New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3216579 = | 56 (1.070) | 5 (0.100) | 4/238 | NT | 8.5% | coding (2451/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
? | NC_002947 | 3216615 = | 54 (1.060) | coding (2487/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
AGGCAGAGCAAGGCGAACGCATGACCCCCGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCA > NC_002947/3216434‑3216721 | aggcagAGCAAGGCGAACGCATGACCCCCGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGt < 1:332338/150‑1 (MQ=255) ggCGAACGCATGACCCCCGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATc > 2:238986/1‑150 (MQ=255) aagCATGACCCCCGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCgg < 1:703599/148‑1 (MQ=255) cccccGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCt > 2:931161/1‑150 (MQ=255) ccccGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTc < 1:328952/150‑1 (MQ=255) ccGAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGc > 2:1134134/1‑150 (MQ=255) gAAAGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCg < 1:1221309/150‑1 (MQ=255) ctggccgctggagaccttctcctggtaggaaaggcccgtccaggcgtagccgatacctggcggcagctcgctgaccaggcgctccatctcggccattgcctgcccggtactgtgcCCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCgg > 2:1289724‑M1/116‑150 (MQ=255) aaGCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCACTGCCAACGGCCAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCggg < 1:299396/150‑1 (MQ=255) gCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGc < 1:1134134/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGcac > 1:34335/1‑150 (MQ=255) gctgcGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGCTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAg < 1:238986/150‑1 (MQ=255) gcgcCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTAc > 1:853922/1‑150 (MQ=255) ctctATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATAGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCggg > 2:468075/1‑150 (MQ=255) ccAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAAGTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCgg > 1:382544/1‑112 (MQ=255) ccAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCGACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCgg < 2:382544/112‑1 (MQ=255) aTGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCg > 1:1417002/1‑150 (MQ=255) ccAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga > 1:1164820/1‑148 (MQ=255) ccAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga < 2:1164820/148‑1 (MQ=255) ccAACGGCGAGCAGGTGCCGTTAAGCGCCTTAGTCACCACCCAGTGGGATTAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCgaga < 2:867353/150‑1 (MQ=255) aaggcccgtccaggcgtagccgatacctggcggcagctcgctgaccaggcgctccatctcggccattgcctgcccggtactgtgcCCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCgg > 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tGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCGACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCa > 1:1367367/1‑150 (MQ=255) ctgTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGc < 2:90316/148‑1 (MQ=255) ccGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTg < 1:1220242/144‑1 (MQ=255) ccGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTg > 2:1220242/1‑144 (MQ=255) tCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGc < 1:1015944/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCCATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTg > 1:59256/1‑150 (MQ=255) gcCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGCGCCCCCGCTCAGCGATCTgccg < 2:1417002/150‑1 (MQ=255) cTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGACCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTgccgcc > 1:932613/1‑150 (MQ=255) tCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg < 1:931161/150‑1 (MQ=255) ttCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg < 2:1288311/105‑1 (MQ=255) ttCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg > 1:1288311/2‑106 (MQ=255) caccacCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga > 1:472526/1‑114 (MQ=255) caccacCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga < 2:472526/114‑1 (MQ=255) caccCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTgc < 1:1240042/137‑1 (MQ=255) caccCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTgc > 2:1240042/1‑137 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg < 1:1068317/140‑1 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg > 2:1068335/1‑140 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg < 1:1068335/140‑1 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg > 2:1068317/1‑140 (MQ=255) gTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGc > 2:381575/1‑150 (MQ=255) gggAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCt < 2:853922/150‑1 (MQ=255) gaggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACg > 1:507120/1‑150 (MQ=255) aggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACgg > 2:200891/1‑150 (MQ=255) aggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACgg < 1:381575/150‑1 (MQ=255) aggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACgg < 2:1339604/150‑1 (MQ=255) atctcggccattgcctgcccggtactgtgcCCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg < 1:1301517‑M1/53‑1 (MQ=255) atctcggccattgcctgcccggtactgtgcCCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg > 2:1301517‑M1/31‑83 (MQ=255) ggTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTc < 1:363663/150‑1 (MQ=255) cAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTAc < 2:34335/150‑1 (MQ=255) tGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGgaga > 2:941748/1‑150 (MQ=255) cgcTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAg < 2:507120/150‑1 (MQ=255) cgcTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAg > 2:732737/1‑150 (MQ=255) tACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGtc < 2:35968/150‑1 (MQ=255) 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NC_002947/3216434‑3216721 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |