New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2651868 = | 64 (1.220) | 4 (0.080) | 4/238 | NT | 5.5% | coding (593/1113 nt) | aroF‑I | tyr‑sensitive phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
? | NC_002947 | 2651914 = | 75 (1.480) | coding (547/1113 nt) | aroF‑I | tyr‑sensitive phospho‑2‑dehydro‑3‑deoxyheptonate aldolase |
CGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAGGCCCA > NC_002947/2651721‑2652015 | cgcAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGTCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGaaa < 1:2399/150‑1 (MQ=255) ccACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCAccg > 2:732029/1‑150 (MQ=255) gTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGa < 2:585758/150‑1 (MQ=255) cGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAACCCCACCGCCGAGGaaa < 2:356328/150‑3 (MQ=255) ctGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTCCGCCGTGTACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGc < 1:455410/149‑1 (MQ=255) aTGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGc > 2:262572/1‑150 (MQ=255) gggTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGccc < 1:180112/150‑1 (MQ=255) gTTGCGCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGa < 2:834938/150‑1 (MQ=255) gTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGa < 2:1385130/150‑1 (MQ=255) ccTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGc < 2:1190910/141‑1 (MQ=255) ccTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGc > 1:1190910/1‑141 (MQ=255) gtggtgACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTcg > 1:592771/1‑150 (MQ=255) ggccgaaatgggcctgccgaccgccaccgaagcgctcgacccgatttcgccgcagtacctgcaagacctgatcagctggtcggccatcggtgcccgcaccaccgaatcgcAAACACACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgt > 2:345266‑M1/111‑150 (MQ=255) gACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgtg > 1:311309/1‑150 (MQ=255) cgaaattggcctgccgaccgccaccgaagcgctcgacccgatttcgccgcagtacctgcaagacctgatcagctggtcggccatcggtgcccgcaccaccgaatcgcAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgtgtg > 2:683496‑M1/108‑150 (MQ=255) gATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGgtgtgt > 2:903098/1‑150 (MQ=255) acGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTTCGAt > 2:334139/1‑150 (MQ=255) acGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTTCGAt > 2:1303028/1‑150 (MQ=255) 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cTTCCTGGTTGATGCTCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGCCACCGACCGCAGGTCATTGATGGCAACTGTCAGGCCTCCATCGGTACCGGTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCggtgg > 2:374752/1‑150 (MQ=255) ccTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTCCCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCggtg > 2:599639/1‑146 (MQ=255) ccTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCggtg < 1:599639/146‑1 (MQ=255) tGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCgg > 2:918337/1‑150 (MQ=255) ggTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCggg < 1:918337/150‑1 (MQ=255) gaagcgctcgacccgatttcgccgcagtacctgcaagacctgatcagctggtcggccatcggtgcccgcaccaccgaatcgcAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTc > 1:1166266‑M1/83‑135 (MQ=255) gaagcgctcgacccgatttcgccgcagtacctgcaagacctgatcagctggtcggccatcggtgcccgcaccaccgaatcgcAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTc < 2:1166266‑M1/53‑1 (MQ=255) tGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGa > 2:501381/1‑150 (MQ=255) cccAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGCCTGCAGGGAATTGATGCCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATg < 2:311309/150‑1 (MQ=255) ccAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATgg > 2:1394684/1‑150 (MQ=255) aGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGcc > 2:362300/1‑150 (MQ=255) aGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGcc > 2:493969/1‑150 (MQ=255) aGGAAGCGGGGCGGCTTGGACACCGTCTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGcc < 1:1136426/150‑1 (MQ=255) aaGCGGCGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGAc < 2:35942/150‑1 (MQ=255) ccgatttcgccgcagtacctgcaagacctgatcagctggtcggccatcggtgcccgcaccaccgaatcgcaaa < 1:929450‑M1/3‑1 (MQ=255) ccgatttcgccgcagtacctgcaagacctgatcagctggtcggccatcggtgcccgcaccaccgaatcgcaaa > 2:929450‑M1/71‑73 (MQ=255) cGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAg > 2:626803/1‑150 (MQ=255) cGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAg < 2:1419370/150‑1 (MQ=255) gCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCa < 1:262572/150‑1 (MQ=255) cTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAg < 2:1076775/150‑1 (MQ=255) ttGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGa > 2:1091792/1‑61 (MQ=255) ttGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGa < 1:1091792/61‑1 (MQ=255) 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gACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAgg > 2:1189356/1‑150 (MQ=255) ggCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTgcgg < 1:1345630/150‑1 (MQ=255) ggCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTgcgg > 1:64210/1‑150 (MQ=255) gCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTgcggc < 2:396125/150‑1 (MQ=255) tGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGaaa > 2:1241397/1‑150 (MQ=255) 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cAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGt > 2:295840/1‑150 (MQ=255) aaCGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTc < 1:352860/150‑1 (MQ=255) aaCGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTc < 2:205751/150‑1 (MQ=255) cGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTTCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGa < 1:334139/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCg > 2:512680/1‑86 (MQ=255) aGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCg < 1:512680/86‑1 (MQ=255) 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cGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCa > 2:206516/1‑150 (MQ=255) gTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAg < 1:414730/150‑1 (MQ=255) tCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAAGCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAGGc < 2:1086444/150‑1 (MQ=255) cTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAGGcc > 1:794319/1‑150 (MQ=255) cTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGACGGTTGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAGGcc < 1:1241397/150‑1 (MQ=255) ttGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAg > 1:175306/1‑92 (MQ=255) ttGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAg < 2:175306/92‑1 (MQ=255) tGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAGGCCCa > 2:98861/1‑150 (MQ=255) | CGCAGTACCACGTGGCCGTATGGGTTGCCCTTGGTGGTGACGATCGACACGCCGCCTTCCTGGTTGATGCCCAGGAAGCGGTGCGGCTTGGACACCGACTGCAGGGCATTGATGGCAACGGTCAGGCCGCCATCGGTACCGTTCTTGAAACCCACCGCCGAGGACAGGCCCGAGGCCATCTCGCGGTGTGTTTGCGATTCGGTGGTGCGGGCACCGATGGCCGACCAGCTGATCAGGTCTTGCAGGTACTGCGGCGAAATCGGGTCGAGCGCTTCGGTGGCGGTCGGCAGGCCCA > NC_002947/2651721‑2652015 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |