New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3100052 = | 40 (0.760) | 4 (0.080) | 4/232 | NT | 9.6% | coding (788/1470 nt) | PP_2709 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
? | NC_002947 | 3100119 = | 38 (0.770) | coding (855/1470 nt) | PP_2709 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
CTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGCC > NC_002947/3099970‑3100251 | cTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAg < 1:423243/150‑1 (MQ=255) tCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCAGAgg > 1:596859/1‑150 (MQ=255) tgCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCgg < 1:995378/150‑1 (MQ=255) cTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGGATCCGCCAGCCTGCTCGCGTGGGCCGGGAGAGTCGGtt > 2:640552/1‑150 (MQ=255) cTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGaa < 2:446099/150‑1 (MQ=255) cTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGaa > 1:1284244/1‑150 (MQ=255) ttGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAg < 2:1281809/150‑1 (MQ=255) ttGTGCCGCAGCTGCTGAAGGGATTGGTGCAAGAAATAGATCCCGCTATGATGTAGTGTTGCCCTCTTTGTTGGGTGGCGGTAGGCGGGGCGCGGGTATCCACCAGGCTGCTCAGGAGGCACGACGCAGTAGGTTTGCGGGTGTTCGAAg < 2:1379030/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACgg < 2:547294/150‑1 (MQ=255) gCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCGGATGCGGTTCGGCCCACTGCGTTTGGGGGCGGTAGGCGGAAGCCGACCTTTGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTGCGTAGGTTACgg > 1:811809/1‑150 (MQ=255) ggTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTgcg > 2:627795/1‑150 (MQ=255) gCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGTCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTg > 1:1227447/1‑150 (MQ=255) cgcgGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAAc < 1:494473/150‑1 (MQ=255) cgGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGTCGCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCg > 1:330412/1‑150 (MQ=255) aTGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAggg > 2:869398/1‑150 (MQ=255) tGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAgggg < 1:808737/150‑1 (MQ=255) tGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGAGCCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAgggg < 1:13614/150‑1 (MQ=255) gTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCCCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgtg > 2:510234/1‑150 (MQ=255) gcccgcgcgagcaggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGcc > 1:592031‑M2/65‑150 (MQ=255) GCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTg > 2:485861‑M1/1‑122 (MQ=255) GCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTg < 1:485861‑M1/122‑1 (MQ=255) GCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGcac > 1:119256‑M1/1‑136 (MQ=255) GCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGcac < 2:119256‑M1/136‑1 (MQ=255) cgcgcgagcaggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGgcgc > 1:357364‑M2/62‑123 (MQ=255) cgcgcgagcaggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGgcgc < 2:357364‑M2/62‑1 (MQ=255) cTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCTGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACgg < 2:356643/92‑1 (MQ=255) cTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCTGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACgg > 1:356643/1‑92 (MQ=255) tGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGa < 1:1158771/150‑1 (MQ=255) cGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgtg < 1:169657/138‑1 (MQ=255) cGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgtg > 2:169657/1‑138 (MQ=255) gTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCg > 1:1055144/1‑150 (MQ=255) ggcttggcgatacccgagccccgcctaccgccaccaaacgcagtgggccgaGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCgg < 2:592031‑M2/99‑1 (MQ=255) gtggCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCTCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGc > 1:903021/1‑150 (MQ=255) tggCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTTAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCa > 1:944903/1‑150 (MQ=255) tggCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCa < 2:371926/150‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgt < 1:1047397/128‑1 (MQ=255) gCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCtgt > 2:1047397/1‑128 (MQ=255) cGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGc < 2:811041/150‑1 (MQ=255) ggggCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGCTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCg > 1:533609/1‑150 (MQ=255) tCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGa > 1:585019/1‑125 (MQ=255) tCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGa < 2:585019/125‑1 (MQ=255) tCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGGGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCAtgt > 2:235497/1‑150 (MQ=255) ggTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACCGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCGTGTGCa > 1:662691/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTgcgc > 1:902771/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTgc > 2:1299951/1‑148 (MQ=255) ccAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTgc < 1:1299951/148‑1 (MQ=255) aGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGCGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTACGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGATGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAACCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCCTc > 2:651130/1‑150 (MQ=255) cTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCGAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGcc > 2:1083924/1‑150 (MQ=255) | CTCAGTGGTGCTCAGAGCCTGATCCTTGTGCCGCAGCTGCTGATGGGGTTGGTGACAGCGATCGAGCGCGGGCTGATGCGGGTCGGCCCACTGCGTTTGGTGGCGGTAGGCGGGGCTCGGGTATCGCCAAGCCTGCTCGCGCGGGCCGAGGCAGTCGGTTTGCCGGTGTTCGAAGGTTACGGCTTGTCCGAGTGCGCCTCGGTAGTGGCGCTCAACCGCACAGGGGCTGTGCGCCCTGGGAGCGTCGGCAAGCCATTGCCGCATGTGCAGGTGCGCATCGCC > NC_002947/3099970‑3100251 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |