| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2021755 = | 41 (0.780) | 4 (0.080) | 4/232 | NT | 9.6% | intergenic (+249/‑190) | PP_1798/gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase |
| ? | NC_002947 | 2021785 = | 37 (0.750) | intergenic (+279/‑160) | PP_1798/gmd | outer membrane efflux protein/GDP‑mannose 4,6‑dehydratase | |||||
CGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCA > NC_002947/2021608‑2021901 | gcctgacgcgggcaattccaaccacgcgtatgaaggttagacgaggaagtatacatcggtcgagcagagtcgtcggctcgcaaacagatgtttgctaccccggcgcaagttcggccaccggccgatattgcataaccttggcaccccCGt > 1:1241182‑M1/148‑150 (MQ=255) tgtCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGTCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTgc < 1:20784/150‑1 (MQ=255) ctgacgcgggcaattccaaccacgcgtatgaaggttagacgaggaagtatacataggtcgggcggagtactcgactcgcaaacagatgttggctaccccggcgcaagttcggccaccggccgatattgcataaccttggcaccccCGTgc > 2:809010‑M1/146‑150 (MQ=255) aGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGc > 1:772949/1‑150 (MQ=255) aTGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCtt > 2:647332/1‑150 (MQ=255) tGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCttt < 2:893480/150‑1 (MQ=255) gCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACg > 2:152983/1‑150 (MQ=255) gCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACg < 2:772949/150‑1 (MQ=255) cTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACgg < 1:493812/150‑1 (MQ=255) aTCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACgggg > 2:1423017/1‑148 (MQ=255) aTCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACgcgg < 1:1423017/148‑1 (MQ=255) gACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGcc < 1:592669/150‑1 (MQ=255) aCCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCa > 2:189165/1‑150 (MQ=255) gttAGCGTAGGCTTACCCGGGCTGTTGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAg < 1:1003301/149‑1 (MQ=255) cTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAg < 1:647332/150‑1 (MQ=255) gaggaagtatacataggtcgggcggagtactcgactcgcaaacagatgttggctaccccggcgcaagttcggccaccggccgatattgcataaccttggcaccccCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGt < 1:353108‑M1/35‑1 (MQ=255) gaggaagtatacataggtcgggcggagtactcgactcgcaaacagatgttggctaccccggcgcaagttcggccaccggccgatattgcataaccttggcaccccCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGt > 2:353108‑M1/106‑140 (MQ=255) cgcAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTCCCACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTAt < 1:1167291/150‑1 (MQ=255) gcAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTTCCAAGGTTATg > 1:442523/1‑150 (MQ=255) cAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGc < 1:995233/150‑1 (MQ=255) gACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATc < 1:152983/150‑1 (MQ=255) gCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATACCGGCCGGt < 2:167488/150‑1 (MQ=255) tgctATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAAc < 1:490580/150‑1 (MQ=255) gCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCgg > 2:909123/1‑150 (MQ=255) tttCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTa > 1:85774/1‑150 (MQ=255) aGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCa > 2:446006/1‑150 (MQ=255) ttCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCt > 1:675742/1‑150 (MQ=255) ttCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGAAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCt > 1:441467/1‑150 (MQ=255) ttCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTGATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCt > 1:675059/1‑150 (MQ=255) ccTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCaa > 1:1326934/1‑96 (MQ=255) ccTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCaa < 2:1326934/96‑1 (MQ=255) tACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGttt > 1:1167719/1‑150 (MQ=255) tACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGttt < 1:446006/150‑1 (MQ=255) cccggcgcaagttcggccaccggccgatattgcataaccttggcaccccCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACgggg < 2:926465‑M1/33‑1 (MQ=255) cccggcgcaagttcggccaccggccgatattgcataaccttggcaccccCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACgggg > 1:926465‑M1/50‑82 (MQ=255) cGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGcgagtcga < 1:909123/150‑1 (MQ=255) cGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGcgagtcga < 1:189165/150‑1 (MQ=255) aCAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTACGc > 1:221411/1‑150 (MQ=255) cccTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGa > 2:1334543/1‑150 (MQ=255) ttCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGaa < 2:455274/97‑1 (MQ=255) ttCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGaa > 1:455274/1‑97 (MQ=255) cGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTAt < 1:1334543/150‑1 (MQ=255) aCGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGt < 2:462795/150‑1 (MQ=255) aCGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGt < 1:150397/150‑1 (MQ=255) tCCTCATGTGCCTTTCTTGCTCTTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCACCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTc < 2:441467/150‑1 (MQ=255) ccTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCg < 2:1167719/150‑1 (MQ=255) gATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCaa > 2:1005038/1‑61 (MQ=255) gATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCaa < 1:1005038/61‑1 (MQ=255) tttCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCa > 2:448375/1‑150 (MQ=255) | CGTGTCAGGCGAGGTCAAGATGGTTTGGCTTCATCGACCTTAGCGCAGGCCGACCCGGGCGGTGGCTGCTATGGGGCTATTTCAGATGCTTCCTACAAGTGCCGTGCTGGAACAGCCCTTCGACGGCACGTATCCTGATGCGCCTTTCGTGCGCGTGCCCCACTTGCTTTGCGCACGGGGGTGCCAAGGTTATGCAATATCGGCCGGTGGCCGAACTTGCGCCGGGGTAGCCAACATCTGTTTGCGAGTCGAGTACTCCGCCCGACCTATGTATACTTCCTCGTCTAACCTTCA > NC_002947/2021608‑2021901 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |