New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3810649 | 24 (0.760) | 4 (0.130) | 4/236 | NT | 12.9% | coding (723/882 nt) | PP_3366 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 3810703 | 31 (1.030) | coding (777/882 nt) | PP_3366 | LysR family transcriptional regulator |
TGGTGTTCGATCGCACCTTCGTTCAACGCCATCTTCTGGATGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGTTCATCGACTTTGCTGCACAGACGCATTACCT > NC_002947/3810501‑3810798 | tggtgTTCGATCGCACCTTCGTTCAACGCCATCTTCTGGATGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCtgctgc > 1:99282/1‑150 (MQ=255) tCGTTCAACGCCATCTTCTGGATGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAacgca > 1:286944/1‑150 (MQ=255) ttCAACGCCATCTTCTGGATGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGGGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAacgcacgc > 1:328955/1‑150 (MQ=255) aaCGCCATCTTCTGGATGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGtgctggcgggaacggcacgccgacg > 1:381830‑M1/1‑125 (MQ=255) ggctGGCTGCCTTCTTCGGCAAACATTGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACGTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGTCGCGCTGGACAACATGCGGGTGGTGACCCTGCTGCGCCCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCAtcgtcg < 1:548255/148‑1 (MQ=255) aTGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTAAAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGc < 2:328955/150‑1 (MQ=255) tGCGTTCTTCGTCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCAtcgtc < 1:257405/142‑1 (MQ=255) tGCGTTCTTCGTCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCAtcgtc > 2:257405/1‑142 (MQ=255) tGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGAAAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGcc > 1:110947/1‑150 (MQ=255) ttcGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTgc > 1:774900/1‑112 (MQ=255) ttcGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTgc < 2:774900/112‑1 (MQ=255) gCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCca > 1:377497/1‑150 (MQ=255) gCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGtgctggccggaacggcacgccgacgatgcctggcgtgcgttgctgcaccgagcgcagcagg < 2:381830‑M1/150‑62 (MQ=255) aTCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATg > 2:233944/1‑150 (MQ=255) cAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGCGTGGCGACACTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGc > 2:357698/1‑150 (MQ=255) gCACCTTGGTCTGGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCgg < 2:110947/150‑1 (MQ=255) ttCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGtgctggccggaacggcacgccgacgatgcctggcgtgcgttgctgcaccgagcgcagcagggtc > 1:773339‑M1/1‑57 (MQ=255) ttCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGtgctggccggaacggcacgccgacgatgcctggcgtgcgttgctgcaccgagcgcagcagggtc < 2:773339‑M1/121‑65 (MQ=255) tctcGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATAcc > 1:164843/1‑150 (MQ=255) tcGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCt > 1:563176/1‑149 (MQ=255) tcGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCt < 2:563176/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTc > 2:563392/1‑150 (MQ=255) tgCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCa < 1:398775/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCt < 1:498714/113‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCt > 2:498714/1‑113 (MQ=255) cgcTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTCCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGt < 1:233944/150‑1 (MQ=255) gACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGTTCATc > 1:555241/1‑150 (MQ=255) gTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGTTCATCGACTTTGCTGca > 1:765523/1‑150 (MQ=255) gTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGTTCATCGACTTTGCTGca > 1:127183/1‑150 (MQ=255) gACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCAcagcagggtcgccacccccatgttgtccagcgcggcctgcaccaccagcgagacgaa > 1:773339‑M2/1‑64 (MQ=255) gACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCAcagcagggtcgccacccccatgttgtccagcgcggcctgcaccaccagcgagacgaa < 2:773339‑M2/121‑58 (MQ=255) ccTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCAcagcagggtcgccacccccatgttgtccagcgcggcctgcaccaccagcgagacgaagttgctctgtagcgccacctggtaagtgatgc < 2:381830‑M2/150‑90 (MQ=255) gcgcTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGTTCATCGACTTTGCTGCACAGACGCATTACCt < 2:99282/150‑1 (MQ=255) | TGGTGTTCGATCGCACCTTCGTTCAACGCCATCTTCTGGATGCGTTCTTCGCCGAACATGGCATCACTTACCAGGTGGCGCTACAGAGCAACTTCGTCTCGCTGGTGGTGCAGGCCGCGCTGGACAACATGGGGGTGGCGACCCTGCTGCGCTCGGTGCAGCAACGCACGCCAGGCATCGTCGGCGTGCCGTTCCGGCCAGCACAGCAGATGAGTTTCCGCTTGTGCTGGCGCTCGGGGGAATACCTGTCGCTGGCCAGCAAGCGGTTCATCGACTTTGCTGCACAGACGCATTACCT > NC_002947/3810501‑3810798 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |