New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5583099 = | 47 (0.890) | 6 (0.120) | 6/240 | NT | 12.4% | coding (298/756 nt) | PP_4911 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 5583142 = | 39 (0.760) | coding (255/756 nt) | PP_4911 | hypothetical protein |
TGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTGCGACGGCTGGCCAGGATCAC > NC_002947/5582951‑5583248 | tGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑gg < 2:462670/150‑1 (MQ=255) ggTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGc < 1:1141066/150‑1 (MQ=255) gTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCt < 1:1110236/150‑1 (MQ=255) tCTTTCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTCCGCGTTA‑GCTCTTCGGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGc < 1:1243887/150‑1 (MQ=255) tCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACTCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATACGATGAAA‑GGCTGc < 1:259581/150‑1 (MQ=255) ccAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGcc > 1:65552/1‑150 (MQ=255) cAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGCAA‑GGCCGCC‑‑AGacc < 2:991262/150‑1 (MQ=255) cAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGc > 1:1319869/1‑148 (MQ=255) cAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGc < 2:1319869/148‑1 (MQ=255) aNCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGANGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTCGTGCT‑TGCATACGCCAGGCCAGTTGACGCACAAGCCGCTCGTCGAGATTCGATTAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACg > 1:247618/1‑150 (MQ=255) cAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGAcc < 2:649632/150‑1 (MQ=255) gCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCgtc > 2:317160/1‑150 (MQ=255) cctgtatcagctcgacagtggtgatcctggccagccgtcgcagagtgcgggcatggccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCgtcg < 2:615442‑M1/23‑1 (MQ=255) aTCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTcgcc < 2:472284/150‑1 (MQ=255) aTCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGACAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTcgcc > 1:738035/1‑150 (MQ=255) tcagctcgacagtggtgatcctggccagccgtcgcagagtgcgggcatggccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGc > 1:32555‑M1/122‑124 (MQ=255) tcagctcgacagtggtgatcctggccagccgtcgcagagtgcgggcatggccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGc < 2:32555‑M1/3‑1 (MQ=255) acaacaGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCgcgc > 2:470267/1‑150 (MQ=255) aacaGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCgtcg < 2:1048926/138‑1 (MQ=255) aacaGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCgtcg > 1:1048926/1‑138 (MQ=255) acaGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCa < 1:470267/150‑1 (MQ=255) acaGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCa < 1:317160/150‑1 (MQ=255) aGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAgg > 1:511097/1‑150 (MQ=255) ggtgatcctggccagccgtcgcagagtgcgggcatggccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGCAGCCTGAGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCt > 2:753188‑M1/109‑150 (MQ=255) cGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAg < 2:511097/150‑1 (MQ=255) cGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAg < 1:245194/150‑1 (MQ=255) atcctggccagccgtcgcagagtgcgggcatggccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATc > 1:615442‑M1/105‑150 (MQ=255) ctggccagccgtcgcagagtgcgtgcatggccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAgg > 1:1304799‑M1/102‑150 (MQ=255) cGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGc < 2:1058632/104‑1 (MQ=255) cGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGc > 1:1058632/1‑104 (MQ=255) aaGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGc > 1:432948/1‑150 (MQ=255) gCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAg < 1:402922/150‑1 (MQ=255) gCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCa > 1:627089/1‑150 (MQ=255) ccAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGaa < 2:738035/150‑1 (MQ=255) ccAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCCGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGaa < 1:9942/150‑1 (MQ=255) gTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGt > 1:934358/1‑150 (MQ=255) ccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCa < 2:464316‑M1/47‑1 (MQ=255) ccgtggtactcggccctgtatcggtggccgattaccttcagcgtgagacattcctgcagcgtcaacctgatGGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCa > 1:464316‑M1/72‑118 (MQ=255) tactacGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑a > 1:354195/1‑76 (MQ=255) tactacGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑a < 2:354195/76‑1 (MQ=255) acGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCg < 1:584619/150‑1 (MQ=255) acGCGTTG‑GCTGTACAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCTCTTCGTCGGTCACC‑TTGAAATGGTGGCC‑‑AGCCCCACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCg < 1:167700/150‑1 (MQ=255) cgTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGcc < 2:4926/150‑1 (MQ=255) cTGTACCGACGGCATGCCAGTTGACGCACCAGCAGCGGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCACTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACCCTGAAGGTAATCGGCCACCGAt < 2:325326/150‑1 (MQ=255) aGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAggg > 1:289568/1‑150 (MQ=255) aCGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGcc < 2:559878/150‑1 (MQ=255) ggccagTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTAc < 2:390648/150‑1 (MQ=255) gTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACgg > 1:518473/1‑150 (MQ=255) ttGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑NGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGc < 2:247618/150‑1 (MQ=255) gCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGc > 2:318008/1‑150 (MQ=255) gCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCCCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGc > 1:634576/1‑150 (MQ=255) cagcagCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGc > 2:1158634/1‑150 (MQ=255) gcTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTAc > 2:95890/1‑130 (MQ=255) gcTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTAc < 1:95890/130‑1 (MQ=255) cTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTg > 1:646722/1‑150 (MQ=255) gTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTGCGa > 1:807677/1‑150 (MQ=255) gTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCAAGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTGCGa > 2:870124/1‑150 (MQ=255) atatCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTGCGACGGc > 1:238025/1‑150 (MQ=255) GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTGCGACGGCTGGCCAGGATcac > 2:289568‑M1/1‑150 (MQ=255) | TGGTTCTTGCCAGAATCCAGGCGTGTGATCGACAACAGCACTTGCACGTCCGGGCTGAAGCCTGCGGTCGCCGGGGCCAGTACTACGCGTTG‑GCTGTCCAGACGCCAGGCCAGTTGACGCACCAGCAGCTGGTCGATATCCGATGAAA‑GGCTGCC‑‑AGCCCAACGACCGTCGGTCGCCGCGCTCAGGCTGCCATCAGGTTGACGCTGCAGGAATGTCTCACGCTGAAGGTAATCGGCCACCGATACAGGGCCGAGTACCACGGCCATGCCCGCACTCTGCGACGGCTGGCCAGGATCAC > NC_002947/5582951‑5583248 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |