| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2314872 | 67 (1.270) | 5 (0.100) | 5/234 | NT | 7.2% | coding (296/888 nt) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
| ? | NC_002947 | = 2314907 | 66 (1.320) | coding (261/888 nt) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCG > NC_002947/2314725‑2315021 | gACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTACGGCAGGATCGGAATGTCGATGGCGGCGAGGTCAAGCACATAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAg < 1:602821/150‑1 (MQ=255) aGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGCGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGcc > 2:443790/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCt > 1:62555/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCt > 2:219729/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCt < 2:102622/150‑1 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGGTGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 1:435934/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtg > 2:1062236/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCtgt < 2:1211871/150‑1 (MQ=255) gCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCg < 2:801742/150‑1 (MQ=255) cTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCgg < 2:1158604/150‑1 (MQ=255) ccGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAGTGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCt > 1:206920/1‑150 (MQ=255) ccGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCt > 2:1234839/1‑150 (MQ=255) cGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGCAAGCTTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTg > 1:1097423/1‑150 (MQ=255) cGGGTTGTGGGAGAGCAAGAGCGGAATGTCGATGGCGGCGACGACGGCGTTGTAACGGGCGACTACTGCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCAAGGCGGGCACGCTg > 2:49560/1‑150 (MQ=255) gttgttGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCAc < 2:1097423/150‑1 (MQ=255) ttgttgTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTCGTGGGCAGTCACTTCATCGTTGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACg < 1:526239/150‑1 (MQ=255) gtAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTgc‑g > 2:1049435/1‑150 (MQ=255) tAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTA‑‑‑‑‑‑caccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgcta > 1:1070611‑M1/1‑109 (MQ=255) agagCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGg < 1:562819‑M2/150‑2 (MQ=255) agagCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGg > 1:1062236‑M2/1‑149 (MQ=255) agagCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTA‑‑‑‑‑‑caccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctac < 2:1070611‑M1/150‑43 (MQ=255) gCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcgg < 2:1383844‑M2/150‑5 (MQ=255) cATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggg < 2:859560‑M2/150‑6 (MQ=255) 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tCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggtgggca < 1:10415‑M2/150‑11 (MQ=255) gAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCGCTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcg < 1:175565‑M2/140‑4 (MQ=255) gAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCGCTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcg > 2:175565‑M2/1‑137 (MQ=255) aTGTCGATGGCGGCGCCCACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCg < 1:1311187/150‑1 (MQ=255) gTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCTGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGga < 1:1355687/150‑1 (MQ=255) tCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAgg < 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ccTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTa > 1:491123/1‑150 (MQ=255) cTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggt > 2:460440‑M1/1‑77 (MQ=255) cTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggt < 1:460440‑M1/117‑41 (MQ=255) cTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTAc < 2:51214/150‑1 (MQ=255) gCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCCGTACGGGCAGGGCCATNGNCGCGAGCAGCG‑AGCACCGCAGGGCNGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCa > 1:247622/1‑150 (MQ=255) gACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAAt > 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tgcccaccgCccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccga < 1:10415‑M1/146‑141 (MQ=255) gTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑‑acggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcatgctct < 2:1070611‑M2/150‑107 (MQ=255) tAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑‑acggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcatgctcta > 1:1070611‑M2/1‑43 (MQ=255) cACCGCccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcat > 1:219729‑M1/1‑6 (MQ=255) cACCGCccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcat > 2:363040‑M1/1‑6 (MQ=255) cACCGCccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcat > 1:1383844‑M1/1‑6 (MQ=255) cccgcccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcatg < 2:859560‑M1/149‑146 (MQ=255) aCCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaag > 2:460440‑M2/1‑40 (MQ=255) ccgcccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcatgc < 2:1383844‑M1/150‑147 (MQ=255) cgcccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagcggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattc > 2:175565‑M1/1‑3 (MQ=255) cgcccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggt < 1:1222250‑M1/54‑52 (MQ=255) cgcccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggt > 2:1222250‑M1/1‑3 (MQ=255) cGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGc > 1:384168/1‑150 (MQ=255) cGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGc < 1:61050/150‑1 (MQ=255) cccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcatgctct < 1:562819‑M1/150‑150 (MQ=255) cccgcaccgtgcagcgtgcccgcctggcacaggcctgcggtgctacggcggtgatggtgctgcccatctcttactggaagctcaccgaagccgaagtggtcgcccactacaaggcggtcggcgccgccatcgacattccgatcatgctct > 1:1062236‑M1/1‑1 (MQ=255) cAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCg > 1:1146376/1‑150 (MQ=255) | GACAGGTCGGTGCCGCTGGTGCCCGGGTTGTTGTAGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCG > NC_002947/2314725‑2315021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |