New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3036491 = | 45 (0.860) | 5 (0.100) | 3/238 | NT | 10.7% | intergenic (‑38/+197) | PP_2648/PP_2649 | universal stress protein family protein/LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3036523 = | 40 (0.790) | intergenic (‑70/+165) | PP_2648/PP_2649 | universal stress protein family protein/LysR family transcriptional regulator |
TTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACC > NC_002947/3036344‑3036640 | cactgggaactccgggctgaaaggctgaggatcaagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggaaatcagccttgcatctacaccggcactgctgttggcaagcatgacctgccgctacacctgcacgcgattgacccaaatcaAGc < 2:308969‑M1/3‑1 (MQ=255) cactgggaaatccgggctgaaaggctgagggtcaagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGc < 2:328704‑M1/3‑1 (MQ=255) actgggaaatccgggctgaaaggctgagggtcaagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGcc < 2:1401404‑M1/4‑1 (MQ=255) cGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCAt > 1:269932/1‑150 (MQ=255) gCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCAtcgt < 2:69021/150‑1 (MQ=255) aaaGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAAcc > 1:1178020/1‑150 (MQ=255) ggTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGTGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCgg > 2:962047/1‑150 (MQ=255) gTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAAGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGGCATTCCTTGCGTGAAGCCATCGTCGCGCGAACCCGgc > 1:308969/1‑150 (MQ=255) gTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGa < 2:75351/150‑1 (MQ=255) gTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGACATCCTTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGa > 2:1403981/1‑150 (MQ=255) tgagggtcaagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGcc > 2:1161460‑M1/123‑126 (MQ=255) tgagggtcaagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGcc < 1:1161460‑M1/4‑1 (MQ=255) tGGCAACCAGTATGTGTTTCAGTGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAg < 1:962047/150‑1 (MQ=255) cAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGAACAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGc < 2:1110017/150‑1 (MQ=255) aaCCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCt > 1:949832/1‑150 (MQ=255) cAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAAGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGa > 1:200413/1‑150 (MQ=255) aagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGCC‑‑C‑TCGCGCGAACCCGGCGCGa > 1:1207173‑M1/115‑138 (MQ=255) aagacggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGCC‑‑C‑TCGCGCGAACCCGGCGCGa < 2:1207173‑M1/24‑1 (MQ=255) cggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattggcccaaatcaAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTgg > 2:1084344‑M1/111‑150 (MQ=255) gtgtTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCGTTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTggg > 2:958812/1‑150 (MQ=255) tgtTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGt < 2:1178020/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAAt < 1:195367/150‑1 (MQ=255) cAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATg > 1:1401404/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCg > 2:412738/1‑118 (MQ=255) gTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCg < 1:412738/118‑1 (MQ=255) tCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAg < 2:949832/150‑1 (MQ=255) tgtgGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACCGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGGCGAGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgtg > 1:1247884/1‑150 (MQ=255) tgtgGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgtg > 2:30554/1‑150 (MQ=255) tCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCAATCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCa < 2:1118163/150‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAg < 1:946667/150‑1 (MQ=255) cTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCa > 2:1216811/1‑136 (MQ=255) cTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCa < 1:1216811/136‑1 (MQ=255) ttGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGt > 1:860944/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGt > 1:133314/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCAt < 1:30554/150‑1 (MQ=255) aggcttgcagctacaccggcagtgttgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGc < 1:1424750‑M1/62‑1 (MQ=255) cgcACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGG‑CATgacctgccgc < 2:200413/150‑3 (MQ=255) aTCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGc > 1:358635/1‑150 (MQ=255) aaGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCgg > 2:1411682/1‑150 (MQ=255) tAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTgg > 1:1224052/1‑91 (MQ=255) tAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTgg < 2:1224052/91‑1 (MQ=255) aaaCCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCt < 2:1365139/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGc < 1:1411682/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCaa > 2:1093174/1‑150 (MQ=255) ttGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGTGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgt > 1:443084/1‑102 (MQ=255) ttGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGTGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgt < 2:443084/102‑1 (MQ=255) gCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTAccc < 1:1093174/150‑1 (MQ=255) gctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGCCCTCGCGCCGGGTTCGCGCGACGATGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCt < 2:1424750‑M1/108‑1 (MQ=255) gCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCCCTGCCTGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTg < 1:1403981/150‑1 (MQ=255) ggTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑ACCACCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGc > 2:1107710/1‑150 (MQ=255) tACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCgg > 1:328704/1‑150 (MQ=255) ttGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGgtg < 1:1256421/115‑1 (MQ=255) ttGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGgtg > 2:1256421/1‑115 (MQ=255) aTTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCgg > 1:1206492/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCgg < 2:1206492/140‑1 (MQ=255) gTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCtt < 2:133314/150‑1 (MQ=255) AGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCCGGCGTGCTGCCTCATTACCGTCTTGAcc > 1:1107710‑M1/1‑150 (MQ=255) | TTGCGAGCATGTGGGGAAAGGTCGGTGGCAACCAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACC > NC_002947/3036344‑3036640 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |