New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3246271 | 50 (0.950) | 5 (0.100) | 4/240 | NT | 9.2% | coding (483/879 nt) | PP_2841 | site‑specific recombinase |
? | NC_002947 | = 3246295 | 50 (0.980) | coding (507/879 nt) | PP_2841 | site‑specific recombinase |
GAGCTGATGGATGTGTGCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCTGTTCAACCGCATCCGTCGC > NC_002947/3246122‑3246415 | gAGCTGATGGATGTGTGCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAG < 2:548671‑M1/150‑1 (MQ=255) cTGATGGATGTGTGCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAggtg < 2:1056630/150‑1 (MQ=255) gatggatgTGTGCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAggtggt < 1:1415792/150‑1 (MQ=255) ggatgTGTGCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTggg > 1:689303/1‑150 (MQ=255) tgtgCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTgggcaagg < 2:1252723/150‑1 (MQ=255) tgtgCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTgggcaagg < 2:45828/150‑1 (MQ=255) tgtcCGCCGCCCACCGGGTGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATTCTTGCATAGCGCCAAGCAGCCAGCGCGCGTAAGTCGGAGTCCCTCGCCAACGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTgggcaagg < 1:679045/150‑1 (MQ=255) cgccccGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCTTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGTCTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAAccacca < 1:475704/147‑1 (MQ=255) cgcgGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTgg < 1:896433/150‑1 (MQ=255) cgcgGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGAAGCGCGACATAGACCTCAACAACATCTAATTTGGGTCAGGCGGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTgg > 1:673840/1‑150 (MQ=255) cgGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACCTCTAGGCGCGCAGCCTGCAGctggtggttgcccttgcccaccacctgcag < 2:555634‑M1/150‑31 (MQ=255) ccACAGGGGATACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACAGGCATGCGCAAGTGGGAGTGGGCCGACCTCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGCCGCGCAGCCTGCAGTTGGGGGGCAAAGGCAACCACCAGCTGGTCAAg > 2:702167/1‑150 (MQ=255) ggTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCAcc > 2:1132076/1‑150 (MQ=255) tACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCAccgc > 2:1755/1‑150 (MQ=255) gTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGt < 1:57893/150‑1 (MQ=255) gATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACTGGTTCGCGTATGTCGGAGTCGGTCGACATGGACGTCGACCAGGTCGACTTCGCGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCCCCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTgg < 1:154560/150‑1 (MQ=255) gcgATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTc < 1:1300575/150‑1 (MQ=255) cATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGGTCGAGaa < 1:579631/150‑1 (MQ=255) aTTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAg > 1:1410575/1‑150 (MQ=255) ttGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGc < 2:927645/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCGCCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGc > 1:62077/1‑150 (MQ=255) ccTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGc > 2:1017648/1‑150 (MQ=255) attGCTGTACGGCTCCGGCATGCGGAAGTGGGAGTTTGTCGACATCGACCTCGACCAGCTCGACTTCGAGGCCGGCAGGCTGGAGGAGGGTGTCAAGTGCAACGAACATCTGGTTAAGTACGCACCCACGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCa > 2:246167/2‑150 (MQ=255) gCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGc < 2:1410575/150‑1 (MQ=255) gCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGACTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGc < 1:1755/150‑1 (MQ=255) tGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCt > 1:1018407/1‑150 (MQ=255) tGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCt < 2:471126/150‑1 (MQ=255) cACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGctggtggttgcccttgcccaccacctgcaggctgcg > 2:650616‑M1/1‑73 (MQ=255) cACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGctggtggttgcccttgcccaccacctgcaggctgcg < 1:650616‑M1/109‑37 (MQ=255) ccgtgCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACTATGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGaa < 2:154359/146‑1 (MQ=255) aCCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCa < 1:924763/137‑1 (MQ=255) aCCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCa > 2:924763/1‑137 (MQ=255) gCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTgc < 1:1132076/150‑1 (MQ=255) gcAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCaa < 2:487051/94‑1 (MQ=255) gcAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCaa > 1:487051/1‑94 (MQ=255) ctggtcgacATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGctggtggttgcccttgcccaccacct < 1:997513‑M1/75‑27 (MQ=255) ctggtcgacATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGctggtggttgcccttgcccaccacct > 2:997513‑M1/3‑51 (MQ=255) gACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCggg > 1:994942/1‑150 (MQ=255) aagtcgacctggtcgAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGaa > 2:338132/4‑103 (MQ=255) cATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGc < 1:246167/150‑1 (MQ=255) aTCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCAc > 2:1381191/1‑82 (MQ=255) aTCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCAc < 1:1381191/82‑1 (MQ=255) aTCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCg > 2:1131567/1‑150 (MQ=255) gacctcgaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTgc > 1:735729/1‑121 (MQ=255) gacctcgaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTgc < 2:735729/121‑1 (MQ=255) gacctagaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTCCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGaa < 1:254963/150‑1 (MQ=255) acctcgaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAg > 2:1032738/1‑150 (MQ=255) aagtcgaccTGGTCGAGGTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGaa < 1:653357/113‑1 (MQ=255) aagtcgaccTGGTCGAGGTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGaa > 2:653357/4‑116 (MQ=255) ctcgaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGAt > 2:669635/1‑150 (MQ=255) tcgaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCt < 1:69231/105‑1 (MQ=255) tcgaccAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCt > 2:69231/1‑105 (MQ=255) gTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTc < 1:1174211/150‑1 (MQ=255) cGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCt < 2:673840/150‑1 (MQ=255) cGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCt < 2:1018407/150‑1 (MQ=255) gACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCTg > 2:1375844/1‑150 (MQ=255) cggCGCGCAGCCTGCAGGGGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCTGTTCAAcc > 2:379551/2‑150 (MQ=255) cgcAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGctgcaggctgcgcgcctcgaagtcgacctggtcgaggtcgatgtcgaccgactccgacttgcgcatgccggtg > 2:650616‑M2/1‑36 (MQ=255) cgcAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGctgcaggctgcgcgcctcgaagtcgacctggtcgaggtcgatgtcgaccgactccgacttgcgcatgccggtg < 1:650616‑M2/109‑74 (MQ=255) cTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGctgcaggctgcgcgcctagaggtcgacctggtcgaggtcgatgtcgaccgactccgacttgcgcatgccggtgccgtacagcaaggcaatgatcgccgcatcacgtaccccctgtggccg < 2:555634‑M2/150‑121 (MQ=255) cTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCTGTTCAACCGCATCCGTcgc < 1:1032738/150‑1 (MQ=255) aGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGctgcaggctgcgcgcctcgaagtcgacctggtcgaggtcgatgtcgaccag < 1:997513‑M2/77‑52 (MQ=255) aGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGctgcaggctgcgcgcctcgaagtcgacctggtcgaggtcgatgtcgaccag > 2:997513‑M2/1‑26 (MQ=255) | GAGCTGATGGATGTGTGCGCCGCCGACCCGCGGCCACAGGGGGTACGTGATGCGGCGATCATTGCCTTGCTGTACGGCACCGGCATGCGCAAGTCGGAGTCGGTCGACATCGACCTCGACCAGGTCGACTTCGAGGCGCGCAGCCTGCAGGTGGTGGGCAAGGGCAACCACCAGCTGGTCAAGTACGCACCGCCGTGGGCGTTCGAGAAGCTGCAGGCCTGGCTTGAACTGCGCCGCCAGGACCTGCCTGCCGGGGCGGAAGATGACCCGTTCCTGTTCAACCGCATCCGTCGC > NC_002947/3246122‑3246415 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |