New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 660879 = | 52 (0.990) | 6 (0.120) | 6/228 | NT | 11.4% | intergenic (+8/‑159) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 660923 = | 45 (0.920) | intergenic (+52/‑115) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
CAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTA > NC_002947/660775‑661064 | cAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCtt < 1:163467/150‑1 (MQ=255) ggTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCg > 1:762709/1‑150 (MQ=255) gTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGt > 2:559412/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTcgcg > 1:1125394/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGa < 1:1417838/150‑1 (MQ=255) cgcCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGCCCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGCCCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGatat < 1:1383539/150‑1 (MQ=255) cgcCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGatat < 1:1201602/150‑1 (MQ=255) aTCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCg > 2:943000/1‑150 (MQ=255) tCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGa > 1:893127/1‑150 (MQ=255) cACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGaa < 1:116551/150‑1 (MQ=255) cTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGc > 2:542781/1‑150 (MQ=255) tGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGTCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGcc > 1:155721/1‑150 (MQ=255) gACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTc > 1:1095134/1‑150 (MQ=255) aGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAAc < 2:762709/150‑1 (MQ=255) tATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCg < 2:63618/150‑1 (MQ=255) tATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGACTAAACGTCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCg > 1:88824/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAggg < 2:874396/112‑1 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAggg > 1:874396/1‑112 (MQ=255) ccTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTg < 2:1095134/150‑1 (MQ=255) cTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTcgc > 1:90304/1‑96 (MQ=255) cTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTcgc < 2:90304/96‑1 (MQ=255) cTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGa > 1:44200/1‑103 (MQ=255) cTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGa < 2:44200/103‑1 (MQ=255) cTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGcaatgg < 2:1125394/150‑6 (MQ=255) gggtcTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGt < 2:713851/146‑1 (MQ=255) aCCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTa > 2:33043/1‑126 (MQ=255) aCCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTa < 1:33043/126‑1 (MQ=255) cGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGc < 1:542781/150‑1 (MQ=255) gtcgtcGTAATTGACGGGGCCGCCCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCttt < 2:70437/150‑1 (MQ=255) cgtAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATg < 1:559412/150‑1 (MQ=255) aaTTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGc > 2:391481/1‑135 (MQ=255) aaTTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGc < 1:391481/135‑1 (MQ=255) aaTTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCaa < 2:88824/150‑1 (MQ=255) aaTTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCaa < 1:922311/150‑1 (MQ=255) ttGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATg < 1:943000/150‑1 (MQ=255) ttGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATg > 1:591661/1‑150 (MQ=255) gggCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTCGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCaaa < 2:1033598/150‑1 (MQ=255) GGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAag > 2:893127‑M1/1‑150 (MQ=255) GGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAag < 2:672683‑M1/150‑1 (MQ=255) gccgctcccacaaaaggcagcacaggcttttgcaggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAagg > 1:77257‑M2/44‑150 (MQ=255) ccgctcccacaaaaggcagcacaggcttttgcaggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAagga > 2:258955‑M2/43‑150 (MQ=255) CCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATCCGGGGTCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAagga > 1:1085580‑M1/1‑150 (MQ=255) GCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCCAaggagg < 1:47775‑M1/150‑1 (MQ=255) ctcccacaaaaggcagcacaggcttttgcaggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAagga > 2:955985‑M2/40‑147 (MQ=255) ctcccacaaaaggcagcacaggcttttgcaggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAagga < 1:955985‑M2/108‑1 (MQ=255) acaaaaggcagcacaggcttttgtgggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGat < 2:48852‑M2/115‑1 (MQ=255) acaaaaggcagcacaggcttttgtgggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGat > 1:48852‑M2/35‑149 (MQ=255) cTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATg < 2:163906/120‑1 (MQ=255) cTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATg > 1:163906/1‑120 (MQ=255) gctgcCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGACAGCACTGTTCAAAAGCGGACAGTATGAAACGTGCat > 2:81015/1‑149 (MQ=255) tgcCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCAACAGCGTCACAGCCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGc > 2:486352/1‑150 (MQ=255) tgcCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCATAAAATGAGCGCCAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTACATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAGAGGAGAACGATATGCAACGTCAAGGc > 1:275116/1‑150 (MQ=255) ccTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAAc > 2:791072/1‑140 (MQ=255) ccTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAAc < 1:791072/140‑1 (MQ=255) ttttGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTccc > 2:701434/1‑150 (MQ=255) ttttGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTc > 2:1145588/1‑148 (MQ=255) ttttGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTc < 1:1145588/148‑1 (MQ=255) ggagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACAATGGTTTCGATGGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGttt > 2:1107175‑M2/10‑150 (MQ=255) gagcggccTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTa < 2:591661‑M2/142‑1 (MQ=255) | CAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGGACGATATGCAACGTCCAGGCTCCCATCGTTTA > NC_002947/660775‑661064 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |