New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3179966 = | 36 (0.830) | 5 (0.120) | 5/244 | NT | 12.7% | coding (751/1953 nt) | PP_2790 | sigma‑54 dependent sensory box protein |
? | NC_002947 | 3180013 = | 34 (0.820) | coding (704/1953 nt) | PP_2790 | sigma‑54 dependent sensory box protein |
GTCAGGACCAGGCCGGTACGTTCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGG > NC_002947/3179818‑3180112 | cgctggaggaagccctgggcattctcgacactcaacgcgtcgagatcgccaaacggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcgc < 2:845910‑M1/2‑1 (MQ=255) tCAGGACCAGGCCGGTACGTTCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGCAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCTTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCa > 1:340792/1‑150 (MQ=255) gctggaggaagccctgggcattctcgacactcaacgcgtcgagatcgccaaacggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCa < 2:245091‑M1/3‑1 (MQ=255) ctggaggaagccctgggcattctcgacactcaacgcgtcgagatcgaaaattggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAg > 2:759031‑M1/147‑150 (MQ=255) gACCAGGCCGGTACGTTCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAATTTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGcgg < 1:429826/150‑1 (MQ=255) ggCCGGTACGTTCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCtgctgc < 2:940066/140‑1 (MQ=255) ggCCGGTACGTTCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCtgctgc > 1:940066/1‑140 (MQ=255) ttCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGGTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAgcgctgc > 2:292586/1‑150 (MQ=255) attctcgacactcaacgcgtcgagatcgccaaacggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAgcgctgc < 1:856351‑M1/22‑1 (MQ=255) tCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAgcgctgcg < 1:216945/150‑1 (MQ=255) gTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAAc < 1:116937/150‑1 (MQ=255) tcCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTaa > 2:339338/1‑145 (MQ=255) tcCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTaa < 1:339338/145‑1 (MQ=255) cAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAg < 2:186569/150‑1 (MQ=255) gATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTc > 2:1053606/1‑150 (MQ=255) gATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTc > 2:574607/1‑150 (MQ=255) gATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTc < 1:1053606/150‑1 (MQ=255) gATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTc < 1:367319/150‑1 (MQ=255) tcgagatcgccaaacggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCcagc > 1:240979‑M1/110‑150 (MQ=255) gCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCcagca > 1:581894/1‑150 (MQ=255) aaacggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCCGCAGCTGCGCAAg > 2:856351‑M1/99‑150 (MQ=255) tCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAggg > 1:189852/1‑150 (MQ=255) cacGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAgcgctgc < 1:1009835/114‑1 (MQ=255) cacGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAgcgctgc > 2:1009835/1‑114 (MQ=255) gTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAg < 1:428601/150‑1 (MQ=255) gccgagccgCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCgac < 2:914460/112‑3 (MQ=255) gccgagccgCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCgac > 1:914460/1‑110 (MQ=255) gccgCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGcacca > 2:804263/1‑150 (MQ=255) ccgCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGcaccac > 1:245091/1‑150 (MQ=255) tCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCCACTGCACCACGCCtt < 1:574607/150‑1 (MQ=255) gTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTc < 2:650294/150‑1 (MQ=255) ttcACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCgc > 1:1090260/1‑150 (MQ=255) tGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAgg < 1:683399/101‑1 (MQ=255) tGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAgg > 2:683399/1‑101 (MQ=255) gtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTgcgc < 1:833822‑M1/49‑1 (MQ=255) gtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTgcgc > 2:833822‑M1/45‑93 (MQ=255) cTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCggg > 1:112823/1‑150 (MQ=255) cgcCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATg < 2:189852/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGcc > 1:391986/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAAAAGTTGCGCAAGGGCAGGGCTGAACGCGCATACCCCGGCTGGGTTTTCGGCCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGcc > 1:805463/1‑150 (MQ=255) gctgcAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCgca > 2:143917/1‑150 (MQ=255) gTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGc < 1:41324/150‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCCGGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGc > 2:125174/1‑150 (MQ=255) gTCCAGTTACGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTAGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGc > 2:379337/1‑150 (MQ=255) cAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCAtt > 2:754263/1‑150 (MQ=255) cGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATg > 1:1069776/1‑150 (MQ=255) gggCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATgc > 1:44025/1‑150 (MQ=255) ctgctgCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAgg < 2:512512/63‑1 (MQ=255) ctgctgCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAgg > 1:512512/1‑63 (MQ=255) ctgctgCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCACCGGCTACGGATGGGCAGGGTTGAGGGACTGCACCGCGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGttt > 2:680556/1‑150 (MQ=255) tgctgcAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTg > 2:814166/1‑150 (MQ=255) gctgcAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTgg < 1:544478/150‑1 (MQ=255) | GTCAGGACCAGGCCGGTACGTTCGCCGTTCTCCAGGATAGGCAGTAAATTGCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGG > NC_002947/3179818‑3180112 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |