New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2996201 | 40 (0.760) | 5 (0.100) | 5/238 | NT | 12.9% | coding (686/1017 nt) | PP_2620 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 2996224 | 29 (0.570) | coding (663/1017 nt) | PP_2620 | hypothetical protein |
ACGCAAACGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTCGGCTGCGGCTGGCGATCACGCCGGCAAAACTG > NC_002947/2996053‑2996350 | aCGCAAACGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTTATTACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGccc < 2:755430/150‑1 (MQ=255) aCGCAAACGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCGG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGccc > 1:100151/1‑150 (MQ=255) cAAACGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAg > 2:1384823/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGc > 1:1183421/1‑150 (MQ=255) cGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCtt < 2:1183421/150‑1 (MQ=255) cGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGCTTGCCAAGCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCtt < 1:615808/150‑1 (MQ=255) ccGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCa > 1:1012606/1‑150 (MQ=255) cGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCaa > 2:91398/1‑150 (MQ=255) cGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCaa > 2:1180825/1‑150 (MQ=255) cGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCaa > 1:750428/1‑150 (MQ=255) cGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTACGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCaa < 2:1140647/150‑1 (MQ=255) gTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTg < 1:1169116/150‑1 (MQ=255) ttGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGc > 2:1337754/1‑150 (MQ=255) gATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCt < 1:995568/150‑1 (MQ=255) gATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCt < 1:807872/150‑1 (MQ=255) gATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCCCCTGCGACTGC‑‑ATCACCTCCGTCGACGCCCCGAGTGGCCTTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCt < 1:1097467/150‑1 (MQ=18) gCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCGCGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGa < 1:1245635/150‑1 (MQ=255) cGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACg < 2:1398931‑M2/150‑2 (MQ=255) gggCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCAAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGt < 2:1035752/150‑1 (MQ=255) cagcaAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTgac < 1:1384823/150‑1 (MQ=255) aGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGTTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTCACGCCgtccaggcagcttgcaagcctggggcggaccaacg < 1:1301884‑M1/150‑36 (MQ=255) tCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGAt > 1:149813/1‑150 (MQ=255) ccGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATcg > 2:213084/1‑150 (MQ=255) cTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGtctc < 2:750428/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACt > 1:254507/1‑150 (MQ=255) aGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGAtg < 1:512206/150‑1 (MQ=255) ttCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCgtccaggcagcttgcaagcctggggc < 2:227230‑M1/115‑27 (MQ=255) ttCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCgtccaggcagcttgcaagcctggggc > 1:227230‑M1/1‑89 (MQ=255) ttCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGACAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCACAGGCTTGCAAGCTGCCTGGCCGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGAtgtg > 1:239269/1‑150 (MQ=255) tCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGc < 2:298252/150‑1 (MQ=255) gCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCgtccaggcagcttgcaagcctggggcggaccaa < 1:399864‑M1/119‑34 (MQ=255) gCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCgtccaggcagcttgcaagcctggggcggaccaa > 2:399864‑M1/1‑86 (MQ=255) tGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGaa < 1:194712/133‑1 (MQ=255) tGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGaa > 2:194712/1‑133 (MQ=255) tGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCt > 2:847437/1‑150 (MQ=255) aTCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCTAACTCGCGGATGTGCACCTGc < 2:285986/150‑1 (MQ=255) cgcGATGGTTAACTTGCTGCTCCGGGTGCGCGCGCCTCTCCAACTCAAGAACGT‑CCACCCCAG‑CTGACCGTTGTTC‑CGCCAGAATCATATAATCTACCTGGACGGCATGACTACTGATCGCGTCGCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCtt < 2:239269/148‑1 (MQ=255) ggTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCGCCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAatgat < 2:254507/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAgg < 2:48445/128‑1 (MQ=255) tGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAgg > 1:48445/1‑128 (MQ=255) gCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTG‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCGACAGt > 2:86683/1‑150 (MQ=255) cccAATCATGACTGT‑GCTTCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGcc < 2:1149687/149‑1 (MQ=255) ccAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGccc < 1:213084/150‑1 (MQ=255) tGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCGGTTGGGC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTc > 2:1196659/1‑150 (MQ=255) tgcCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTcgg < 1:484366/143‑1 (MQ=255) tgcCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTcgg > 2:484366/1‑143 (MQ=255) g‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTCGGCTGCGGCTGGCGa < 2:100151/150‑1 (MQ=255) ggCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTATCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGAAGTGCGCAATGATGCCAGCTACAATGCCCGGCGCCCGGCTGCGGCTGCCGATcc > 2:495743/1‑149 (MQ=255) ccGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTCGGCTGCGGCTGGCGATCACg < 1:1337754/150‑1 (MQ=255) cGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACggcgtgaccaacggccagctgggcagcacgttcatgattggcagccgcacgcgcacccgcagcagcaagttcaacatcgtgatcagcgaactcgaccagacgcagctgcgggact < 1:1301884‑M2/150‑116 (MQ=255) ttGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACggcggaccaacggccagctgggcagcacgttcatgattggcagccgcacgcgcacccgcagcagcaagttcaccatcgtgatcagc > 2:399864‑M2/1‑33 (MQ=255) ttGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACggcggaccaacggccagctgggcagcacgttcatgattggcagccgcacgcgcacccgcagcagcaagttcaccatcgtgatcagc < 1:399864‑M2/119‑87 (MQ=255) cGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTCGGCTGCGGCTGGCGATCACGCCGGCaaaa > 1:1252048/1‑150 (MQ=255) gCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACggcggaccaacggccagctgggcagcacgttcatgattggcagccgcacgcgcacccgcagcagcaagttcaccatcgtgatcagcgaa < 2:227230‑M2/115‑90 (MQ=255) gCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACggcggaccaacggccagctgggcagcacgttcatgattggcagccgcacgcgcacccgcagcagcaagttcaccatcgtgatcagcgaa > 1:227230‑M2/1‑26 (MQ=255) cgtccaggcagcttgcaagcctggggcggaccaacggccagctgggcagcacgttcatgattggcagccgcacgcgcacccgcagcagcaagttcaccatcgtgatcagcgaactcgaccagacgcagctgcgggacttgctgcccagcg < 2:1398931‑M1/150‑150 (MQ=255) cccAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTCGGCTGCGGCTGGCGATCACGCCGGCAAAACTg > 1:1193197/1‑150 (MQ=255) | ACGCAAACGGCCGAAGTTGATGCCGCTGGGCAGCAAGTCCCGCAGCTGCGTCTGGTCGAGTTCGCTGATCACGATGGTGAACTTGCTGCTGCGGGTGCGCGTGCGGCTGCCAATCATGAACGT‑GCTGCCCAG‑CTGGCCGTTGGTC‑CGCCCCAGGCTTGCAAGCTGCCTGGACGGCGTGACGACTGATCGCGTCTCGAACTCGCGGATGTGCACCTGCTTGAGGTCGAAGCAGTGCGCAATGATGCCGGCTACAGTGCCCGGCGCTCGGCTGCGGCTGGCGATCACGCCGGCAAAACTG > NC_002947/2996053‑2996350 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |