New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3216579 = | 56 (1.070) | 5 (0.100) | 4/238 | NT | 8.5% | coding (2451/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
? | NC_002947 | 3216615 = | 54 (1.060) | coding (2487/3129 nt) | mexD | multidrug RND transporter MexD |
GCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTG > NC_002947/3216467‑3216762 | gCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGc < 1:1134134/150‑1 (MQ=255) gTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGcac > 1:34335/1‑150 (MQ=255) gctgcGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGCTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAg < 1:238986/150‑1 (MQ=255) gcgcCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTAc > 1:853922/1‑150 (MQ=255) ctctATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATAGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCggg > 2:468075/1‑150 (MQ=255) aTGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCg > 1:1417002/1‑150 (MQ=255) ccAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga > 1:1164820/1‑148 (MQ=255) ccAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga < 2:1164820/148‑1 (MQ=255) ccAACGGCGAGCAGGTGCCGTTAAGCGCCTTAGTCACCACCCAGTGGGATTAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCgaga < 2:867353/150‑1 (MQ=255) cAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGAt > 1:1339604/1‑150 (MQ=255) cGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATAGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGa < 1:468075/150‑1 (MQ=255) gAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAgcgc > 1:1203592/1‑150 (MQ=255) gTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCGGAGTTGGGGCTCTTGGTc > 2:1104867/1‑150 (MQ=255) tGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCGACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCa > 1:1367367/1‑150 (MQ=255) ctgTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGc < 2:90316/148‑1 (MQ=255) ccGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTg > 2:1220242/1‑144 (MQ=255) ccGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTg < 1:1220242/144‑1 (MQ=255) tCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGc < 1:1015944/150‑1 (MQ=255) aGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCCATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTg > 1:59256/1‑150 (MQ=255) gcCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGCGCCCCCGCTCAGCGATCTgccg < 2:1417002/150‑1 (MQ=255) cTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGACCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTgccgcc > 1:932613/1‑150 (MQ=255) tCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg < 1:931161/150‑1 (MQ=255) ttCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg > 1:1288311/2‑106 (MQ=255) ttCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg < 2:1288311/105‑1 (MQ=255) caccacCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga < 2:472526/114‑1 (MQ=255) caccacCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCga > 1:472526/1‑114 (MQ=255) caccCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTgc < 1:1240042/137‑1 (MQ=255) caccCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTgc > 2:1240042/1‑137 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg < 1:1068317/140‑1 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg > 2:1068335/1‑140 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg > 2:1068317/1‑140 (MQ=255) ccAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg < 1:1068335/140‑1 (MQ=255) gTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGc > 2:381575/1‑150 (MQ=255) gggAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCt < 2:853922/150‑1 (MQ=255) gaggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACg > 1:507120/1‑150 (MQ=255) aggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACgg > 2:200891/1‑150 (MQ=255) aggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACgg < 2:1339604/150‑1 (MQ=255) aggGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACgg < 1:381575/150‑1 (MQ=255) atctcggccattgcctgcccggtactgtgcCCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg < 1:1301517‑M1/53‑1 (MQ=255) atctcggccattgcctgcccggtactgtgcCCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGggcagg > 2:1301517‑M1/31‑83 (MQ=255) ggTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTc < 1:363663/150‑1 (MQ=255) cAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTAc < 2:34335/150‑1 (MQ=255) cctgcccggtactgtgccccggcgaggcgtcgccggcgatgcggatcgacgggGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGAt < 1:1301517‑M2/30‑1 (MQ=255) cctgcccggtactgtgccccggcgaggcgtcgccggcgatgcggatcgacgggGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGAt > 2:1301517‑M2/54‑83 (MQ=255) tGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGgaga > 2:941748/1‑150 (MQ=255) cgcTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAg < 2:507120/150‑1 (MQ=255) cgcTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAg > 2:732737/1‑150 (MQ=255) 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1:692314‑M2/36‑120 (MQ=255) ccggcgaggcgtcgccggcgatgcggatcgacgggGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCtt < 2:692314‑M2/85‑1 (MQ=255) ccggcgaggcgtcgccggcgatgcggatcgacgggGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAg > 2:1289724‑M2/36‑150 (MQ=255) CCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAACGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTATGCCTGGACGGGCCTTTc > 2:859995‑M1/1‑122 (MQ=255) CCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAACGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTATGCCTGGACGGGCCTTTc < 1:859995‑M1/122‑1 (MQ=255) cggcGATGCGGATCGACGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAg > 1:978856/4‑93 (MQ=255) CGTCGAGCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTAACGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAgg > 1:1104867‑M1/1‑150 (MQ=255) gATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGt > 1:486029/1‑132 (MQ=255) gATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGt < 2:486029/132‑1 (MQ=255) gCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGcc > 2:880678/1‑150 (MQ=255) ccGGCGAGGCGTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTAc > 2:954919/1‑110 (MQ=255) ccGGCGAGGCGTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTAc < 1:954919/110‑1 (MQ=255) gCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGccc > 1:612262/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTc > 2:137311/1‑96 (MQ=255) cTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTc < 1:137311/96‑1 (MQ=255) cTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCAt > 1:411658/1‑150 (MQ=255) tCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTGCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATc > 2:185519/1‑150 (MQ=255) gggCACAGTACCGCGCAGGCACTGGACGAGCTGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGAAAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCGAACGGCCAGGCTCCCAGCCGCTTAGCCCAGCCCAACAtggtg > 2:117649/1‑150 (MQ=255) | GCGTGCTGCGCCTCTATGCTCCCAATGCCAACGGCGAGCAGGTGCCGTTCAGCGCCTTCGTCACCACCCAGTGGGAGGAGGGCCCGGTGCAACTGGTGCGCTACAACGGTTACCCGTCGATCCGCATCGCCGGCGACGCCTCGCCGGGGCACAGTACCGGGCAGGCAATGGCCGAGATGGAGCGCCTGGTCAGCGAGCTGCCGCCAGGTATCGGCTACGCCTGGACGGGCCTTTCCTACCAGGAGAAGGTCTCCAGCGGCCAGGCTGCCAGCCTGTTCGCCCTGGCCATCCTGGTG > NC_002947/3216467‑3216762 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |