:1119129‑M1/40‑1 (MQ=255) cggggaatacctgcagcagccgcgtgccctctgcaaggtccggcaactgcagcggtgtggtctgctgcaaggtgcggtacttgtcttcactgaggcccgccaggcTCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCggg > 2:1119129‑M1/106‑145 (MQ=255) tACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGCCGGGCGGCGTCTGGCGGccccagg > 2:1086167/1‑146 (MQ=255) cccagcgaccagcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGt < 1:1086167/149‑1 (MQ=255) cagcgaccagcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGa > 1:845460/1‑150 (MQ=255) cagcgaccagcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGa > 1:845543/1‑150 (MQ=255) agcgaccagcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGaa > 2:44103/1‑150 (MQ=255) gaccagcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGAc > 1:828042/1‑150 (MQ=255) cagcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAg > 2:66742/1‑150 (MQ=255) gcgTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTa < 2:828042/150‑1 (MQ=255) gCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGa < 1:648890/150‑1 (MQ=255) aTTCATTATATTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCACAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACcaca > 2:447565/1‑150 (MQ=255) ttCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCacac < 2:845543/150‑1 (MQ=255) ttCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATAGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCacac < 2:845460/150‑1 (MQ=255) ttgcttcggCCGTTTGTGCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCt > 2:275470/8‑150 (MQ=255) ttATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCt > 1:218733/1‑150 (MQ=255) ttATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCt > 2:133761/1‑150 (MQ=255) gcaactgcagcggtgtggtctgctgcaaggtgcggtacttgtcttcactgaggcccgccaggcTCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGcc < 2:154487‑M1/33‑1 (MQ=255) gcaactgcagcggtgtggtctgctgcaaggtgcggtacttgtcttcactgaggcccgccaggcTCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGcc > 1:154487‑M1/64‑96 (MQ=255) cTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAg > 2:272545/1‑150 (MQ=255) tGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCCGACGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGtt > 2:431311/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGc > 1:237812/1‑150 (MQ=255) ttCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCt > 1:156343/1‑92 (MQ=255) ttCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCt < 2:156343/92‑1 (MQ=255) gCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGgctgc > 2:373933/1‑150 (MQ=255) gCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGgctgc < 1:66742/150‑1 (MQ=255) tACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCa < 1:819347/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCAg < 2:218733/150‑1 (MQ=255) aCCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCAg < 1:373933/150‑1 (MQ=255) cAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGCCCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCAGGt > 1:1278/1‑150 (MQ=255) cAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCAGGt > 1:482702/1‑150 (MQ=255) | CAACGGCCTGGTGATACTTGGCGGGCTGATCAGCGACGAGTTGAGTACCAGCGACCAGCGTGTGCCACTGCTCGGCGACATTCCTTATCTTGGCCGGTTGTTCCGCTCCGATGCCACCCGCAATACCAAGCAGAACCTGATGGTGTTCATCCGCCCGCGTATCCTGCGCGACGGGCCGAGCCTGGCGGGCCTCAGTGAAGACAAGTACCGCACCTTGCAGCAGACCACACCGCTGCAGTTGCCGGACCTTGCAGAGGGCACGCGGCTGCTGCAGGT > NC_002947/1197382‑1197657 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |