| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 337784 = | 58 (1.330) | 15 (0.440) | 14/208 | 1.6 | 29.5% | intergenic (‑31/+98) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 337868 = | 26 (0.750) | intergenic (‑115/+14) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease | |||||
GGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCG > NC_002947/337726‑338010 | ggTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGGGGCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtcagg > 1:36650/1‑149 (MQ=255) ggggCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGTAAGGATGTGTGGTCGTTTTGAGCCCCGCTTCGCGCGCACGCCCGCTCTCACAGGTATAGCGCCA‑CTTTCAAGGTTTGCGCCACACCTGTGGGGGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAgg < 2:897177/150‑1 (MQ=37) gttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgcttcgcgggcacgcccgctcccacaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcaggcgtgcccgcgaagca > 2:86078‑M2/130‑131 (MQ=255) gttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgcttcgcgggcacgcccgctcccacaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcaggcgtgcccgcgaagca < 1:86078‑M2/2‑1 (MQ=255) tGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggca < 2:543313/150‑1 (MQ=255) aTGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCT‑CCTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGGGTGCCGGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGACTTGGCAGGCAt > 2:738547/1‑150 (MQ=38) gtggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAgcg > 1:777516/1‑150 (MQ=255) tggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAgcgc > 1:659585/1‑150 (MQ=255) tggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAgcac > 1:659473/1‑148 (MQ=255) gtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtcagt > 1:1077762/1‑105 (MQ=255) gtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtcagt < 2:1077762/105‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCtt < 2:777516/150‑1 (MQ=255) tgCTTCGCGGGCACGCCTGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc < 1:86078‑M1/129‑1 (MQ=255) tgCTTCGCGGGCACGCCTGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc > 2:86078‑M1/3‑131 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 1:376583/150‑1 (MQ=255) tctTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGaa < 2:642766/150‑1 (MQ=255) CGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGTGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCt > 2:36650‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt > 2:659585‑M1/1‑150 (MQ=255) GCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAGCACTCCAGCAGCTTGAAGCCtt > 2:659473‑M1/1‑150 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCa < 2:1079545‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCAt < 1:506375‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 1:431994‑M1/150‑1 (MQ=255) ccacaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTgg > 2:558537‑M2/65‑91 (MQ=255) ccacaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTgg < 1:558537‑M2/27‑1 (MQ=255) CACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:743668‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 1:158829‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 2:932803‑M1/150‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCt > 1:320346‑M2/63‑86 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCt < 2:320346‑M2/24‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCt < 1:1047585‑M2/24‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCt > 2:1047585‑M2/63‑86 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag > 1:861093‑M2/63‑92 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 2:861093‑M2/30‑1 (MQ=255) ggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 2:200877‑M2/84‑1 (MQ=255) ggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 1:200877‑M2/60‑143 (MQ=255) GTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAc < 2:454702‑M1/150‑1 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAg < 2:158829/150‑1 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAg < 2:506375/150‑1 (MQ=255) gcgcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt > 2:405907/1‑150 (MQ=255) gcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt > 2:591013‑M2/54‑150 (MQ=255) cgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTa < 1:591013‑M2/98‑1 (MQ=255) ccA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt < 2:744453/120‑1 (MQ=255) ccA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt > 1:744453/1‑120 (MQ=255) ca‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa > 2:290537/1‑150 (MQ=255) ca‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 1:405907/150‑1 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCt > 1:990868/1‑150 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCt > 2:690800/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTgcg > 1:214897/1‑150 (MQ=255) gTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTgcg < 1:690800/150‑1 (MQ=255) gcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCga < 1:1079545‑M2/115‑1 (MQ=255) gcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCca > 2:634317/1‑88 (MQ=255) gcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCca < 1:634317/88‑1 (MQ=255) cacCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAagaaga < 1:290537/150‑1 (MQ=255) tgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTc > 1:224486‑M2/26‑150 (MQ=255) tgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGACCACGCCTTTGGCGAAGAAGATTTCCa > 2:529043‑M2/24‑150 (MQ=255) tgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCa < 2:431994‑M2/127‑1 (MQ=255) tgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCa > 1:83518‑M2/24‑150 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCa > 2:214609‑M2/8‑86 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCa < 1:214609‑M2/79‑1 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCATAGCACACGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCg > 1:465924‑M2/8‑150 (MQ=255) | GGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCG > NC_002947/337726‑338010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |