New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2130430 = | 42 (0.800) | 4 (0.080) | 4/230 | NT | 9.4% | coding (1812/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
? | NC_002947 | 2130464 = | 38 (0.770) | coding (1778/2496 nt) | fimD | type I pili subunit FimD |
AGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGG > NC_002947/2130318‑2130610 | aGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTgg < 1:99467/150‑1 (MQ=255) gTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACg > 2:738097/1‑150 (MQ=255) gTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACg > 1:137810/1‑150 (MQ=255) gTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAg < 1:694269/150‑1 (MQ=255) gTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAg > 2:496434/1‑150 (MQ=255) aGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGc > 2:768711/1‑150 (MQ=255) gCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCg < 2:717997/150‑1 (MQ=255) aGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGa > 2:404492/1‑150 (MQ=255) gCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTc < 1:189722/150‑1 (MQ=255) ccTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCg > 1:244897/1‑150 (MQ=255) gCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGgc < 2:244897/150‑1 (MQ=255) gCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGCTTGTCACGGCTGAGGCTGGTGCTGTAGCTCA‑‑GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGgcgc < 1:791637/150‑1 (MQ=255) gAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGcgcg < 2:60652/150‑1 (MQ=255) gAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGcgcg < 1:768711/150‑1 (MQ=255) caatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGc > 2:1060718‑M1/55‑93 (MQ=255) caatgcgaccttcgacctgcagcacaacgccaacggctacagccagcgtgccacGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGc < 1:1060718‑M1/39‑1 (MQ=255) tGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCA‑‑GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TCGGCGCGGTGACCGAAAt < 2:726540/150‑1 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg < 1:130225/133‑1 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg > 2:841246/1‑133 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg > 2:130225/1‑133 (MQ=255) cGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg < 1:841246/133‑1 (MQ=255) cTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCa < 2:77130/150‑1 (MQ=255) tGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGGTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCCCAGGATTAGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCaa < 1:738097/150‑1 (MQ=255) tGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCC‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCaa < 1:404492/150‑1 (MQ=255) tCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAgg < 1:496434/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCA‑‑GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTAc > 2:1220363/1‑150 (MQ=255) ttCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCt > 1:113312/1‑150 (MQ=255) cGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCGCGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCa < 2:137810/150‑1 (MQ=255) tCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAg > 1:229417/1‑149 (MQ=255) tCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAg < 2:229417/149‑1 (MQ=255) cTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGt < 2:251664/73‑1 (MQ=255) cTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGt > 1:251664/1‑73 (MQ=255) aGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGa > 2:19793/1‑150 (MQ=255) gCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCAtt < 1:988154/150‑1 (MQ=255) gccacgctcagcggcagcgacagcgcgcgcgcgctgagcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg < 1:1060718‑M2/54‑1 (MQ=255) gccacgctcagcggcagcgacagcgcgcgcgcgctgagcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTg > 2:1060718‑M2/40‑93 (MQ=255) tGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGACGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGc > 1:391017/1‑150 (MQ=255) tAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGC‑GCCGCAACAAACGAGCACTAACCGGCGTGAGCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCg > 1:1169051/1‑150 (MQ=255) tAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGGTGTGCGGGAGCTCAAGGGTGGCT‑GGCGCACGGTGACCGAAAGGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCg > 1:1169216/1‑150 (MQ=255) gctcagcggcagcgacagcgcgcgcgcgctgagcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGa > 2:959736‑M2/35‑97 (MQ=255) gctcagcggcagcgacagcgcgcgcgcgctgagcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGa < 1:959736‑M2/63‑1 (MQ=255) GCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCAtt < 2:21972‑M1/144‑1 (MQ=255) GCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCAtt > 1:21972‑M1/1‑144 (MQ=255) TCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAAc < 1:987259‑M1/150‑1 (MQ=255) AGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTc > 1:945117‑M1/1‑78 (MQ=255) AGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTc < 2:945117‑M1/78‑1 (MQ=255) GCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGCAGCA‑TTGGCGCGGTGATCCCAGGCCAAGTGTACCGTCACGGTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGt > 1:26978‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCCGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCg < 1:1358840‑M1/150‑1 (MQ=255) gcgcgcgcTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAAcggtcggt < 2:40191/150‑1 (MQ=255) tGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAAc < 2:1310231/116‑1 (MQ=255) tGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAAc > 1:1310231/1‑116 (MQ=255) tGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGAtt < 2:579556/150‑1 (MQ=255) gagcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAg < 2:987259‑M2/146‑1 (MQ=255) agcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAgg < 1:66667‑M2/147‑1 (MQ=255) agcGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAgg > 2:1340347‑M2/4‑150 (MQ=255) | AGTTGTCGGCTTCGGTATAGCCAGCACTCACGCTGGCATAGGGGGCCTGATGGCCGAGCGACAGTGCCGCTGTCTTGCGGGCGTGTTCGTCACGGCTCAGGCTGGTGCTGTAGCTCAGCGCGCGCGCGCTGTCGCTGCCGCTGAGCGTGGCACGCTGGCTGTAGCCGTTGGCGTTGTGCTGCAGGTCGAAGGTCGCA‑TTGGCGCGGTGACCGAAATGCAAGGGTACCGTCACGCTCAGGCCAAACTGACGATCATTGCCGTAACGGTCGGTCAACGATTGTGAGGCGAACAGG > NC_002947/2130318‑2130610 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |