New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 318094 | 34 (1.070) | 3 (0.100) | 3/226 | NT | 9.4% | coding (1650/1815 nt) | PP_0264 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | = 318134 | 27 (0.940) | coding (1610/1815 nt) | PP_0264 | sensor histidine kinase |
ATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGCCACAGGCGGCGCGGGTTGGCTTTTTCGGT > NC_002947/317950‑318243 | atggggCAAAGTAGCGCCGGAGGCGGCGCCCGGCAGTTGGAGAGTCAGCATGGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGGCCAGGGTGCGCATCAGGCTTTCACGGATGGCCAGCCCCAGGGCCTGGGCCgggggctg < 2:408222/147‑5 (MQ=255) ttGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCgg < 1:812419/150‑1 (MQ=255) ccAGATGCGGCCACCCGCAGCTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTgaag > 1:761589/1‑150 (MQ=255) ccACCCGCAGCTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCt > 1:194611/1‑150 (MQ=255) aCCCGCAGCTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTg < 2:15816/150‑1 (MQ=255) cTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTc < 2:462927‑M2/150‑2 (MQ=255) tCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTccagggcct > 2:629813‑M2/1‑141 (MQ=255) aGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGagcacgccaaggagccgttcttcaccaccaagacccgcacccagggcctgg < 1:554615‑M1/150‑52 (MQ=255) gCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggc < 1:630558/150‑1 (MQ=255) cATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcg > 1:221511/1‑150 (MQ=255) aTTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCACAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcgg > 1:481411/1‑150 (MQ=255) gcCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGaa > 2:595950/1‑150 (MQ=255) cACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGc > 2:809875/1‑150 (MQ=255) aCCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGcc < 1:462927/150‑1 (MQ=255) cTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGTCGGCTGAAGCCgg < 1:153003/150‑1 (MQ=255) cagcatcagTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcggc < 2:42743/125‑1 (MQ=255) cagcagcagTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcggc > 1:42743/1‑125 (MQ=255) cagTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAg < 1:809875/150‑1 (MQ=255) agTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCtt < 2:766513/95‑1 (MQ=255) agTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCtt > 1:766513/1‑95 (MQ=255) gTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGt > 1:125826/1‑150 (MQ=255) ccGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGagcacgccaaggagccgttcttcaccaccaagacccgcacccagggcc < 2:826531‑M1/105‑49 (MQ=255) ccGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGagcacgccaaggagccgttcttcaccaccaagacccgcacccagggcc > 1:826531‑M1/1‑57 (MQ=255) ccGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAgg > 2:510227/1‑144 (MQ=255) ccGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAgg < 1:510227/144‑1 (MQ=255) cccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCgggg < 1:419074/120‑1 (MQ=255) cccAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCgggg > 2:419074/1‑120 (MQ=255) ggCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGtcatc < 2:273091/150‑1 (MQ=255) aTCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACgctgc > 2:276599/1‑150 (MQ=255) cAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAg > 2:620360/1‑130 (MQ=255) cAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAg < 1:620360/130‑1 (MQ=255) aGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCg < 1:133023/150‑1 (MQ=255) tCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcgg < 2:325830/87‑1 (MQ=255) tCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTggcgg > 1:325830/1‑87 (MQ=255) caGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGc < 1:595950/150‑1 (MQ=255) caGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGc < 2:221511/150‑1 (MQ=255) aTGGCCAGCACCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCCGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGCcac > 2:392771/1‑150 (MQ=255) gcacccagggcctggGCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGCCACAggcgg > 1:446693/4‑150 (MQ=255) cacccagggcctggGCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGCCACAggcggc > 2:575414/3‑150 (MQ=255) cccaggcccTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGCCACAGGCGGCGCGGGTTg < 2:125826/150‑1 (MQ=255) ccaggcccTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaagcctgatgcgcgccctgggcggtgaactgctgctggccaaccacccggaaggtggcgcaatgct < 1:554615‑M2/150‑100 (MQ=255) aggcccTGGagcacgccaaggagccgttcttcaccaccaagacccgcacccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaagcctgatgcgcgccctgggcggtgaactgctgctggccaaccacccggaaggtggcgcaatgctga > 2:629813‑M1/1‑9 (MQ=255) ggcccTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaagcctgatgcgcgccctgggcgg < 2:826531‑M2/105‑58 (MQ=255) ggcccTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaagcctgatgcgcgccctgggcgg > 1:826531‑M2/1‑48 (MQ=255) gagcacgccaaggagccgttcttcaccaccaagacccgcacccagggcctgggcctggggctggccatctgtgaaagcctgatgcgcgccctgggcggtgaactgctgctggccaaccacccggaaggtggcgcaatgctgactctccag < 2:462927‑M1/150‑150 (MQ=255) | ATTGGGCAAAGTAGCGCCAGATGCGGCCACCCGCAGCTGGAGAGTCAGCATTGCGCCACCTTCCGGGTGGTTGGCCAGCAGCAGTTCACCGCCCAGGGCGCGCATCAGGCTTTCACAGATGGCCAGCCCCAGGCCCAGGCCCTGGGTGCGGGTCTTGGTGGTGAAGAACGGCTCCTTGGCGTGCTCCAGGGCCTGGCGGCTGAAGCCGGGGCCGTTGTCACGGATGTACAGGTAGACGCAGTCATCACGCTGCTCGGCACTTAGCCACAGGCGGCGCGGGTTGGCTTTTTCGGT > NC_002947/317950‑318243 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |