New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_002947 | 356087 = | 74 (1.410) | 17 (0.350) | 12/230 | NT | 19.9% | coding (120/948 nt) | cbcX | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein |
? | NC_002947 | 356108 = | 68 (1.380) | coding (99/948 nt) | cbcX | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
CCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTGGGTCGCCGGGCTTT > NC_002947/355959‑356257 | ccGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCg < 2:897595/150‑1 (MQ=255) gagaAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGga > 1:1192513/1‑150 (MQ=255) cgaagacaatatctcaggagtccatccatgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcaaccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctccGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGga > 2:633685‑M1/127‑150 (MQ=255) cgaagacaatatctcaggagtccatcactgaaaggttcaccctcgctgttactggttgcgttgctgtccgcgccattgctggcccaagcagccgaacccgagcaatgtcagactgtacgcttctctGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGga > 1:831‑M1/127‑150 (MQ=255) acatGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGAGAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTTTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGc < 2:347703/150‑1 (MQ=255) acacGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGc < 2:1192513/150‑1 (MQ=255) acGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGt < 2:675403/150‑1 (MQ=255) acGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGGCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGTTGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGt > 2:595600/1‑150 (MQ=255) 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tccgatgtcggctggaccgacatcAGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCAGTGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCg > 1:831‑M2/25‑150 (MQ=255) cgatgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCgg > 1:1077540‑M2/23‑51 (MQ=255) cgatgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCgg < 2:1077540‑M2/29‑1 (MQ=255) GATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat < 1:296362‑M1/124‑1 (MQ=255) gatgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat > 2:1405313‑M2/22‑124 (MQ=255) gatgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTc < 1:577169‑M2/125‑1 (MQ=255) gatgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTc > 2:577169‑M2/22‑146 (MQ=255) atgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat < 2:446150‑M2/103‑1 (MQ=255) atgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCatggat > 1:446150‑M2/21‑123 (MQ=255) atgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCat < 1:848541‑M2/99‑1 (MQ=255) atgtcggctggaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCat > 2:848541‑M2/21‑119 (MQ=255) G‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAgcaacgcaac > 2:437546‑M1/1‑86 (MQ=255) G‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAgcaacgcaac < 1:437546‑M1/86‑1 (MQ=255) tCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTgg < 1:166985/150‑1 (MQ=255) gaccgacatcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGTTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTGGGTc < 1:633685‑M2/140‑1 (MQ=255) aGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTGGGTc > 2:127074/1‑150 (MQ=255) atcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTGGGTCGCCGGGc < 2:852252‑M2/147‑1 (MQ=255) tcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGt > 1:893538‑M2/3‑137 (MQ=255) tcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGt < 1:665503‑M2/135‑1 (MQ=255) tcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGt > 2:665503‑M2/3‑137 (MQ=255) tcGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGt < 2:893538‑M2/135‑1 (MQ=255) ggAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTGGGTCGCCGGGCttt > 2:1174269/1‑150 (MQ=255) | CCGAGAAACACGTCCAGGTCCTTGCCGGTGGCCAGCGACTTGTAGGTCACCGGTACCGAGATCATGGTGGTGTGGGTCTTGTAACCCAGTGCTTCGAGCACAACGCTGGTGGTCGCGGTCGTGACTGTGATGTCGG‑TCCAGCCGACATCGGAGAAGCGTACAGTCTGACATTGCTCGGGTTCGGCTGCTTGGGCCAGCAATGGCGCGGACAGCAACGCAACCAGTAACAGCGAGGGTGAACCTTTCATGGATGGACTCCTGAGATATTGTCTTCGGGTTCGCGTGGGTCGCCGGGCTTT > NC_002947/355959‑356257 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |