| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4675357 = | 36 (0.680) | 8 (0.190) | 7/200 | NT | 24.2% | intergenic (+10/+94) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase |
| ? | NC_002947 | 4675415 = | 21 (0.490) | intergenic (+68/+36) | PP_4137/chrR | outer membrane siderophore receptor/chromate reductase | |||||
TGGACCTGCGCAACCTGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTC > NC_002947/4675208‑4675492 | tggACCTGCGCAACCTGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGCTTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGgcg > 1:1248262/1‑150 (MQ=255) tgcggcgagcttgttcgaggattcgggcaagctcaatgacaagacgcgaccgttcttgcaggcgtttgtcgacaggtttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGc > 2:290181‑M1/149‑150 (MQ=255) gcggcgagcttgttcgaggattcgggcaagctcaatgacaagacgcgaccgttcttgcaggcgtttgtcgacaggtttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCg < 1:1320923‑M1/3‑1 (MQ=255) aCCTGCGCAACCTGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCgg < 2:900684/150‑1 (MQ=255) ccTGCGCAACCTGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCgg < 1:822182/149‑1 (MQ=255) ccTGCGCAACCTGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCgg > 2:822182/1‑149 (MQ=255) cAACCTGGCCAACCAGCGCTAGGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGCCGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTAcc < 2:287550/150‑1 (MQ=255) tGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTAAACCcgcgc < 2:356315/150‑2 (MQ=255) caaccaGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGCCGCACCGCAGACCAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGc < 2:398150/150‑1 (MQ=255) gattcgggcaagctcaatgacaagacgcgaccgttcttgcaggcgtttgtcgacaggtttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCg < 1:1050274‑M1/21‑1 (MQ=255) attcgggcaagctcaatgacaagacgcgaccgttcttgcaggcgtttgtcgacaggtttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGt > 2:1320923‑M1/129‑150 (MQ=255) caGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCa < 2:556897/150‑1 (MQ=255) gcgcTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCAGCTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCAtt < 1:1085742/150‑1 (MQ=255) cgcTATGCAGCGACCCTAACGTCGTCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTg < 2:329700/150‑1 (MQ=255) gcTATGCAGCGACCGTGAAGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGa < 1:222724/150‑1 (MQ=255) agacgcgaccgttcgtgcatgcgtttgtcgacagttttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCAtt > 2:608328‑M1/108‑150 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCgg < 1:1039022/150‑1 (MQ=255) ccGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGAGGGTTTCCACGACACTCCGCTATCTAATTTGCCGATGCAGTcggtg < 2:797933/150‑4 (MQ=255) tACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAAc < 2:1248262/150‑1 (MQ=255) cAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCgg < 2:1111919/142‑1 (MQ=255) cAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCgg > 1:1111919/1‑142 (MQ=255) gacaggtttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCAtt > 2:1132078‑M1/79‑121 (MQ=255) gacaggtttgcgtcatgggtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCAtt < 1:1132078‑M1/43‑1 (MQ=255) gACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGc > 1:840251/1‑150 (MQ=255) aaTGCCCTTTCGACACCGGGGGAAGGTTTTGGGGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGtt < 2:1426488/150‑1 (MQ=255) gCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGca < 1:316792/150‑1 (MQ=255) ttCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCTGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCAcagca > 1:1326129/1‑150 (MQ=255) cacCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGGTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGAtt > 2:874912/1‑150 (MQ=255) gtgaagttgaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAAc > 2:1063850‑M1/61‑114 (MQ=255) cGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCTACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAgg < 1:431322/150‑1 (MQ=255) gCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGt > 1:109894/1‑150 (MQ=255) aaGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac < 2:919320/117‑1 (MQ=255) aaGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTac > 1:919320/1‑117 (MQ=255) aaGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCa > 1:687491/1‑150 (MQ=255) gaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGaa > 2:639929‑M1/53‑69 (MQ=255) gaacagggcggtctgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGaa < 1:639929‑M1/17‑1 (MQ=255) ggATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGAc > 1:688248/1‑89 (MQ=255) ggATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGAc < 2:688248/89‑1 (MQ=255) ggATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGa < 2:840251/150‑1 (MQ=255) tgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCAtt < 2:786977‑M1/43‑1 (MQ=255) tgaacccctaatcctgctgtgcaacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCAtt > 1:786977‑M1/40‑82 (MQ=255) tATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCCCGGATAAACCCGCTCCTCCACAGCGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCa > 2:454289/1‑150 (MQ=255) tttCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCa < 2:109894/150‑1 (MQ=255) tACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACg > 1:1251278/1‑150 (MQ=255) tACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGACATTAAATTTGCCGACGCAGATGCGGGTAAGGCGGGTGGTGCACATGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCGCTTGTCAACTTCACCCATGACg > 1:784398/1‑150 (MQ=255) cTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAggg < 1:1268321/89‑1 (MQ=255) cTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAggg > 2:1268321/1‑89 (MQ=255) ttCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGcc < 1:1173684/122‑1 (MQ=255) ttCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGcc > 2:1173684/1‑122 (MQ=255) aacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTcgc < 1:1380695‑M1/46‑1 (MQ=255) aacgcccctgtgtaggaGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTcgc > 2:1380695‑M1/18‑63 (MQ=255) gCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCgg < 1:1283338/62‑1 (MQ=255) gCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCgg > 2:1283338/1‑62 (MQ=255) gCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTc > 2:697046/1‑150 (MQ=255) | TGGACCTGCGCAACCTGACCAACCAGCGCTATGCAGCGACCGTGACGCCGGCCTACAACGACGCCGGCCAGGACAATGCCCGTTCGACACCGGGCGAAGGATTTGGCGTGTATGCCGGGGTTTCCTACAGCTTCCGCTGACGGGTGGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGTCATTGAATTTGCCGACGCATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGGGGCGTTGCACAGCAGGATTAGGGGTTCAGACCGCCCTGTTCAACTTCACCCATGACGCAAACCTGTC > NC_002947/4675208‑4675492 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |