New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1431552 | 33 (1.040) | 5 (0.170) | 5/234 | NT | 13.7% | coding (327/336 nt) | PP_1253 | ArsR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | = 1431565 | 32 (1.070) | coding (314/336 nt) | PP_1253 | ArsR family transcriptional regulator |
TGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGC > NC_002947/1431425‑1431714 | tgAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTGCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGcc > 1:794717/1‑150 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCggg < 2:600038/150‑1 (MQ=255) cggcggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCTGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAAc < 2:204302/150‑1 (MQ=255) gtgtGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCg > 1:80814/1‑150 (MQ=255) tCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCa > 2:430608/1‑150 (MQ=255) gCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCAtct < 2:344906/150‑1 (MQ=255) cTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGc > 1:802788/1‑150 (MQ=255) gATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGc > 2:781591/1‑150 (MQ=255) gATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGc > 2:837324/1‑150 (MQ=255) tGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGaa < 1:430608/150‑1 (MQ=255) ccAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAtt > 1:559991/1‑150 (MQ=255) ccAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAAtt > 1:175849/1‑150 (MQ=255) cAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCg < 2:685891/145‑1 (MQ=255) cAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCg > 1:685891/1‑145 (MQ=255) aaCCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGccc > 1:578148/1‑98 (MQ=255) aaCCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGccc < 2:578148/98‑1 (MQ=255) ggCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACAtt < 1:837324/150‑1 (MQ=255) ccttCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTg > 2:427292/4‑150 (MQ=255) ccATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTg > 1:681838/1‑150 (MQ=255) cATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGc < 1:678181/150‑1 (MQ=255) cATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGc < 2:802788/150‑1 (MQ=255) gTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGc < 2:681838/150‑1 (MQ=255) ttCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCCGCCCTGCATCACGCa > 1:316108/1‑150 (MQ=255) ttCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCa > 2:99227/1‑150 (MQ=255) gCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAgtggt > 2:128138/1‑150 (MQ=255) cTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATc > 2:57106/1‑128 (MQ=255) cTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATc < 1:57106/128‑1 (MQ=255) cTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGtggtgg > 1:114973/1‑150 (MQ=255) cTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGtggtgg < 1:99227/150‑1 (MQ=255) caGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGAACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACAt > 2:481015/1‑150 (MQ=255) ggTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTccagcagtgatacctgtgcaggcctcttcgcgggtgaa > 1:567693‑M2/1‑27 (MQ=255) ggTATCACTGCTGGAGCAGGATGCACTccagcagtgatacctgtgcaggcctcttcgcgggtgaa < 2:567693‑M2/65‑39 (MQ=255) aTCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCg < 2:794717/150‑1 (MQ=255) tCACTGCTGGCGCAGGATGCACTccagcagtgatacctgtgcaggcctcttcgcgggtgaacccgctcctaccaggga < 1:615273‑M2/78‑56 (MQ=255) tCACTGCTGGCGCAGGATGCACTccagcagtgatacctgtgcaggcctcttcgcgggtgaacccgctcctaccaggga > 2:615273‑M2/1‑23 (MQ=255) tCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACACAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGa > 2:591353/1‑150 (MQ=255) ctgctgGCGCAGGATGCACTccagcagtgatacctgtgcaggcctcttcgcgggtgaacccgctcctaccagggatggcgataagcctgagggttgcgctgggcttggcaatcgagtaggaggcggattcacacccgccgtcctctcaca < 1:594731‑M2/150‑131 (MQ=255) tgGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGc < 1:128138/150‑1 (MQ=255) gATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGAc > 2:380675/1‑146 (MQ=255) gATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGAc < 1:380675/146‑1 (MQ=255) ccACTCCACCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGTAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCtccatc < 1:431449/149‑1 (MQ=255) tccagcagtgatacccgtgcaggcctcttcgcgggtgaacccgctcctaccagggatggcgataagcctgagggttgcgctgggcttggcaatcgagtaggaggcggattcacacccgccgtcctctcacaccaccgtgcgtacggttcc > 2:594731‑M2/1‑1 (MQ=255) | TGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCCAAGCCCAGCGCAACCCTCAGGCTTATCGCCATCCCTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCTGCACAGGTATCACTGCTGGCGCAGGATGCACTCCAGCAGCCCGGGAAACCGCTCGCCCAGCATCTCGCTACGCAGCGAATTCATATGGGTAGTCCCCACATTGCGGGTTTGCACCAGCCCTGCATCACGCAACACACGGAAGTGGTGGGACATGCTCGACTTCGGCCGACCTCCATCCAGC > NC_002947/1431425‑1431714 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |