New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4837267 | 51 (0.970) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 7.2% | coding (1229/1425 nt) | ccoN‑I | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
? | NC_002947 | = 4837288 | 54 (1.050) | coding (1250/1425 nt) | ccoN‑I | cbb3‑type cytochrome c oxidase subunit 1 |
CGCTGTACCACACCATCCCCAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGC > NC_002947/4837120‑4837416 | cgcTGTACCACACCATCCCCAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGgc < 2:1253840/150‑1 (MQ=255) tACCACACCATCCCCAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGcgcgcg < 2:454730/150‑1 (MQ=255) cacaCCATCCCCAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTc < 2:842789/150‑1 (MQ=255) cacaCCATCCCCAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTc > 2:1326210/1‑150 (MQ=255) ccAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACg < 2:1161737/150‑1 (MQ=255) tCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCa < 1:1241541/150‑1 (MQ=255) cGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCAc > 1:1134542/1‑150 (MQ=255) cGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCAc < 2:335756/150‑1 (MQ=255) ggCAAAGAACGCATGTACAGCCTCAGCCTGATAAATGCGCAATTGTGGCGCACCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCAcc > 1:536488/1‑150 (MQ=21) aGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTTGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACtc < 2:187283/150‑1 (MQ=255) gAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCAACATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGCTCGACGGCATCGCCCAAGGCCTTATGTGTCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACtcg < 1:1097683/150‑1 (MQ=18) cGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGCTGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTGATTATCGACGGCACGCTCACCTACtcgttc > 1:361933/1‑150 (MQ=18) cGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCTCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACtcgttc < 2:649405/150‑1 (MQ=255) gCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGAc < 1:936368/128‑1 (MQ=255) gCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGAc > 2:936368/1‑128 (MQ=255) cATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACtcgttcgt > 1:48179/1‑150 (MQ=255) aTGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTg > 1:1076201/1‑150 (MQ=255) aTGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTg < 1:586105/150‑1 (MQ=255) cTCAGCCTGATCAATGCGCACTTCTCGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTtg < 1:1217983/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTtgg < 2:1134542/150‑1 (MQ=255) cGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTtggt < 1:1256162/150‑1 (MQ=255) tGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgcca < 2:1034910/150‑1 (MQ=255) tGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgcca < 1:756807/150‑1 (MQ=255) tGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgcca < 1:1326210/150‑1 (MQ=255) cAATGCGCACTTCTGGCTGGCCCCAAACCAATACGTGCGGTTCATCTCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgccagcca < 1:672299/150‑1 (MQ=25) aTGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTTGTGGCCAGCCAcc > 1:105685/1‑150 (MQ=255) ttCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGccgtcgctgttgaccgcgcgccacat > 1:1277109‑M1/1‑77 (MQ=255) ttCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGccgtcgctgttgaccgcgcgccacat < 2:1277109‑M1/103‑27 (MQ=255) tCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGccgtcgctgttgaccgcgcgccacatca < 1:118823‑M1/104‑29 (MQ=255) tCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGccgtcgctgttgaccgcgcgccacatca > 2:118823‑M1/1‑76 (MQ=255) ggctggcCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTtcgtcg > 1:1194966/1‑150 (MQ=255) gctggcCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTTACCGGCAGCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCATGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTcgtcgt < 1:1155692/150‑1 (MQ=255) tggcCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTgc > 2:472677/1‑150 (MQ=255) caccaTCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCtt > 1:274667/1‑150 (MQ=255) caccaTCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCtt > 1:132399/1‑150 (MQ=255) gTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTTGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTgc < 1:1088166/138‑1 (MQ=255) gTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTTGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTgc > 2:1088166/1‑138 (MQ=255) ccGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGgcggcg > 1:1254160/1‑150 (MQ=255) gTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCtt > 1:285557/1‑150 (MQ=255) tACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTg > 2:720410/1‑90 (MQ=255) tACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTg < 1:720410/90‑1 (MQ=255) tCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAgg < 2:1421885/112‑1 (MQ=255) tCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAgg > 1:1421885/1‑112 (MQ=255) aTGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTGGGTGGCTGGCCAccaag > 2:1049611/1‑100 (MQ=25) aTGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTGGGTGGCTGGCCACCAAg < 1:1049611/103‑1 (MQ=25) tgGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgcca < 2:60612/91‑1 (MQ=255) tgGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGgcca > 1:60612/1‑91 (MQ=255) gTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCAccc > 1:477178/1‑95 (MQ=255) gTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCAccc < 2:477178/95‑1 (MQ=255) gTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAgg > 2:1319391/1‑98 (MQ=255) gTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAgg < 1:1319391/98‑1 (MQ=255) tCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGa < 2:536488/150‑1 (MQ=255) cATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTtcgtc > 1:905838/1‑109 (MQ=255) cATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTtcgtc < 2:905838/109‑1 (MQ=255) gggCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTg < 2:48179/150‑1 (MQ=255) tGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGcacatcaggccctgggcgatgccgttgacccacatcgaggcgatgtacagcacggtaccgatggtggccagccaga < 1:118823‑M2/104‑77 (MQ=255) tGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGcacatcaggccctgggcgatgccgttgacccacatcgaggcgatgtacagcacggtaccgatggtggccagccaga > 2:118823‑M2/1‑28 (MQ=255) tGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACACAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCa > 2:475081/1‑150 (MQ=255) aTGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGcacatcaggccctgggcgatgccgttgacccacatcgaggcgatgtacagcacggtaccgatggtggccagccagaa < 2:1277109‑M2/103‑78 (MQ=255) aTGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGcacatcaggccctgggcgatgccgttgacccacatcgaggcgatgtacagcacggtaccgatggtggccagccagaa > 1:1277109‑M2/1‑26 (MQ=255) aTGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCAcc < 1:854651/150‑1 (MQ=255) ggCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGc < 1:472677/150‑1 (MQ=255) | CGCTGTACCACACCATCCCCAAAGTGTTCGGCAAAGAACGCATGTACAGCCTCGGCCTGATCAATGCGCACTTCTGGCTGGCCACCATCGGTACCGTGCTGTACATCGCCTCGATGTGGGTCAACGGCATCGCCCAGGGCCTGATGTGGCGCGCGGTCAACAGCGACGGCACGCTCACCTACTCGTTCGTGGAAACCTTGGTGGCCAGCCACCCAGGCTTCGTCGTGCGCTTCGTCGGCGGCGCGATCTTCCTCAGCGGCATGTTCCTGATGGCCTGGAACACCTGGCGCACCGTGC > NC_002947/4837120‑4837416 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |