| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2314872 | 67 (1.270) | 5 (0.100) | 5/234 | NT | 7.2% | coding (296/888 nt) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase |
| ? | NC_002947 | = 2314907 | 66 (1.320) | coding (261/888 nt) | PP_2036 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate synthase | |||||
AGAGCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAGGTAAGCCCCTTCGCCGGTGCTGCCCAGCGGCGCGATGGCGTGCACGCCGCC > NC_002947/2314759‑2315056 | agagCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGg > 1:1062236‑M2/1‑149 (MQ=255)agagCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGg < 1:562819‑M2/150‑2 (MQ=255) gCATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcgg < 2:1383844‑M2/150‑5 (MQ=255) cATGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggg < 2:859560‑M2/150‑6 (MQ=255) aTGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggtg > 1:219729‑M2/1‑144 (MQ=255) aTGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggtg > 1:1383844‑M2/1‑144 (MQ=255) aTGATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggtg > 2:363040‑M2/1‑144 (MQ=255) gATCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCggtggt > 1:336533/1‑150 (MQ=255) aTCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTc < 1:1049435/150‑1 (MQ=255) tCGGAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcggtgggca < 1:10415‑M2/150‑11 (MQ=255) gAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCGCTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcg < 1:175565‑M2/140‑4 (MQ=255) gAATGTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCGCTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGgcg > 2:175565‑M2/1‑137 (MQ=255) aTGTCGATGGCGGCGCCCACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCg < 1:1311187/150‑1 (MQ=255) gTCGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCTGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGga < 1:1355687/150‑1 (MQ=255) cGATGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGgaga < 1:1371224/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGc < 1:63329/150‑1 (MQ=255) cggcgCCGACCGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGa > 2:196754/1‑150 (MQ=255) cGCCTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTggg > 2:170189/1‑150 (MQ=255) ccTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTa > 1:491123/1‑150 (MQ=255) cTTGTAGTGGGCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTAc < 2:51214/150‑1 (MQ=255) gCGACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCCGTACGGGCAGGGCCATNGNCGCGAGCAGCG‑AGCACCGCAGGGCNGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCa > 1:247622/1‑150 (MQ=255) gACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAAt > 1:620210/1‑150 (MQ=255) gACCACTTCGGCTTCGGTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAAt > 2:826286/1‑150 (MQ=255) cttcggcttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTg > 2:858079/1‑150 (MQ=255) ttcggcttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCGGGGTGAGGGACGG‑GGACAGTTGTCAGGGCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGc > 1:168569/1‑150 (MQ=255) ttcggcttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGc > 1:1204902/1‑150 (MQ=255) tcggcttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGcc < 1:196754/150‑1 (MQ=255) ggctacggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CCGCACCATCGCCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTg < 1:1197561/150‑1 (MQ=255) gcttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTgg > 2:1189127/1‑150 (MQ=255) ttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTgg > 1:1371576/1‑122 (MQ=255) ttcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCt > 1:977801/1‑150 (MQ=255) gtcggTGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTgg < 2:1371576/121‑1 (MQ=255) tGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGc > 2:763225/1‑105 (MQ=255) tGAGCTTCCAGTAAGAGATGGG‑CAGCACCATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGc < 1:763225/105‑1 (MQ=255) 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cATCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGAACGCTGCACGGTGCAGATCGGAGG‑CAGGTACGTGTGACTTACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGa > 1:1242928/1‑150 (MQ=255) aTCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGAc > 1:63026/1‑150 (MQ=255) aTCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGACAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGAc > 2:680736/1‑150 (MQ=255) tCACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACa < 1:1234839/150‑1 (MQ=255) cACCGCCGTAGCACCGCAGGCCTGTGCCAGGCGGGCACGCTGCACGGTGC‑GGGCGGTGGTCAGGTCGGAGACGCTGACCACGCTGGGTACGCGCCCGGCAATGCGTGCCTGGCTGAAGCGCACCACGGTTTCCCATTCGCTGTCGGACAg < 1:1189127/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |