New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1781623 | 35 (1.110) | 3 (0.100) | 3/240 | NT | 8.7% | coding (2496/2703 nt) | glnD | uridylyltransferase |
? | NC_002947 | = 1781656 | 29 (0.950) | coding (2463/2703 nt) | glnD | uridylyltransferase |
GTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGTTGCGCAGCGCTTCGGTCAGGC > NC_002947/1781509‑1781804 | gTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGCACACG‑TCTGGACT‑‑CAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCACTTGGCGCCTCAGCAGTCCCGTGCGGTCTGgcgc > 1:233003/1‑150 (MQ=255) gCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGa < 1:432582/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGa < 2:301938/150‑1 (MQ=255) gCTGGTTGGCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGACCCAGCCGGACCAGCATGCCCGGGCGGTGTGGCGCGGTGATTTCgg > 2:661351/1‑149 (MQ=255) gTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGCTCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGAt < 2:103443/150‑1 (MQ=255) agaaCACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCAt < 1:739809/150‑1 (MQ=255) gTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGat > 1:13115/1‑149 (MQ=255) gTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAg < 1:58769/150‑1 (MQ=255) ttctACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGAt < 2:579906/150‑1 (MQ=255) tctACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATg < 1:581253/150‑1 (MQ=255) tACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGt > 1:163554/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCAc > 2:395217/1‑150 (MQ=255) ccGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCAc > 2:661555/1‑150 (MQ=255) cGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGAAAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTTACCAGCCGGTGGGACTTGTTGCGGATGGGCACTTgcggcg > 1:189930/1‑150 (MQ=255) gATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGACACTTGTTGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATTGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGaa < 1:53002/150‑1 (MQ=255) ttGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGc < 1:667585/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 2:233003/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 2:734707/150‑1 (MQ=255) gg‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCAGCCCCAGCCCCGCCATCAGTCCCGGGCGGTCTGGCGGGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCtt < 1:192633/150‑1 (MQ=255) gTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCcgcg < 1:661351/150‑1 (MQ=255) gTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGTCGCGGTGAttt < 1:289212/65‑1 (MQ=255) gTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGTCGCGGTGAttt > 2:289212/1‑65 (MQ=255) cAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGgat < 2:163554/150‑1 (MQ=255) aGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGgatg > 1:132879/1‑150 (MQ=255) gATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgccaagatcgccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagcc > 2:345446‑M2/1‑40 (MQ=255) gATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgccaagatcgccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagcc < 1:345446‑M2/145‑106 (MQ=255) aTCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCgcggatcttcctggagttcgacctgtcactgcaaaacgcacatcaggccaccctcggcgagcgggtagaagacgtgttcttcattaccgatgccgacaaccagccgctgtc < 1:480680‑M2/150‑112 (MQ=255) ccGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCgg < 1:661555/150‑1 (MQ=255) cccGGGCCTGCTGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATTGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTGGAAGTGCTTGAGCTGGCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCt > 2:734195/2‑150 (MQ=255) cccGGGCCTGCTGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGga > 2:191124/2‑132 (MQ=255) cccGGGCCTGCTGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGga < 1:191124/131‑1 (MQ=255) gggCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCgg < 2:132879/150‑1 (MQ=255) cagcagGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGtt < 1:395217/150‑1 (MQ=255) gggCGCGGTGATTGCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGGCCTCGGGGTTGCGCAGCGCTTCGGTCAg < 2:189930/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGTTGCGCAGCGCTTCGGTCAGGc > 1:753180/1‑150 (MQ=255) | GTCTGACAGCGGCTGGTTGTCGGCATCGGTAATGAAGAACACGTCTTCTACCCGCTCGCCGAGGGTGGCGATCTTGG‑‑‑CGTTTTGCAGTGACAGGTCGAACTCCAGGAAGATCCGCCCCAGCCGGGCCAGCAGGCCCGGGCGGTCTGGCGCGGTGATTTCGAGGATGGTCACCGGCCGCTGGGCATCGTTGAGGATGGTCACTTGCGGCGGGAAGTCGAAGTGCTTGAGCTGCCGCGGTACCCGGCGCTGGATGATGGTCGGGTAGTCCTCGGGGTTGCGCAGCGCTTCGGTCAGGC > NC_002947/1781509‑1781804 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |