New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3179966 = | 36 (0.830) | 5 (0.120) | 5/244 | NT | 12.7% | coding (751/1953 nt) | PP_2790 | sigma‑54 dependent sensory box protein |
? | NC_002947 | 3180013 = | 34 (0.820) | coding (704/1953 nt) | PP_2790 | sigma‑54 dependent sensory box protein |
GCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTTCCTCCAGCG > NC_002947/3179868‑3180160 | aaacggcggcatctgaatgccgtgctgcggcatatccccgccggcgtagcagcggtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCCGCAGCTGCGCAAg > 2:856351‑M1/99‑150 (MQ=255) tCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAggg > 1:189852/1‑150 (MQ=255) gTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAg < 1:428601/150‑1 (MQ=255) gccgCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGcacca > 2:804263/1‑150 (MQ=255) ccgCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGcaccac > 1:245091/1‑150 (MQ=255) tCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCCACTGCACCACGCCtt < 1:574607/150‑1 (MQ=255) gTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTc < 2:650294/150‑1 (MQ=255) ttcACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCgc > 1:1090260/1‑150 (MQ=255) tGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAgg > 2:683399/1‑101 (MQ=255) tGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAgg < 1:683399/101‑1 (MQ=255) gtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTgcgc > 2:833822‑M1/45‑93 (MQ=255) gtcgacaaccaaggcgtggtgcagtcgctcaaccctgcccttgcGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTgcgc < 1:833822‑M1/49‑1 (MQ=255) cTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCggg > 1:112823/1‑150 (MQ=255) cgcCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATg < 2:189852/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGcc > 1:391986/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAAAAGTTGCGCAAGGGCAGGGCTGAACGCGCATACCCCGGCTGGGTTTTCGGCCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGcc > 1:805463/1‑150 (MQ=255) gctgcAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCgca > 2:143917/1‑150 (MQ=255) gTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGc < 1:41324/150‑1 (MQ=255) gTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCCGGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGc > 2:125174/1‑150 (MQ=255) gTCCAGTTACGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTAGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGc > 2:379337/1‑150 (MQ=255) cAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCAtt > 2:754263/1‑150 (MQ=255) cGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATg > 1:1069776/1‑150 (MQ=255) gggCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATgc > 1:44025/1‑150 (MQ=255) cttgcgcagctgcgggacctgccggttagcgcagcgctgggccggccgctgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGttt > 2:856351‑M2/53‑150 (MQ=255) ctgctgCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAgg > 1:512512/1‑63 (MQ=255) ctgctgCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAgg < 2:512512/63‑1 (MQ=255) ctgctgCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCACCGGCTACGGATGGGCAGGGTTGAGGGACTGCACCGCGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGttt > 2:680556/1‑150 (MQ=255) tgctgcAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTg > 2:814166/1‑150 (MQ=255) gctgcAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTgg < 1:544478/150‑1 (MQ=255) gcgcagctgctggacctgccggttagcgcagcgctgggccggccgctgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGAc < 1:833822‑M2/44‑1 (MQ=255) gcgcagctgctggacctgccggttagcgcagcgctgggccggccgctgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGAc > 2:833822‑M2/50‑93 (MQ=255) gctggacctgccggttagcgcagcgctgggccggccgctgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGa > 1:240979‑M2/42‑150 (MQ=255) gccggccCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTgg < 1:39569/77‑1 (MQ=255) gccggccCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTgg > 2:39569/1‑77 (MQ=255) cAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTg > 2:428405/1‑150 (MQ=255) tAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCa < 2:977130/108‑1 (MQ=255) tAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCa > 1:977130/1‑108 (MQ=255) gcagcgctgggccggccgctgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAAt < 1:856351‑M2/128‑1 (MQ=255) aaCCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCATGGTTGAGCGACTGCACCATGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGTCGTTTGACGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAAt < 2:581894/150‑1 (MQ=255) gTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGc > 1:126537/1‑150 (MQ=255) gTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGc > 2:590748/1‑150 (MQ=255) tCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCAAGTCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTTTGGAGTATGCCCAGGGCt > 1:684231/1‑150 (MQ=255) cagcagCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTtc < 1:143917/150‑1 (MQ=255) cagcagCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTtc > 2:983077/1‑150 (MQ=255) gcagcTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCgcag < 1:287591/82‑1 (MQ=255) gcagcTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCgcag > 2:287591/1‑82 (MQ=255) ctgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCAATTTTCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTTCCTCCAg > 2:759031‑M2/5‑150 (MQ=255) tgcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTTCCTCCAgc < 2:245091‑M2/147‑1 (MQ=255) gcGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTTCCTCCAgcg < 2:845910‑M2/148‑1 (MQ=255) | GCTCACCACGGCGTGCGAGCCGAGCCGCATCACGCGGTTTTCTTCACCCGTGCCTTCCTGCAGCGCCTGCTGCAGGTCCAGTTCCGGGCACAGCTGCTGCAGCGGCCGGCCCAGCGCTGCGCTAACCGGCAGGTCCAGCAGCTGCGCAAGGGCAGGGTTGAGCGACTGCACCACGCCTTGGTTGTCGACCGCTGCTACGCCGGCGGGGATATGCCGCAGCACGGCATTCAGATGCCGCCGTTTGGCGATCTCGACGCGTTGAGTGTCGAGAATGCCCAGGGCTTCCTCCAGCG > NC_002947/3179868‑3180160 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |