New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 938458 | 43 (1.360) | 3 (0.100) | 3/232 | NT | 7.4% | coding (7167/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
? | NC_002947 | = 938510 | 35 (1.180) | coding (7115/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
GTTGACCGAGCCGTTGGCCAGTACATTGCCCTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGACCACCACACTACCCAGCAC > NC_002947/938314‑938607 | gTTGACCGAGCCGTTGGCCAGTACCTTGCCCTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGAt > 2:279830/1‑150 (MQ=255) ccGTTGGCCAGTACATTGCCCTGGGCATAGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGcgcg > 2:342059/1‑150 (MQ=255) aTTGCCCTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCgccggc > 2:789239/1‑150 (MQ=255) cccTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTg > 1:117084/1‑150 (MQ=255) cccTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTg > 1:471292/1‑150 (MQ=255) cTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGa < 2:645505/150‑1 (MQ=255) gggCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGAAGGCCGGGGAgg > 2:278519/1‑150 (MQ=255) aTCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGCGCTGGGCGCCGGCCCGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGtt > 1:425003/1‑150 (MQ=255) aTCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACTGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGtt > 2:149350/1‑150 (MQ=255) gcACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGcgcg > 2:33277/1‑119 (MQ=255) gcACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGcgcg < 1:33277/119‑1 (MQ=255) gcACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCcgg > 1:366381/1‑150 (MQ=255) gCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGt > 2:652858/1‑150 (MQ=255) aCGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTcg > 2:471292‑M2/1‑148 (MQ=255) cTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTcggtg > 1:751243‑M2/1‑145 (MQ=255) tGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTcggtgg > 2:167934‑M2/1‑144 (MQ=255) gCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTcggtggcg < 2:171740‑M2/150‑9 (MQ=255) ccccGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcgacggtggcga < 1:507164‑M1/150‑62 (MQ=255) ccccGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTg < 2:117664/107‑1 (MQ=255) ccccGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTg > 1:117664/1‑107 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcga < 2:730145‑M1/139‑53 (MQ=255) ccGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcga > 1:730145‑M1/1‑87 (MQ=255) cGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGa < 1:279830/150‑1 (MQ=255) gCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGCCt > 1:329658/1‑150 (MQ=255) cTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACtt < 1:588017/150‑1 (MQ=255) ttCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTg > 2:710356/1‑150 (MQ=255) cgccgcGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTgta < 2:231112/150‑1 (MQ=255) gcgGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCAGGCTGGGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTAc < 1:240246/150‑1 (MQ=255) gcgGCCAGTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTAc < 1:97164/150‑1 (MQ=255) cATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCtctc < 1:789239/150‑1 (MQ=255) cTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCAc < 1:515871/150‑1 (MQ=255) ggccaggccaACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGcggcgg < 2:305291/150‑1 (MQ=255) caggccaACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGGGTGGTGTCGCCACAGACGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCGGTGGAGGTGTTGCCGGCGGTGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTAGCTCTCCCCTCACCTGcggcggccc > 2:147132/1‑147 (MQ=255) ggccaACTACCAAGTTGGTTGCGGCATACGGTGGTGTGGTGTCGCCACTGTCGATGTCCGGCGCGGTGGTGGGTCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGa < 1:149350/150‑1 (MQ=255) gccaACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAg < 1:231500/150‑1 (MQ=255) gccaACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGCCGATGTCCGGTGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAg < 2:117084/150‑1 (MQ=255) ccAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGAt > 1:319603/1‑46 (MQ=255) ccAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGAt < 2:319603/46‑1 (MQ=255) ccAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGc > 1:632641/1‑150 (MQ=255) ttgCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCcggcg < 2:128233/80‑1 (MQ=255) ttgCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCcggcg > 1:128233/1‑80 (MQ=255) ttgCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGc < 1:652858/150‑1 (MQ=255) aTCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGc < 2:366381/150‑1 (MQ=255) cGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTc < 1:171740/150‑1 (MQ=255) gtggtgtggtGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGc > 2:2877/1‑145 (MQ=255) gtggtgtggtGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGc < 1:2877/145‑1 (MQ=255) gtgtggtgtCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGacca < 1:710356/150‑1 (MQ=255) tggtgtCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGAccacca < 2:425003/150‑1 (MQ=255) gtgtCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAg > 1:824464/1‑48 (MQ=255) gtgtCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGCGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGACCACcaca > 1:696575/1‑150 (MQ=255) gtgtAGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAg < 2:824464/48‑1 (MQ=255) tCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTcggtggcgacaccacaccaccggatgccgcaaccaacttggtagttggcctggccggcgcccagctcaatggccgcggcgaagccgggg < 1:507164‑M2/150‑90 (MQ=255) cGCCACCGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcgacggtggcgacaccacaccaccggatgccgcaaccaacttggtagttggcctggccggcgcccagctcaatggccgcggcgaagccggggc < 2:171740‑M1/150‑143 (MQ=255) gCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGACCACCACACTAcc > 1:290560/1‑150 (MQ=255) ccACCGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcgacggtggcgacaccacaccaccggatgccgcaaccaacttggtagttggcctggccggcgcccagctcaatggccgcggcgaagccggggcca > 2:167934‑M1/1‑6 (MQ=255) ccACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGACCACCACACTAccc < 1:449088/150‑1 (MQ=255) cACCGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcgacggtggcgacaccacaccaccggatgccgcaaccaacttggtagttggcctggccggcgcccagctcaatggccgcggcgaagccggggccag > 1:751243‑M1/1‑5 (MQ=255) cGacgccgccggcaacacctccacggccggcgacatcaccgcgccggacatcgacggtggcgacaccacaccaccggatgccgcaaccaacttggtagttggcctggccggcgcccagctcaatggccgcggcgaagccggggccagcgt > 2:471292‑M1/1‑2 (MQ=255) gTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGACCACCACACTACCCAGCAc > 1:256525/1‑150 (MQ=255) gTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGAAATACTGGCCATGCCAGTGTCGATGACCGTGACACTACCCAGCAc > 2:224592/1‑150 (MQ=37) | GTTGACCGAGCCGTTGGCCAGTACATTGCCCTGGGCATCGCGCACCTGCACGCTGGCCCCGGCTTCGCCGCGGCCATTGAGCTGGGCGCCGGCCAGGCCAACTACCAAGTTGGTTGCGGCATCCGGTGGTGTGGTGTCGCCACCGTCGATGTCCGGCGCGGTGATGTCGCCGGCCGTGGAGGTGTTGCCGGCGGCGTCGGTGGCGGTGACTTGTAGTACCTCTCCACTCACCTGCGGCGGGTCGAGGGTGATGCTGAAACTGCCAGTGGCGTCGACCACCACACTACCCAGCAC > NC_002947/938314‑938607 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |