New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1473183 = | 27 (0.850) | 5 (0.170) | 5/236 | NT | 13.6% | coding (1045/1317 nt) | algD | GDP‑mannose 6‑dehydrogenase |
? | NC_002947 | 1473227 = | 38 (1.260) | coding (1001/1317 nt) | algD | GDP‑mannose 6‑dehydrogenase |
GTTGAGCAGCGACGACACGTGCGGGATCTTCGACTCGATGTAGTCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGTCGAGCAGCGGTGCACGGA > NC_002947/1473085‑1473374 | cagaacgccttcgagctgatcgaagcccacgacaagcgcaaggtcgccctgctgggcctgagcttcaaggccggcaccgacgacctgcgcgaaagcccGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTc > 2:209225‑M1/99‑150 (MQ=255) aacgccttcgagctgatcgaagcccacgacaagcgcaaggtcgccctgctgggcctgagcttcaaggccggcaccgacgacctgcgcgaaagccaGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCgg > 1:67001‑M1/96‑141 (MQ=255) aacgccttcgagctgatcgaagcccacgacaagcgcaaggtcgccctgctgggcctgagcttcaaggccggcaccgacgacctgcgcgaaagccaGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCgg < 2:67001‑M1/46‑1 (MQ=255) gcagcGACGACACGTGCGGGATCTTCGACTCGATGTAGTCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCa < 1:71562/150‑1 (MQ=255) gcagcGACGACACGTGCGGGATCTTCGACTCGATGTAGTCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCa > 2:71562/1‑150 (MQ=255) cTTCGACTCGATGTAGTCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGaa < 1:110637/150‑1 (MQ=255) tCGATGTAGTCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAgg < 2:467866/150‑1 (MQ=255) tCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGgtcgt > 2:22158/1‑118 (MQ=255) tCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGgtcgt < 1:22158/118‑1 (MQ=255) tCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAgg > 2:772637/1‑150 (MQ=255) ccTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTAGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAggg > 1:363740/1‑150 (MQ=255) cTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCCGCTGGTAGCCCTTGCCGCTCAGGCGCTTGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGc < 2:97591/150‑1 (MQ=255) ttgGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGAcc > 1:18098/1‑150 (MQ=255) ggCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCtt < 2:344241/150‑1 (MQ=255) aaCACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTc > 1:298876/1‑150 (MQ=255) acGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTg < 1:772637/150‑1 (MQ=255) tACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCg > 1:97242/1‑150 (MQ=255) gACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAg > 1:387261/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTc > 1:552740/1‑150 (MQ=255) gTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTc > 2:761893/1‑150 (MQ=255) gtcgtAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGc > 1:422187/1‑150 (MQ=255) gtAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGtt > 1:41406/1‑150 (MQ=255) gtAGATGTCCAGCAGGTGGCCCTTGCCGAGGAGGTTCTCGGCGCGTTCTGGGAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGGCGGTGCCGGCCGTGAAGCTCAGGCCCAGGAGGGGGACCTTGCGGTGGGCGTGGGCTTGGATCAGGTGGAAGGCggt > 2:672663/1‑148 (MQ=255) gaaagcccgctggtggaactggccgagcgcctgatcggcaagggctaccagcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTg > 2:209225‑M2/53‑150 (MQ=255) tCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCAcc > 2:546246/1‑150 (MQ=255) ccgctggtggaactggccgagcgcctgatcggcaagggctaccagcTGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGtt > 1:67001‑M2/47‑141 (MQ=255) ccgctggtggaactggccgagcgcctgatcggcaagggctaccagcTGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGtt < 2:67001‑M2/95‑1 (MQ=255) cAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGt > 1:428039/1‑140 (MQ=255) cAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGt < 2:428039/140‑1 (MQ=255) aGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCt > 1:809713/1‑76 (MQ=255) aGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCt < 2:809713/76‑1 (MQ=255) aGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGc < 2:387261/150‑1 (MQ=255) aGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGc > 1:174032/1‑150 (MQ=255) TAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAgg < 1:391987‑M1/130‑1 (MQ=255) TAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAgg > 2:391987‑M1/1‑130 (MQ=255) ggaactggccgagcgcctgatcggcaagggctaccagcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCt < 2:659531‑M2/97‑1 (MQ=255) ggaactggccgagcgcctgatcggcaagggctaccagcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCt > 1:659531‑M2/39‑135 (MQ=255) ccTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTg < 2:258812/106‑1 (MQ=255) ccTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTg > 1:258812/1‑106 (MQ=255) ccTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTtgc < 2:422187/150‑1 (MQ=255) ccTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTtgc > 2:442219/1‑150 (MQ=255) aTCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATc < 2:363740/150‑1 (MQ=255) tCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCa > 1:670624/1‑150 (MQ=255) tCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCa < 1:154553/150‑1 (MQ=255) ggCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCg > 2:174778/1‑150 (MQ=255) gcgcTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCTGTGCCGGCCTCCGAACGCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGa < 1:8605/150‑1 (MQ=255) gcTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGt < 2:552740/150‑1 (MQ=255) ccAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGACTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGTCGacca < 2:174032/150‑1 (MQ=255) tCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGTCGAGCAGCGGt < 1:285847/150‑1 (MQ=255) accagcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGTCGAGCAGCGGTGCa > 1:94479‑M2/7‑150 (MQ=255) gcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGtt > 1:3134‑M2/3‑97 (MQ=255) gcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGtt < 2:3134‑M2/95‑1 (MQ=255) gcGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGTCGAGCAGCGGTGCACGGa < 1:442219‑M2/148‑1 (MQ=255) | GTTGAGCAGCGACGACACGTGCGGGATCTTCGACTCGATGTAGTCCTTGTTGGCGCCGTGAACACGGGCGTACTGGACGTTCTCGTCGTAGATGTCCAGCTGGTAGCCCTTGCCGATCAGGCGCTCGGCCAGTTCCACCAGCGGGCTTTCGCGCAGGTCGTCGGTGCCGGCCTTGAAGCTCAGGCCCAGCAGGGCGACCTTGCGCTTGTCGTGGGCTTCGATCAGCTCGAAGGCGTTCTGCACCTGCGATTCGTTGCTGCGCATCAGCGAGTCGAGCAGCGGTGCACGGA > NC_002947/1473085‑1473374 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |