New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1781623 | 35 (1.110) | 3 (0.100) | 3/240 | NT | 8.7% | coding (2496/2703 nt) | glnD | uridylyltransferase |
? | NC_002947 | = 1781656 | 29 (0.950) | coding (2463/2703 nt) | glnD | uridylyltransferase |
CAGGCGGCTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGG > NC_002947/1781488‑1781769 | cAGGCGGCTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCcag < 2:348437/150‑1 (MQ=255) cAGGCGGCTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCcag < 1:55646/150‑1 (MQ=255) ggcggcTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCcagca > 2:581253/1‑150 (MQ=255) gcggcTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCcagcag > 2:58769/1‑150 (MQ=255) ggcTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGcctgctggc > 2:325114/1‑143 (MQ=255) aGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCTGCTGGCCCggctgg < 1:325114/150‑5 (MQ=255) gCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGt > 2:192633/1‑150 (MQ=255) gCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGt > 2:19162/1‑150 (MQ=255) cTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTc > 1:579906/1‑150 (MQ=255) ggTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGcc < 1:568969/136‑1 (MQ=255) ggTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGcc > 2:568969/1‑136 (MQ=255) gTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGCACACG‑TCTGGACT‑‑CAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCACTTGGCGCCTCAGCAGTCCCGTGCGGTCTGgcgc > 1:233003/1‑150 (MQ=255) gACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCCTGATGTG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCgccagaccgcccgggcctgctggcccggctggggcggat < 1:480680‑M1/150‑40 (MQ=255) ggCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCgccagaccgcccgggcctgctggcccggctggggcggatc < 1:345446‑M1/145‑41 (MQ=255) ggCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCgccagaccgcccgggcctgctggcccggctggggcggatc > 2:345446‑M1/1‑105 (MQ=255) gCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGa < 1:432582/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGa < 2:301938/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGGCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGACCCAGCCGGACCAGCATGCCCGGGCGGTGTGGCGCGGTGATTTCgg > 2:661351/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGCTCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGAt < 2:103443/150‑1 (MQ=255) agaaCACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCAt < 1:739809/150‑1 (MQ=255) gTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGat > 1:13115/1‑149 (MQ=255) gTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAg < 1:58769/150‑1 (MQ=255) ttctACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGAt < 2:579906/150‑1 (MQ=255) tctACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATg < 1:581253/150‑1 (MQ=255) tACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGt > 1:163554/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCAc > 2:395217/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCAc > 2:661555/1‑150 (MQ=255) cGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGAAAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTTACCAGCCGGTGGGACTTGTTGCGGATGGGCACTTgcggcg > 1:189930/1‑150 (MQ=255) gATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGACACTTGTTGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATTGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGaa < 1:53002/150‑1 (MQ=255) ttGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGc < 1:667585/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 2:734707/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 2:233003/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCAGCCCCAGCCCCGCCATCAGTCCCGGGCGGTCTGGCGGGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 1:192633/150‑1 (MQ=255) gTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCcgcg < 1:661351/150‑1 (MQ=255) gTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGTCGCGGTGAttt > 2:289212/1‑65 (MQ=255) gTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGTCGCGGTGAttt < 1:289212/65‑1 (MQ=255) cAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGgat < 2:163554/150‑1 (MQ=255) aGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGgatg > 1:132879/1‑150 (MQ=255) gATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgccaagatcgccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagcc > 2:345446‑M2/1‑40 (MQ=255) gATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgccaagatcgccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagcc < 1:345446‑M2/145‑106 (MQ=255) aTCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgcacatcaggccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagccgctgtc < 1:480680‑M2/150‑112 (MQ=255) ccGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCgg < 1:661555/150‑1 (MQ=255) | CAGGCGGCTGCACAGCTGCGGGTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGG > NC_002947/1781488‑1781769 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |