New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3036491 = | 45 (0.860) | 5 (0.100) | 3/238 | NT | 10.7% | intergenic (‑38/+197) | PP_2648/PP_2649 | universal stress protein family protein/LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3036523 = | 40 (0.790) | intergenic (‑70/+165) | PP_2648/PP_2649 | universal stress protein family protein/LysR family transcriptional regulator |
CAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCAGCCCGGATTTCCCAGTG > NC_002947/3036376‑3036669 | cAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAAGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGa > 1:200413/1‑150 (MQ=255) cggtaatgaggcagcccgccagccctgggtaatcagccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattggcccaaatcaAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTgg > 2:1084344‑M1/111‑150 (MQ=255) gtgtTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCGTTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTggg > 2:958812/1‑150 (MQ=255) tgtTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGt < 2:1178020/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAAt < 1:195367/150‑1 (MQ=255) cAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATg > 1:1401404/1‑150 (MQ=255) tCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAg < 2:949832/150‑1 (MQ=255) tgtgGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACCGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGGCGAGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgtg > 1:1247884/1‑150 (MQ=255) tgtgGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgtg > 2:30554/1‑150 (MQ=255) tCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCAATCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCa < 2:1118163/150‑1 (MQ=255) ccTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAg < 1:946667/150‑1 (MQ=255) cTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCa > 2:1216811/1‑136 (MQ=255) cTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCa < 1:1216811/136‑1 (MQ=255) ttGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGt > 1:133314/1‑150 (MQ=255) ttGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGt > 1:860944/1‑150 (MQ=255) gTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCAt < 1:30554/150‑1 (MQ=255) aggcttgcagctacaccggcagtgttgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGc < 1:1424750‑M1/62‑1 (MQ=255) agccttgcagctacaccggcagtgctgttggcaggcatgacctgccgctacacctgcacgccattgacccaaatcaagccatcgtcgcgcgaacccggcgcgagggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGc < 2:1424750‑M2/30‑1 (MQ=255) cgcACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGG‑CATgacctgccgc < 2:200413/150‑3 (MQ=255) aTCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGc > 1:358635/1‑150 (MQ=255) aaGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCgg > 2:1411682/1‑150 (MQ=255) tAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTgg > 1:1224052/1‑91 (MQ=255) tAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTgg < 2:1224052/91‑1 (MQ=255) aaaCCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCt < 2:1365139/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGc < 1:1411682/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCaa > 2:1093174/1‑150 (MQ=255) ttGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGTGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgt < 2:443084/102‑1 (MQ=255) ttGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGTGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGgt > 1:443084/1‑102 (MQ=255) gCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTAccc < 1:1093174/150‑1 (MQ=255) gctacacctgcacgccattgacccaaatcaagccctcgcgccgggttcgcgcgacgatggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAACACTGCCGGTGTAGCTGCAAGCCt < 1:1424750‑M2/76‑1 (MQ=255) gctacacctgcacgccattgacccaaatcaAGCCCTCGCGCCGGGTTCGCGCGACGATGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCt < 2:1424750‑M1/108‑1 (MQ=255) gCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCCCTGCCTGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTg < 1:1403981/150‑1 (MQ=255) ggTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑ACCACCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGc > 2:1107710/1‑150 (MQ=255) tACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCgg > 1:328704/1‑150 (MQ=255) ttGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGgtg > 2:1256421/1‑115 (MQ=255) ttGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGgtg < 1:1256421/115‑1 (MQ=255) aTTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCgg > 1:1206492/1‑140 (MQ=255) aTTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCgg < 2:1206492/140‑1 (MQ=255) ccaaatcaagccctcgcgccgggttcgcgcgacgatggctTGATTTGGGCCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCg > 2:1084344‑M2/41‑150 (MQ=255) gTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCtt < 2:133314/150‑1 (MQ=255) AGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCCGGCGTGCTGCCTCATTACCGTCTTGAcc > 1:1107710‑M1/1‑150 (MQ=255) GCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGc > 1:151845‑M1/1‑89 (MQ=255) GCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGc < 2:151845‑M1/89‑1 (MQ=255) CCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCtt > 2:331311‑M1/1‑144 (MQ=255) CCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCtt < 1:331311‑M1/144‑1 (MQ=255) CCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCt < 1:480320‑M1/150‑1 (MQ=255) cgtcgCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGc < 2:358635/150‑1 (MQ=255) gtcgCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGcc > 1:941315/1‑150 (MQ=255) tcgcgccgggttcgcgcgagggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCtt > 1:1207173‑M2/25‑138 (MQ=255) tcgcgccgggttcgcgcgagggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCtt < 2:1207173‑M2/114‑1 (MQ=255) tcgCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCt > 1:355403/1‑150 (MQ=255) tcgCGCGAACCCGGCGCGAGGGATTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCt > 1:875327/1‑150 (MQ=255) gcgAGCCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGAGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTGATG‑CCTGCCAACAGCACGGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGTTCGGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCa < 1:958812/150‑1 (MQ=255) ccaaCCCGCCGCGACGGCTTGATTTCCGTAAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCAg < 2:1247884/148‑1 (MQ=255) gAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCAGc < 2:355403/150‑1 (MQ=255) ggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCa < 1:1161460‑M2/122‑1 (MQ=255) ggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCa > 2:1161460‑M2/5‑126 (MQ=255) ggctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCAGCCCGGATTTCCCAGt < 2:1401404‑M2/146‑1 (MQ=255) gctTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCAGCCCGGATTTCCCAGTg < 2:328704‑M2/147‑1 (MQ=255) gctTGATTTGGGTCAATCGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CTTGCCAACAGCAGTGCCGGTGTAGATGCAAGGCTGATTTCCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGATCCTCAGCCTTTCAGCCCGGAGTTCCCAGTg < 2:308969‑M2/147‑1 (MQ=255) | CAGTATGTGTTTCAGCGGGTTCATGTGGGGCTCCTTGGTCAAGGCGCGCACAGCGATCAAGCGGTAAACCTTGCGCACTGTGCACCTGGCGGTACTTGAGTCATTCCTTGCGTGCAGCCATCGTCGCGCGAACCCGGCGCGAGGGCTTGATTTGGGTCAATGGCGTGCAGGTGTAGCGGCAGGTCATG‑CCTGCCAACAGCACTGCCGGTGTAGCTGCAAGGCTGATTACCCAGGGCTGGCGGGCTGCCTCATTACCGTCTTGACCCTCAGCCTTTCAGCCCGGATTTCCCAGTG > NC_002947/3036376‑3036669 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |