| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1156352 | 23 (0.730) | 16 (0.630) | 13/198 | NT | 44.2% | intergenic (+49/‑167) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase |
| ? | NC_002947 | = 1156375 | 22 (0.870) | intergenic (+72/‑144) | PP_1013/yihS | sensor histidine kinase/aldose‑ketose isomerase | |||||
GGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAC > NC_002947/1156229‑1156523 | ggagAGGTGAGCTTGCTGAACCTGGGGTGGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTa < 2:412629/147‑1 (MQ=255) tGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgg > 2:638458‑M2/1‑140 (MQ=255) gAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcggg > 1:512075‑M2/1‑139 (MQ=255) tGCTGAACCTGCGGGAGGGCGCGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcac > 2:440115‑M2/1‑134 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaa > 1:35713‑M2/1‑127 (MQ=255) ccTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaa < 1:81746‑M2/150‑24 (MQ=255) cGGGAGGGCGTGCTGAGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAgg < 1:328244/150‑1 (MQ=255) ggcgggcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGca > 2:675574/1‑150 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggt < 1:727609‑M2/124‑13 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggt > 2:727609‑M2/1‑112 (MQ=255) gcTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGc > 1:606401/1‑150 (MQ=255) ggTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaaga > 1:166362‑M2/1‑106 (MQ=255) ggTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaaga < 2:166362‑M2/131‑26 (MQ=255) ccTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTc > 1:823499/1‑150 (MQ=255) tCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGcc > 2:485582/1‑150 (MQ=255) gATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc < 1:485582/150‑1 (MQ=255) ttGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAcc < 1:674349/117‑1 (MQ=255) ttGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCAcc > 2:674349/1‑117 (MQ=255) gTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCtt > 2:756391/1‑150 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCCACCGCGAAGAGGCCCGCACATGCACCCAACATGTCACTGCCCGATGCCAATCCCGTCGTCCTTCGTGAAATCAGCCATGAcc > 2:228095/1‑150 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc > 1:793494/1‑150 (MQ=255) gggCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGAcc > 2:215297/1‑150 (MQ=255) ttcttcGCGGGTGAACCCGCTCCGACAGCGACCGAGTAAGGTTGGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGc < 2:390322/150‑1 (MQ=255) ggTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGaa < 2:606401/150‑1 (MQ=255) tGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAAtt > 2:321068/1‑150 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatc < 2:53239‑M2/92‑56 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatc > 1:53239‑M2/1‑37 (MQ=255) gAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTc < 1:756391/150‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagccc < 2:606789‑M2/150‑117 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc > 2:547031/1‑106 (MQ=255) cccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCcgtc < 1:547031/106‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctc > 2:95248‑M2/1‑33 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctc < 1:95248‑M2/130‑98 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcgg > 1:218699‑M2/1‑33 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcgg < 2:218699‑M2/100‑68 (MQ=255) cGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCaaa < 1:215297/150‑1 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccatac > 2:825653‑M2/1‑31 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccatac < 1:825653‑M2/91‑61 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagg < 1:522222‑M2/108‑78 (MQ=255) gCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagg > 2:522222‑M2/1‑31 (MQ=255) tCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagg > 1:514238‑M2/1‑29 (MQ=255) tCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagg < 2:514238‑M2/106‑78 (MQ=255) ccTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGAc < 1:321068/150‑1 (MQ=255) cTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaa > 2:572391‑M2/1‑27 (MQ=255) cTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaagcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaa < 1:572391‑M2/139‑113 (MQ=255) aCAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgcacaggcaccccaaaaactcaatccataccccgcggcagatacagggtcacccgcagcccgccctcccgcaggttcagcaagctcacctcgccc < 1:24635‑M2/150‑126 (MQ=255) cGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAg < 2:196457/150‑1 (MQ=255) gAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCa > 1:404077/1‑150 (MQ=255) ggTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTgg < 2:793494/150‑1 (MQ=255) gtcgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGa > 2:626579/1‑150 (MQ=255) tcgtAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGACCATGAc < 1:675574/150‑1 (MQ=255) | GGCGAGGTGAGCTTGCTGAACCTGCGGGAGGGCGGGCTGCGGGTGACCCTGTATCTGCCGCGGGGTATGGATTGAGTTTTTGGGGTGCCTGTGCGGGCTTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGACCGAGTCAGGTTTGCGTCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCCGCACAGGCACCCAAAATGTCACTGCCCGGTGACAATCCCGTCGTCCTTCGTGACATCCGCCATGACCCCGCTGGCTAGAATTCGCAAACGACTGGCAAGGATCAAGCTGGCCCATGAC > NC_002947/1156229‑1156523 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |