New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1377535 = | 39 (1.230) | 4 (0.130) | 4/236 | NT | 10.0% | coding (104/1293 nt) | PP_1201 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1377557 = | 35 (1.160) | coding (82/1293 nt) | PP_1201 | hypothetical protein |
GGCTTCACCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGG > NC_002947/1377390‑1377681 | ggCTTCACCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCAGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGgcgcgc > 1:617693/1‑150 (MQ=255) gtggcactggccgacaccgccgccctgattgcaggcggcctgactggattggtgaaacgctgatgacccgacgctttttgttgtacctgctggttcccctgctgctggccgccctgggtggtgcgctggccttctggctgtggaCGCGcc < 1:55541‑M1/6‑1 (MQ=255) aCCGGCCTGGCTCAGGTCGCGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCggg < 2:562948/150‑1 (MQ=255) cTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCg‑g < 1:190660/150‑1 (MQ=255) ggTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTcc > 2:204717/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCcac > 1:252633/1‑150 (MQ=255) tCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCcac < 1:452769/150‑1 (MQ=255) tCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCcac < 2:381975/150‑1 (MQ=255) aGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGc < 1:204717/150‑1 (MQ=255) gTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGa > 1:545657/1‑150 (MQ=255) gcttgcCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAgg > 1:447220/1‑150 (MQ=255) cttgcCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGc > 2:723652/1‑150 (MQ=255) cGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAgcgc > 1:847588/1‑150 (MQ=255) cGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAgcgc > 2:384481/1‑150 (MQ=255) aGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGcacca < 2:447220/150‑1 (MQ=255) cTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAg > 1:296816/1‑150 (MQ=255) gtgGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGCTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCca < 2:616678/150‑1 (MQ=255) aCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCgg > 2:481818/1‑94 (MQ=255) aCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCgg < 1:481818/94‑1 (MQ=255) aCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGc > 1:602335/1‑114 (MQ=255) aCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGc < 2:602335/114‑1 (MQ=255) aCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCcagcagc > 2:816198/1‑150 (MQ=255) aCGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCcagcagc > 1:226827/1‑150 (MQ=255) ccGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCCGCAGCAgg < 2:296816/150‑1 (MQ=255) ccACACGGGCATTGGCGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGGTGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCTGCCAGCAGCAGGGGAACca > 2:480631/1‑150 (MQ=255) gTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACaaaaa > 2:632470/1‑150 (MQ=255) gTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACaaaaa > 1:522691/1‑150 (MQ=255) gTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACaaaaa < 1:723652/150‑1 (MQ=255) gCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCg > 2:55541/1‑150 (MQ=255) ccAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCgg < 1:816198/150‑1 (MQ=255) aaaCACGGGTGATGCTGGTGTCTGTGGTGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGAGCGGTGGTTACCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCTGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGtcatca < 1:480631/149‑1 (MQ=255) acGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGt > 2:248926/1‑150 (MQ=255) gTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCa < 2:617693/150‑1 (MQ=255) ggTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCa < 2:522691/150‑1 (MQ=255) ttGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGgc > 1:648472/1‑150 (MQ=255) tggccttctggctgtggaCGCGCCTCGGGGGCCg‑gg < 1:732724‑M1/18‑1 (MQ=255) tggccttctggctgtggaCGCGCCTCGGGGGCCg‑gg > 2:732724‑M1/19‑36 (MQ=255) cTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTg > 2:101488/1‑150 (MQ=255) ttctggctgtggaCGCGCC‑CGGCCCCCGAGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGtcatc > 1:696970‑M1/14‑118 (MQ=255) ttctggctgtggaCGCGCC‑CGGCCCCCGAGGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGtcatc < 2:696970‑M1/105‑1 (MQ=255) aaCTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATc < 2:679168/132‑1 (MQ=255) aaCTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATc > 1:679168/1‑132 (MQ=255) tGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCa < 1:596304/150‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAgg < 1:702626/77‑1 (MQ=255) gTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAgg > 2:702626/1‑77 (MQ=255) aGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGggcgg < 1:763249/150‑1 (MQ=255) | GGCTTCACCGGCCTGGCTCAGGTCGAGCAGTTGCTTGCCCGTCAGTGCCTGGTCTTGTGGCACGCCGATGGCCACCCGGGCCTTGGGGTGCACGCCAGGGGTAACACGGGTGATGCTGGTGTCATTGATGCTCAACTGTTCCAGGCGCGCCTCGGGGGCCG‑GGCGCGTCCACAGCCAGAAGGCCAGCGCACCACCCAGGGCGGCCAGCAGCAGGGGAACCAGCAGGTACAACAAAAAGCGTCGGGTCATCAGCGTTTCACCAATCCAGTCAGGCCGCCTGCAATCAGGGCGG > NC_002947/1377390‑1377681 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |