New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 832319 = | 40 (1.260) | 4 (0.130) | 4/234 | NT | 10.3% | coding (79/1098 nt) | PP_0716 | HlyD family secretion protein |
? | NC_002947 | 832385 = | 32 (1.070) | coding (145/1098 nt) | PP_0716 | HlyD family secretion protein |
CACCGACTGGGGCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCAGGAGGTGC > NC_002947/832178‑832457 | cACCGACTGGGGCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGctc > 1:186077/1‑150 (MQ=255) gACTGGGGCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGt < 2:567790/150‑1 (MQ=255) gACTGGGGCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGAATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTATGGt > 1:410256/1‑150 (MQ=255) ggggCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCCTCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACtt < 2:612928/150‑1 (MQ=255) ggCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTgc < 2:772945/150‑1 (MQ=255) gCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTgct < 1:42234/150‑1 (MQ=255) gaGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCtata < 1:384665/150‑1 (MQ=255) aagccCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATCCCGTACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACTcc < 1:8412/149‑1 (MQ=255) agccCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCATCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCg < 2:159289/150‑1 (MQ=255) gctcctgatcgagttcgaacagcacatcgccctggcgcacctcctggttgttgcctacggccacacgcttgatctgcccagccacttcggcggccaccgggactacgtaAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTa < 1:108041‑M1/41‑1 (MQ=255) cACCGCGCATGCACAAGGTGAAACGGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACAcc > 1:711190/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACAccc > 1:86210/1‑150 (MQ=255) gcATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGc > 1:741600/1‑129 (MQ=255) gcATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGc < 2:741600/129‑1 (MQ=255) gtGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCCGCCCCGGATCGCGGCATACGGTGTGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGc > 1:105243/2‑150 (MQ=255) acaAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGc > 1:834809/1‑150 (MQ=255) aaGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTGGCCt > 2:164564/1‑150 (MQ=255) tGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGt < 2:350139/100‑1 (MQ=255) tGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGt > 1:350139/1‑100 (MQ=255) aCCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGAc > 1:483342/1‑110 (MQ=255) aCCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGAc < 2:483342/110‑1 (MQ=255) aCCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCtt > 1:336817/1‑150 (MQ=255) gccctggcgcacctcctggttgttgcctacggccacacgcttgatctgcccagccacttcggcggccaccgggactacgtaAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTAc > 2:108041‑M1/82‑150 (MQ=255) cGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTAc > 2:545884/1‑150 (MQ=255) gCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTcc < 2:357415/150‑1 (MQ=255) gCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCAGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTcc < 2:468160/150‑1 (MQ=255) acgccacgccAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCgg < 1:50090/150‑1 (MQ=255) tcctgtttgttgcctacggccacacgcttgatctgcccggccacttcggcggccaccgggactacgtaAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCtt > 1:91968‑M1/69‑135 (MQ=255) tcctggttgttgcctacggccacacgcttgatctgcccggccacttcggcggccaccgggactacgtaAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCtt < 2:91968‑M1/67‑1 (MQ=255) acgccaACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGgcc > 2:326871/1‑150 (MQ=255) gccaACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTTCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGgccgc > 2:357050/1‑150 (MQ=255) caACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGccgccg > 2:341260/1‑150 (MQ=255) cgccCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTgct < 1:99484/76‑1 (MQ=255) cgccCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTgct > 2:99484/1‑76 (MQ=255) ccccATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGGCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCg > 2:336253/1‑150 (MQ=255) cccATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCgg < 1:164564/150‑1 (MQ=255) cGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGc > 2:772704/1‑150 (MQ=255) aTACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTa > 1:730128/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGcaacaa > 1:127654/1‑150 (MQ=255) gctgctgctGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGTCCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCa < 2:186077/150‑1 (MQ=255) ctgctgctgATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCag > 1:610477/1‑150 (MQ=255) gctgATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCAGGAGGt > 2:518622/1‑150 (MQ=255) ctgATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCAGGAGGTg < 2:703388/150‑1 (MQ=255) tgATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCAGGAGGTgc < 2:834809/150‑1 (MQ=255) | CACCGACTGGGGCGAGTTGCTCGACGAGCCAGCCCCCACCGCGCATGCACAAGGTGAAACCGAATGAGCGACGCCACGCCAACGCCGCCCCCATCAGCCCCGGATCGCGGCATACGCTGGGTGCTGCTGCTGATTGCCGTCAGCCTGCTCTGGTACTTGCTGGCTGACCGCTATACGCCGTACACCCAGCAAGCTCGCCTGCAGGCTTACGTAGTCCCGGTGGCCGCCGAAGTGGCCGGGCAGATCAAGCGTGTGGCCGTAGGCAACAACCAGGAGGTGC > NC_002947/832178‑832457 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |