New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 884638 = | 85 (1.620) | 5 (0.100) | 5/240 | NT | 5.8% | coding (546/2718 nt) | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 884681 = | 79 (1.540) | coding (589/2718 nt) | PP_0767 | LuxR family transcriptional regulator |
TACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTGGGTGGCCGGGT > NC_002947/884541‑884825 | tACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGt > 1:782227/1‑150 (MQ=255) tACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGt > 2:1245351/1‑150 (MQ=255) cTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTg > 1:918356/1‑150 (MQ=255) tGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTc‑cc > 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cTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCt > 1:613599/1‑150 (MQ=255) cTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCt > 1:307484/1‑150 (MQ=255) tATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTc‑c > 1:696084/1‑132 (MQ=255) tATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTc‑c < 2:696084/132‑1 (MQ=255) tATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCtt > 1:61828/1‑150 (MQ=255) 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aaTCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGt > 2:809546/1‑150 (MQ=255) aaTCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGt > 2:1143149/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTAc > 2:906653/1‑150 (MQ=255) ccccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTAc > 1:1219054/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGCTCGGTCGCCCGCCTccc > 2:657855/1‑150 (MQ=255) 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gccAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGTCCAGGCACTgg < 2:420655/144‑1 (MQ=255) gccAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTgg > 1:420655/1‑144 (MQ=255) gccAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAAcc < 2:918356/150‑1 (MQ=255) gCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCg < 1:626904/101‑1 (MQ=255) gCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCg > 2:626904/1‑101 (MQ=255) ccAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCcag < 2:204968/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCcagc > 2:738741/1‑150 (MQ=255) cAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCcagc < 1:237094/150‑1 (MQ=255) cAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCcagc < 1:237096/150‑1 (MQ=255) tGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGa > 2:18893/1‑77 (MQ=255) tGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGa < 1:18893/77‑1 (MQ=255) aCCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGc < 1:221246/39‑1 (MQ=255) aCCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGc > 2:221246/1‑39 (MQ=255) aCCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTgg < 1:292605/81‑1 (MQ=255) aCCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTgg > 2:292605/1‑81 (MQ=255) aCCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACg > 1:1329863/1‑150 (MQ=255) aCCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACg > 1:767095/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTg < 2:613599/150‑1 (MQ=255) gcgcgcCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTgg < 1:441450/150‑1 (MQ=255) cgctggcggctgTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTGGGTg < 1:367645‑M2/138‑1 (MQ=255) ctgcgcctgTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTGGGTGGcc > 1:879847/1‑150 (MQ=255) gcctgTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTGGGTGGCCGGGt < 2:91325/150‑1 (MQ=255) | TACTGGACGACTATCACCTGGCCCAGGGGCCGGTGCTCGACCGTTGCCTGCAGTTCTTCCTCAATCACCTGCCCCCCGGCCTGGTGTTGCTGGTGACC‑AGCCGCCAGCGGCCAGGCTGGCACCTGGCGCGCCTGCGCCTGTC‑CCGGCAGTTGGTCGAGCTTAACGAACAGGACCTGCGCCTCACCGCGGATGAGTCGTTGGCAGTGATCGGTCGCCAGCCTACCGGCCTGCGCGGCCAGGCACTGGACAACCTGATCCAGCGCAGCGACGGCTGGGTGGCCGGGT > NC_002947/884541‑884825 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |