New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1194626 = | 40 (1.260) | 4 (0.130) | 4/240 | NT | 10.6% | coding (759/1653 nt) | uxpA | lipoprotein UxpA |
? | NC_002947 | 1194658 = | 29 (0.950) | coding (791/1653 nt) | uxpA | lipoprotein UxpA |
CTGCACGTTTTCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGCCCGCACCGGTCGAGGCCACCCAGGCCAGCGGTCGGCGCGTGCC > NC_002947/1194477‑1194766 | cTGCACGTTTTCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCtggtggtg < 1:28366/150‑1 (MQ=255) gCACGTTTTCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGc > 2:25898/1‑150 (MQ=255) cGTTTTCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCAt < 1:473594/150‑1 (MQ=255) ttttCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATgg < 1:290434/150‑1 (MQ=255) tttCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGc < 1:333321/150‑1 (MQ=255) tttCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGAAACACTCTTTCCCTCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGc < 2:240312/150‑1 (MQ=255) cGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGa < 1:432854/150‑1 (MQ=255) gAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGAt > 1:227197/1‑150 (MQ=255) gCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGAt < 2:384076/138‑1 (MQ=255) gCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGAt > 1:384076/1‑138 (MQ=255) ccGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGc‑cc > 2:420727/1‑150 (MQ=255) ccGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGCCACAGGc‑cg > 2:599636/1‑149 (MQ=255) cGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGc‑ccc < 1:33329/150‑1 (MQ=255) tATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGCCACAGGc‑cgggg > 2:218794/1‑146 (MQ=255) ggCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGCCACAGGC‑CGGGGCCCGtgcctgcat < 1:218794/150‑4 (MQ=255) gccgaccgctggcctgggtggcctcgaccggtgcgggccacaggtcctgaccacgggcgcacaacagcacgtcgatttgcggcacccgttcagccagccacaGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCt < 2:791670‑M1/33‑1 (MQ=255) gccgaccgctggcctgggtggcctcgaccggtgcgggccacaggtcctgaccacgggcgcacaacagcacgtcgatttgcggcacccgttcagccagccacaGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCt > 1:791670‑M1/103‑135 (MQ=255) accgacgCGTACGGCTAGAAGCAGAAAGTCTCACTCAAACAGTGGTACCACTCTCGGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCTCGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACgg < 2:221280/150‑1 (MQ=255) cgaccCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGt > 1:96021/1‑150 (MQ=255) accCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGc < 2:462443/150‑1 (MQ=255) cccGTACGCCCATGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGcc < 1:441748/150‑1 (MQ=255) cccAGGATCAGAAAGCCGCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCCTGACCGATAAAGCAATGGGCAGGCCGCC‑GTGGTGGGCTGAACGGTTGCCGCAAATcc > 2:437327/1‑149 (MQ=255) ggtggcctcgaccggtgcgggccacaggtcctgaccacgggcgcacaacagcacgtcgatttgcggcacccgttcagccagccacaGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGcc < 1:282640‑M1/32‑1 (MQ=255) ggtggcctcgaccggtgcgggccacaggtcctgaccacgggcgcacaacagcacgtcgatttgcggcacccgttcagccagccacaGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGcc > 2:282640‑M1/87‑118 (MQ=255) aTCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTTTCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGc < 1:225603/150‑1 (MQ=255) tCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCt > 2:345791/1‑150 (MQ=255) gCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTgc < 2:57393/150‑1 (MQ=255) tcactcaAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGcc > 1:430780/1‑150 (MQ=255) cactcaAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGccc > 2:172275/1‑150 (MQ=255) tcaAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGc < 1:621867/76‑1 (MQ=255) tcaAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGc > 2:621867/1‑76 (MQ=255) tcaAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTg > 2:706358/1‑150 (MQ=255) aaCAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTc > 2:45353/1‑150 (MQ=255) aCAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCtg > 2:249900/1‑133 (MQ=255) aCAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCtg < 1:249900/133‑1 (MQ=255) gTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCCCGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGa < 1:657280/147‑1 (MQ=255) gTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGa > 2:657280/1‑147 (MQ=255) gTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCt > 2:660517/1‑150 (MQ=255) gTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCt < 1:660517/150‑1 (MQ=255) tgTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGCACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGc < 2:368958/149‑1 (MQ=255) tgcCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGAc < 2:510802/107‑1 (MQ=255) tgcCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGAc > 1:510802/1‑107 (MQ=255) ggTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGCCCGCACCGGTCGa < 1:706358/150‑1 (MQ=255) gTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGCCCGCACCGGTCGAg < 1:822618/150‑1 (MQ=255) ccTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGCCCGCACCGGTCGAGGCCACCCAGGCCAGCGGTCGGCGCGTGcc > 2:590924/1‑150 (MQ=255) ccTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGCCCGCACCGGTCGAGGCCACCCAGGCCAGCGGTCGGCGCGTGcc > 1:136747/1‑150 (MQ=255) | CTGCACGTTTTCGAGCGCGGCGGTGCCCGTATTGCAGTGGTTGGCGTGACCGACCCGTACGCCCAGGATCAGAAAGCCTCACTCAAACAGTGGTACCAGTCTCTGCTGCCGGTATTCGAGCAAGCCCGGCACGAGGCTGACCTGGTGGTGGCCATGGCCGATGCAGGCACGGGC‑CCCGGCCTGTGGCTGGCTGAACGGGTGCCGCAAATCGACGTGCTGTTGTGCGCCCGTGGTCAGGACCTGTGGCCCGCACCGGTCGAGGCCACCCAGGCCAGCGGTCGGCGCGTGCC > NC_002947/1194477‑1194766 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |