New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5174644 = | 32 (1.010) | 4 (0.130) | 4/234 | NT | 11.9% | coding (384/1689 nt) | fadD‑II | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
? | NC_002947 | 5174705 = | 29 (0.970) | coding (323/1689 nt) | fadD‑II | long‑chain‑fatty acid‑‑CoA ligase |
GCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTGGGCATCTGTACGGC > NC_002947/5174495‑5174793 | tcggcagccttcgctgcctggttgcagcagcacaccgacctcaaaccgggtgagcgcatcgccgtacagatgcccaatgtgctgcagtaccccatcgccgtcttcggtgccatgcgcgccgggctgatcgtggtcaataccaacccgctg > 2:221796‑M1/150‑150 (MQ=255) ggcagccttcgctgcctggttgcagcagcacaccgacctcaaaccgggtgagcgcatcgccgtacagatgcccaatgtgctgcagtaccccatcgccgtcttcggtgccatgcgcgccgggctgatcgtggtcaataccaacccgctGTa < 2:653614‑M1/3‑1 (MQ=255) aTCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAgc > 1:339575/1‑150 (MQ=255) aCCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTcc > 2:690725/1‑150 (MQ=255) aCCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGCATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTcc > 2:596139/1‑150 (MQ=255) cACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCtt < 2:773306/150‑1 (MQ=255) aCGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGTACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCAAGCGCGCCACTGTCCTTg < 1:228943/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGa > 2:165015/1‑150 (MQ=255) ctcaaaccgggtgagcgcatcgccgtacagatgcccaatgtgctgcagtaccccatcgccgtcttcggtgccatgcgcgccgggctgatcgtggtcaataccaacccgctGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACtggtgg < 1:446759‑M1/40‑1 (MQ=255) agccagccCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGgcgc > 2:676448/1‑150 (MQ=255) gggtgagcgcatcgccgtacatatgcccaatgtgctgcagtaccccatcgccgtcttcggtgccatgcgcgccgggctgatcgtggtcaataccaacccgctGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCAtctc > 2:841062‑M1/103‑150 (MQ=255) gcggcCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCg < 1:48542/150‑1 (MQ=255) gcatcgccgtacagatgcccaatgtgctgcagtaccccatcgccgtcttcggtgccatgcgcgccgggctgatcgtggtcaataccaacccgctGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCgg > 2:446759‑M1/95‑150 (MQ=255) cggccggcAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCACGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCCCCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCgg < 1:227786/150‑1 (MQ=255) ggccggcAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGgt < 2:339575/150‑1 (MQ=255) cggcCGCAGGGTACCCATGTTTGTCTCGATCAGGTATTCGATACCGGGATCGGGCAGCACTTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCGCGCGCGCCACTTTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTa < 2:130906/150‑1 (MQ=255) gcagGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCg < 1:690725/150‑1 (MQ=255) tCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTg > 1:297579/1‑150 (MQ=255) tttGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGAACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGTTAAACCAGCGAACGCGCGCCACTGTCCTTTAACTGGTGGCGCAGCTCGCGCACGGGGTACAGCGGGTTGGTATTGAcc > 1:302936/1‑150 (MQ=255) ttGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCCCGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCa < 1:596139/150‑1 (MQ=255) ttGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCa > 1:102887/1‑150 (MQ=255) gctgcagtaccccatcgccgtcttcggtgccatgcgcgccgggctgatcgtggtcaataccaacccgcgGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCAc > 2:392450‑M1/70‑150 (MQ=255) ccTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACtggtgg < 1:554546/107‑1 (MQ=255) ccTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACtggtgg > 2:554546/1‑107 (MQ=255) ccTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGa < 2:102887/150‑1 (MQ=255) cTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGAt > 1:153019/1‑150 (MQ=255) gATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAg > 1:460868/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGc < 2:297579/150‑1 (MQ=255) tATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGgcg > 2:642673/1‑150 (MQ=255) aTCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGTTCGGTGTACAGCGCGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGaa < 2:166444/150‑1 (MQ=255) gggCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGAc > 1:794017/1‑150 (MQ=255) ggCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACg > 1:371879/1‑150 (MQ=255) caCCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGAt < 1:165015/150‑1 (MQ=255) ctcctGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATggg < 1:676448/150‑1 (MQ=255) tcctGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGCTCAGCCCGGCGCGCATGGCCACGACGACGGCGAtcagg > 1:653614/1‑146 (MQ=255) ccGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTg > 2:383230/1‑150 (MQ=255) gAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTggg < 1:642673/150‑1 (MQ=255) aTGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTGGGCATc < 2:371879/150‑1 (MQ=255) ttCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATggg > 2:430215/1‑125 (MQ=255) ttCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATggg < 1:430215/125‑1 (MQ=255) ttCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTGGGCATCTGt > 1:312298/1‑150 (MQ=255) aGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTGGGCATCTGTACg > 1:308976/1‑150 (MQ=255) GTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGgc < 2:392964‑M1/93‑1 (MQ=255) GTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGgc > 1:392964‑M1/1‑93 (MQ=255) GTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTGGGCATCTGTACGGc < 1:540210‑M1/150‑1 (MQ=255) | GCCGGCACCATCTTCTTCAACTTGTCGACCACGGTGTTGACCAGCCAGCCCTTGGCGGCCGGCAGCAGGTCACCCATCTTTGCCTCGATCAGGTATTCGATACCGGTATCGGGCAGCACCTCCTGCACGCGCTTGCCGAACATGTTCAGGTACACCAGCGCACGCGCGCCACTGTCCTTGAACTGGTGGCGCATCTCGCGCTCGGTGTACAGCGGGTTGGTATTGACCACGATCAGCCCGGCGCGCATGGCACCGAAGACGGCGATGGGGTACTGCAGCACATTGGGCATCTGTACGGC > NC_002947/5174495‑5174793 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |