New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2747292 = | 29 (0.920) | 3 (0.100) | 3/240 | NT | 10.0% | coding (520/1287 nt) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
? | NC_002947 | 2747314 = | 26 (0.850) | coding (498/1287 nt) | PP_2402 | sensor histidine kinase |
GCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGTGCGCATTGGGCCCCGG > NC_002947/2747165‑2747460 | gcCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGccag‑ccag > 2:486227/1‑150 (MQ=255) ccTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAgg < 2:34336/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGCGTTGCAGGCCACGGCAGCGTAACGCGCCGCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGGACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTa < 2:841415/149‑1 (MQ=255) gggCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTAcaca < 1:414893/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGCGGTTGTCCACTGCCTTGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACacagcaaca < 2:116654/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACacagcaaca > 1:551374/1‑150 (MQ=255) ggccgacggcgcgccactgaccatcgacgtgacgccagcaccggtcccggtagcccgttggttgcccgtggtgctgctgattcagctggctgtgctgttgctgtgtacctggccaggcgtaccgccagccaGGTACACAGCAacagcaca < 2:574169‑M2/19‑1 (MQ=255) ccACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAacagcacag > 2:303418/1‑150 (MQ=255) cTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGcac > 2:667197/1‑150 (MQ=255) tCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGGGAG‑GCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGcacc > 1:732998/1‑150 (MQ=255) tCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAacagcacagc < 2:545561/131‑1 (MQ=255) tCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAacagcacagc > 1:545561/1‑131 (MQ=255) acgtgacgccagcaccggtcccggtagcccgttggttgcccgtggtgctgctgattcagctggctgtgctgttgctgtgtaccTGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTaca > 1:415535‑M1/84‑111 (MQ=255) acgtgacgccagcaccggtcccggtagcccgttggttgcccgtggtgctgctgattcagctggctgtgctgttgctgtgtaccTGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTaca < 2:415535‑M1/28‑1 (MQ=255) gCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGcaacca > 1:288453/1‑150 (MQ=255) cTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGcaaccaa < 2:772409/150‑1 (MQ=255) tttCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGcaaccaac > 1:765438/1‑150 (MQ=255) gTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCg > 2:655879/1‑150 (MQ=255) ttGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCgg < 1:486227/150‑1 (MQ=255) aaCGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGAc < 2:551374/150‑1 (MQ=255) gTCAGGGTGGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCGAGACGGGTTAGGGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGt > 2:652582/1‑150 (MQ=255) ttGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTCCCGCCAG‑CCAGGTACacag < 2:825773/68‑1 (MQ=255) ttGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACacag > 1:825773/1‑68 (MQ=255) tGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGAGTCACGTCGATGGTCAGTGgcgc < 1:667197/150‑1 (MQ=255) ggCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTc < 1:303418/150‑1 (MQ=255) gCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCg > 1:491522/1‑150 (MQ=255) cAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGc < 1:515833/150‑1 (MQ=255) tgtgctgttgctgtgtaccTGGCT‑GGCGGTACGCCTGGCCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGcc < 2:574169‑M1/131‑1 (MQ=255) gTTAGCCGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGGACCACGGGCCACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTc < 1:61001/150‑1 (MQ=255) gggCCGATGGCCAGGAGTAAAGACAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAAAGGGCTAACGGGAACGGTGCTGGAGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGAGACGTCGGCCAGCTTCAGGTgc > 2:601563/1‑150 (MQ=255) ggCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTgcg > 2:697396/1‑150 (MQ=255) tgtacctggctggcggtacgcctggccaGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGt < 2:415535‑M2/83‑1 (MQ=255) tgtacctggctggcggtacgcctggccaGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGt > 1:415535‑M2/29‑111 (MQ=255) cGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCt > 1:55911/1‑150 (MQ=255) CCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGt > 1:655879‑M1/1‑150 (MQ=255) aGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGTgc < 1:697396/150‑1 (MQ=255) cGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTg > 1:739512/1‑104 (MQ=255) cGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTg < 2:739512/104‑1 (MQ=255) ccaGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGTGCGCATTGGGCCCCgg < 1:574169‑M2/147‑1 (MQ=255) ccaGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGTGCGCATTGGGCCCCgg > 1:468688‑M2/4‑150 (MQ=255) ccaGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGTGCGCATTGGGCCCCgg < 1:68216‑M2/147‑1 (MQ=255) | GCCTGCAGGGCGTTGAAGGCCACGGCAGCGTAACGCACCTCGCGTGGGCCGCTTTCATCCAGTTGAACGCCGGGCTGGTCCGGGTCGAGGTTGTCCACTGCCTGGGCCAGACGGGTTAGCGGGCCGATGGCCAGGCGTACCGCCAG‑CCAGGTACACAGCAACAGCACAGCCAGCTGAATCAGCAGCACCACGGGCAACCAACGGGCTACCGGGACCGGTGCTGGCGTCACGTCGATGGTCAGTGGCGCGCCGTCGGCCAGCTTCAGGTGCGCCTGGAAGTGCGCATTGGGCCCCGG > NC_002947/2747165‑2747460 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |