| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2832716 = | 69 (1.310) | 10 (0.200) | 8/232 | NT | 14.1% | intergenic (‑21/+46) | PP_2485/PP_2486 | hypothetical protein/Oye family NADH‑dependent flavin oxidoreductase |
| ? | NC_002947 | 2832764 = | 57 (1.150) | coding (1123/1125 nt) | PP_2486 | Oye family NADH‑dependent flavin oxidoreductase | |||||
TAGCATGCTCGGTGTATCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCTTGGATCAACTGGGTTAAGCGGCCAGTTGTTGGCGATACGAGC > NC_002947/2832567‑2832863 | tAGCATGCTCGGTGTATCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCa > 1:487928/1‑150 (MQ=255) aGCATGCTCGGTGTATCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAAGGACCGGCCCAAGCCTTAATTGCCCCTCCTGGAAGTTCCGTTTAAATCCCTTATCCTCTGGTAAGGGAACCGTGCTGGGTTGTTCAATGCTTACTTTCCTCGGTCAGCa > 2:1235193/1‑150 (MQ=255) gacctgatcgcttttggtagcccctgcattgcgaaacccgacctgcccgctcgtatcgccaacacctggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgatcagggctacaccgactacccgacttacaaatcctaa < 2:559981‑M1/2‑1 (MQ=255) gCATGCTCGGTGTATCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCaaa > 2:1413118/1‑150 (MQ=255) tgatcgcttttggtcgccccttcattgcgaaccccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGc < 2:1216359‑M1/6‑1 (MQ=255) tgatcgcttttggtcgccccttcattgcgaaccccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGc < 2:832145‑M1/6‑1 (MQ=255) tgatcgcttttggtcgccccttcattgcgaaccccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGc < 1:1098499‑M1/6‑1 (MQ=255) aTCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGc > 1:1190515/1‑150 (MQ=255) tCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGcc > 2:246110/1‑150 (MQ=255) tCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGcc > 2:29092/1‑150 (MQ=255) tCACCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCGCGGTTGTTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGcc > 2:160020/1‑150 (MQ=255) aCCTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGcccc > 2:429047/1‑150 (MQ=255) cTTCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTACTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTCAATGCCACGcccc > 2:802207/1‑150 (MQ=255) ttCGAAAGCCTCTAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGa < 1:552646/150‑1 (MQ=255) gccccttcattgcgaaccccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTg < 2:407592‑M1/21‑1 (MQ=255) ccccttcattgcgaaccccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGa < 1:736777‑M1/22‑1 (MQ=255) ttccgaaccccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcacTTACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATggg > 1:398652‑M1/121‑150 (MQ=255) ctctAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATTCTCTTGGAAGGGGATCGTGAGCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATgggg > 2:447042/1‑150 (MQ=255) tctAGGGGAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGc > 1:570032/1‑150 (MQ=255) aGGGGAAA‑GAACAGCCCAACGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCGATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTATCTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTg < 1:202149/150‑1 (MQ=255) ggAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCa < 2:1318386/150‑1 (MQ=255) gAAA‑GAACAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCAt > 1:1155610/1‑150 (MQ=255) cccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAAc < 1:787559‑M1/4‑1 (MQ=255) cccgacctgcccgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAAc > 2:787559‑M1/113‑116 (MQ=255) cAGCCCAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGt < 1:408322/150‑1 (MQ=255) cgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa > 1:832145‑M1/102‑150 (MQ=255) cgctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa > 1:437296‑M1/102‑150 (MQ=255) cccAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa < 1:480263/150‑1 (MQ=255) cccAAGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa < 2:570032/150‑1 (MQ=255) gctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAg > 2:736777‑M1/101‑150 (MQ=255) gctcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAg > 1:407592‑M1/101‑150 (MQ=255) ccAAGGCTTAGAGGTCCCTGCGTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAg < 2:227519/150‑1 (MQ=255) taaGGCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAgg > 2:272934/2‑150 (MQ=255) tcgtatcgccaacaactggccgcttaacccagttgatccaagcagcatgtacggcggtaccgataagggctacaccgactacccgacttacaaatcctAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGa > 1:1419131‑M1/99‑150 (MQ=255) gCTTAGATGACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGAttt < 1:272934/150‑1 (MQ=255) gACCCTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCg < 2:487928/150‑1 (MQ=255) cccTGCCTGAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCggg < 1:160020/150‑1 (MQ=255) cctgAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGAAAACGCTGA‑‑GCCACAACTCTGAGTTATGTGTAGTCGGATTTAGCGTTAAGGAGTTGTAAGTGGGGTAGTc > 2:447683/1‑150 (MQ=255) ctgAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCg < 2:1155610/150‑1 (MQ=255) ctgAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCAGCAAGTCg > 2:360616/1‑150 (MQ=255) tgAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa > 2:950669/1‑127 (MQ=255) tgAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa < 1:950669/127‑1 (MQ=255) tgAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCgg < 1:429047/150‑1 (MQ=255) gAAGGTTCGTTTGAATCCCCTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGgt < 2:1190515/150‑1 (MQ=255) 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cccTATGCTCTTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTAc > 1:1260618/1‑150 (MQ=255) ctctTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTa > 2:663683/1‑150 (MQ=255) tctTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGa > 1:1345966/1‑74 (MQ=255) tctTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGa < 2:1345966/74‑1 (MQ=255) tctTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGt > 2:1093651/1‑86 (MQ=255) tctTGGTAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGt < 1:1093651/86‑1 (MQ=255) tAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa > 1:1206458/1‑95 (MQ=255) tAGGGGATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTa < 2:1206458/95‑1 (MQ=255) gggATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCtt < 2:1260618/150‑1 (MQ=255) gATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCTTgg > 2:281389/1‑150 (MQ=255) gATCGTGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCTTgg < 1:1413118/150‑1 (MQ=255) tGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCggg < 2:145233/101‑1 (MQ=255) tGCTCGGTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCggg > 1:145233/1‑101 (MQ=255) 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ggTTGGTACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATgg > 1:944612/1‑60 (MQ=255) tACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCTTGGATCAACTGGGTTAAGc > 2:318627/1‑150 (MQ=255) tACATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGACTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCTTGGATCAACTGGGTTAAGc < 1:447042/150‑1 (MQ=255) cATGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCGGTGTAGCCCTTATCGGTACCGCCGTACATGCTGCTTGGATCAACTGGGTTAAGCgg > 1:805016/1‑150 (MQ=255) aTGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCg < 2:657873/93‑1 (MQ=255) aTGCTTAACTTCCTCGGTCAGCAAACGCTGA‑‑GCCACGCCCCTGAGTTATGGGGCGTGGCATTGAGCGTTTAGGATTTGTAAGTCGGGTAGTCg > 1:657873/1‑93 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |