New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2130430 = | 42 (0.800) | 4 (0.080) | 4/230 | NT | 9.4% | coding (1812/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
? | NC_002947 | 2130464 = | 38 (0.770) | coding (1778/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
CACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCG > NC_002947/2130283‑2130577 | cctgttcgcctcacaatcgttgaccgaccgttacggcaatgatcgtcagtttggcctgagcgtgacggtacccttgcatttcggtcaccgcgccaatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCt < 1:66667‑M1/3‑1 (MQ=255) cctgttcgcctcacaatcgttgaccgaccgttacggcaatgatcgtcagtttggcctgagcgtgacggtacccttgcatttcggtcaccgcgccaatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCt > 2:1340347‑M1/148‑150 (MQ=255) ctgttcgcctcacaatcgttgaccgaccgttacggcaatgatcgtcagtttggcctgagcgtgacggtacccttgcatttcggtcaccgcgccaatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTc < 2:987259‑M1/4‑1 (MQ=255) accgcaccACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTc > 1:103772/1‑150 (MQ=255) ccgcacgACGGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCa < 2:1223239/150‑1 (MQ=255) cacTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAgcgcgc > 2:99467/1‑150 (MQ=255) acTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAgcgcgcg > 1:735613/1‑150 (MQ=255) tGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAgcgcgcgcg > 2:26978/1‑150 (MQ=255) ggCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAgcgcgcgcgc < 2:366299/150‑1 (MQ=255) cATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGCTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAgcgcgcgcgcgc < 2:761134/150‑1 (MQ=255) aTTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCt > 2:694269/1‑150 (MQ=255) aaTGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCg < 1:1149980/150‑1 (MQ=255) gCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCt > 1:579556/1‑150 (MQ=255) aGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTgg < 1:99467/150‑1 (MQ=255) gTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACg > 1:137810/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACg > 2:738097/1‑150 (MQ=255) gTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAg > 2:496434/1‑150 (MQ=255) gTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAg < 1:694269/150‑1 (MQ=255) aGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGc > 2:768711/1‑150 (MQ=255) gCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCg < 2:717997/150‑1 (MQ=255) cATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCt > 2:1238836/1‑94 (MQ=255) cATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCt < 1:1238836/94‑1 (MQ=255) aGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGa > 2:404492/1‑150 (MQ=255) gCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTc < 1:189722/150‑1 (MQ=255) ccTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCg > 1:244897/1‑150 (MQ=255) tcaccgcgccaatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGc < 1:959736‑M1/34‑1 (MQ=255) tcaccgcgccaatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGc > 2:959736‑M1/64‑97 (MQ=255) gCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGgc < 2:244897/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGCTTGTCACGGCTGAGGCTGGTGCTGTAGCTCA‑‑GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGgcgc < 1:791637/150‑1 (MQ=255) gAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGcgcg < 1:768711/150‑1 (MQ=255) gAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGcgcg < 2:60652/150‑1 (MQ=255) caatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGc > 2:1060718‑M1/55‑93 (MQ=255) caatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGc < 1:1060718‑M1/39‑1 (MQ=255) tGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCA‑‑GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TCGGCGCGGTGACCGAAAt < 2:726540/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg > 2:130225/1‑133 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg > 2:841246/1‑133 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg < 1:130225/133‑1 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg < 1:841246/133‑1 (MQ=255) cTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCa < 2:77130/150‑1 (MQ=255) tGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGGTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCCCAGGATTAGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCaa < 1:738097/150‑1 (MQ=255) tGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCC‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCaa < 1:404492/150‑1 (MQ=255) tCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAgg < 1:496434/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCA‑‑GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTAc > 2:1220363/1‑150 (MQ=255) ttCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCt > 1:113312/1‑150 (MQ=255) cGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCGCGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCa < 2:137810/150‑1 (MQ=255) tCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAg > 1:229417/1‑149 (MQ=255) tCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAg < 2:229417/149‑1 (MQ=255) cTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGt < 2:251664/73‑1 (MQ=255) cTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGt > 1:251664/1‑73 (MQ=255) aGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGa > 2:19793/1‑150 (MQ=255) gCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCAtt < 1:988154/150‑1 (MQ=255) tGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGACGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGc > 1:391017/1‑150 (MQ=255) tAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGC‑GCCGCAACAAACGAGCACTAACCGGCGTGAGCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCg > 1:1169051/1‑150 (MQ=255) tAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGGTGTGCGGGAGCTCAAGGGTGGCT‑GGCGCACGGTGACCGAAAGGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCg > 1:1169216/1‑150 (MQ=255) GCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCAtt > 1:21972‑M1/1‑144 (MQ=255) GCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCAtt < 2:21972‑M1/144‑1 (MQ=255) | CACCGCACCACTGGCATTCAATGACAGGCTGCGGTAGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCG > NC_002947/2130283‑2130577 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |