New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_002947 | 356108 = | 68 (1.380) | coding (99/948 nt) | cbcX | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein |
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CATGGTCGGCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTC > NC_002947/355940‑356232 | gcccggcgacccacgcgaacccgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcagccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGAt < 2:852252‑M1/3‑1 (MQ=255) cATGGTCGGCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGAt > 2:1143492/1‑150 (MQ=255) cATGGTCGGCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGAt > 1:437862/1‑150 (MQ=255) tGGTCGGCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGt < 1:121506/150‑1 (MQ=255) gacccacgcgaacccgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcaaccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGATGTCGG‑Tc < 1:633685‑M1/10‑1 (MQ=255) gCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTc > 1:316694/1‑145 (MQ=255) gCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTc < 2:316694/145‑1 (MQ=255) acgcgaacccgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcagccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGa < 2:893538‑M1/2‑1 (MQ=255) acgcgaacccgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcagccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGa > 1:893538‑M1/136‑137 (MQ=255) acgcgaacccgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcagccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGa < 1:665503‑M1/2‑1 (MQ=255) acgcgaacccgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcagccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGa > 2:665503‑M1/136‑137 (MQ=255) aGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGa < 1:620212/150‑1 (MQ=255) gagaAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGga > 1:1192513/1‑150 (MQ=255) 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aaCGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatgga > 1:1206457/1‑150 (MQ=255) aCGCGGGTGGTCGCGAACGTGACTGTGATGCTGG‑TCCATCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCCGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat < 2:459444/150‑1 (MQ=255) aCGATGGTGGTCCCGGTCGTGACGGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat > 2:1380383/1‑150 (MQ=255) gcaatgtcagactgtacgcttctccGATGTCGGCTGGA‑CCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggatg < 2:1093258‑M1/125‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggatg < 2:1319704/150‑1 (MQ=255) tggtCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTcc > 1:701527/1‑150 (MQ=255) tCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTga > 1:1060242/1‑150 (MQ=255) gcgGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTgaga > 2:497529/1‑150 (MQ=255) gcgGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTgaga > 2:195829/1‑150 (MQ=255) ggTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGata < 1:212927/150‑1 (MQ=255) tCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATAtt < 1:497529/150‑1 (MQ=255) gcttctccGATGTCGGCTGGA‑CCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat > 1:174657‑M1/9‑132 (MQ=255) gcttctccGATGTCGG‑CTGGACCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat < 2:174657‑M1/124‑1 (MQ=255) gTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGt < 2:437862/150‑1 (MQ=255) tGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTc > 1:852252/1‑150 (MQ=255) tGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTc > 2:166985/1‑150 (MQ=255) ttctccGATGTCGGCTGGA‑CCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTga < 2:1296933‑M1/134‑1 (MQ=255) cTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCCATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTc > 2:826094/1‑150 (MQ=255) GATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat < 1:296362‑M1/124‑1 (MQ=255) GATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat > 2:296362‑M1/1‑124 (MQ=255) | CATGGTCGGCATCCAGTTGCCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTC > NC_002947/355940‑356232 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |