| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 884638 = | 85 (1.620) | 5 (0.100) | 5/240 | NT | 5.8% | coding (546/2718 nt) | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | 884681 = | 79 (1.540) | coding (589/2718 nt) | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator | |||||
GCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGA > NC_002947/884500‑884787 | cacccagccgtcgctgcgctggatcaggttgtccagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaC‑AGCCGCCAGCg < 1:367645‑M1/12‑1 (MQ=255) tGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGc > 2:184094/1‑150 (MQ=255) gcgcTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCa > 2:889413/1‑150 (MQ=255) gTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGCACGTTGCCTGCAGTTCTGCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTg < 1:173113/150‑1 (MQ=255) gTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTg < 1:889413/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCTGCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCAc > 1:1378955/1‑150 (MQ=255) tGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTTCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCAcc > 2:223455/1‑150 (MQ=255) gATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGgcgcgc < 2:50869/150‑1 (MQ=255) aTACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGgc > 1:743225/1‑145 (MQ=255) aTACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGgc < 2:743225/145‑1 (MQ=255) aTACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcc < 1:658289/150‑1 (MQ=255) gccgcTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCt < 1:174847/138‑1 (MQ=255) gccgcTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCt > 2:174847/1‑138 (MQ=255) ttgtccagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgc > 1:546127‑M1/111‑150 (MQ=255) tgtccagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgccgggaC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgcc > 2:367645‑M1/110‑150 (MQ=255) gctgctgctGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGTGGTCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGCGGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgcct < 2:51461/150‑1 (MQ=255) gctgctgctGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgcct < 1:459984/150‑1 (MQ=255) cagtgcctggccgcgcaggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgctggtgaCCAGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGcgcctgcgcctg < 1:1345119‑M1/44‑1 (MQ=255) tgctgGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGGTGCCAGCCTGGCCGCTGgcggc < 1:926499/136‑3 (MQ=255) tgctgGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGGTGCCAGCCTGGCCGCTGgcggc > 2:926499/1‑134 (MQ=255) tACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGt > 2:1245351/1‑150 (MQ=255) tACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGt > 1:782227/1‑150 (MQ=255) cTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTg > 1:918356/1‑150 (MQ=255) 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caggccggtaggctggcgaccgatcactgccaacgactcatccgcggtgaggcgcaggtcctgttcgttaagctcgaccaactgctggtgaCCAGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTc > 2:1345119‑M1/92‑150 (MQ=255) cTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCt > 1:613599/1‑150 (MQ=255) cTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCt > 1:307484/1‑150 (MQ=255) tATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTcc < 2:696084/132‑1 (MQ=255) tATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTcc > 1:696084/1‑132 (MQ=255) tATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCtt > 1:61828/1‑150 (MQ=255) tCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTaa < 1:506258/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCAGCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGa > 2:1027124/1‑150 (MQ=255) ccTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTg > 2:223718/1‑136 (MQ=255) ccTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTg < 1:223718/136‑1 (MQ=255) 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tCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgccag < 2:973321/76‑3 (MQ=255) tCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCgcgcctgcgccag > 1:973321/1‑74 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTAc > 2:906653/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTAc > 1:1219054/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGCTCGGTCGCCCGCCTccc > 2:657855/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAAGCACGCACCCGGCCCCCCTACTCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGAACCGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTACAAAGTGCTCTCTCCCCAGCCTATCgtc < 2:1378955/150‑3 (MQ=255) tGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCa < 2:1373793/67‑1 (MQ=255) tGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCa > 1:1373793/1‑67 (MQ=255) gtgtTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACa > 2:196397/1‑86 (MQ=255) gtgtTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACa < 1:196397/86‑1 (MQ=255) gtTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCgg > 2:441450/1‑150 (MQ=255) gCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCa < 2:61828/150‑1 (MQ=255) tGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGTAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAgg < 2:574847/150‑1 (MQ=255) C‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACCGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGa > 1:455123‑M1/1‑150 (MQ=255) C‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGc > 1:985116‑M1/1‑139 (MQ=255) C‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGc < 2:985116‑M1/139‑1 (MQ=255) C‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGa < 1:941670‑M1/150‑1 (MQ=255) C‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGa > 1:742337‑M1/1‑150 (MQ=255) | GCTGGCGCTGTACCTGCAAGCTGATACGCCGCTGCTGCTGGTACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTCCCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGA > NC_002947/884500‑884787 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |