| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5690111 = | 21 (0.790) | 8 (0.320) | 6/262 | 2.2 | 28.5% | coding (288/402 nt) | pilG | pilus biosynthesis/twitching motility protein PilG |
| ? | NC_002947 | 5690143 = | 20 (0.790) | coding (256/402 nt) | pilG | pilus biosynthesis/twitching motility protein PilG | |||||
AAAGTAGGACCGCGCCATGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGCACATCGACGAAAATGATACTGGG > NC_002947/5689967‑5690254 | aaaGTAGGACCGCGCCATGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCcgcg < 1:197225/150‑1 (MQ=255) cgcCATGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGaa < 1:133126/150‑1 (MQ=255) gcCATGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGa < 2:28220/148‑1 (MQ=255) gcCATGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGa > 1:28220/1‑148 (MQ=255) aTGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAgg < 2:634063/150‑1 (MQ=255) gaccatcagcccagtatcattttcgtcgatgtgctgatgccacgcctggacggctaccagacctgcgcttcaagcaagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCGATGGCCTTGTCGAACAGGCCATc > 1:111014‑M1/122‑150 (MQ=255) ccatcagcccagtatcattttcgtcgatgtgctgatgccacgcctggacggctaccagacctgcgcggtaatcaagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCGATGGCCTTGTCGAACAGGCCATcgc < 1:615833‑M1/31‑1 (MQ=255) atcatcccagtatcattttagtcgatgtgctgctgccacgcctggacggctaccagacctgcgcggtaatcaagcacaacagtgccttcaaggtcaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCGATGGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCgg > 2:615833‑M1/118‑150 (MQ=255) atcagcccagtatcattttcgtcgatgtgctgatgccacgcctggacggctaccagacctgcgcggtaatcaagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGga > 1:145164‑M1/118‑150 (MQ=255) ggTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGgac < 2:159485/150‑1 (MQ=255) gCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAgg < 2:173800/150‑1 (MQ=255) tgttgtTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGCTCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATa > 1:309569/1‑150 (MQ=255) gTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGgtgt > 2:637444/1‑150 (MQ=255) gTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGgtgt > 2:382097/1‑150 (MQ=255) acaTGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACtgttg < 1:90936/150‑1 (MQ=255) cgcgGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGa < 1:571989/150‑1 (MQ=255) gctaccagacctgcgcggtaatcaagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCgg > 1:604542‑M1/70‑100 (MQ=255) gctaccagacctgcgcggtaatcaagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCgg < 2:604542‑M1/31‑1 (MQ=255) aagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCgg > 1:457934‑M1/47‑77 (MQ=255) aagcacaacagtgccttcaaggacaccccggttatcctgctgtcgtCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCgg < 2:457934‑M1/31‑1 (MQ=255) gCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAg < 2:359398/150‑1 (MQ=255) tGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGc > 1:422486/1‑150 (MQ=255) ggCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTgga > 1:198948/1‑149 (MQ=255) ggCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGc < 1:88218/150‑1 (MQ=255) gTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGc < 1:637444/150‑1 (MQ=255) gTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGc < 1:382097/150‑1 (MQ=255) gAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGCACATc > 2:20427/1‑150 (MQ=255) aaCCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGCACATCGACGAAAATGa > 1:263332/1‑150 (MQ=255) caccCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGCACATCGACGAAAATGATACTggg < 1:20427/150‑1 (MQ=255) | AAAGTAGGACCGCGCCATGGCGGGGCTCGGTCAGGGTGCGTGTTGTTGAGGTGCGGCAAACCCGGGCACATGGGCGCGGATCGCGTCGAGCAGTTCTTCCTTGCTGAACGGCTTGGTCAGGAACTGATCGGAACCGACCACCCGCCCGCG‑‑GGCCTTGTCGAACAGGCCATCGCGGGACGACAGCAGGATAACCGGGGTGTCCTTGAAGGCACTGTTGTGCTTGATTACCGCGCAGGTCTGGTAGCCGTCCAGGCGTGGCATCAGCACATCGACGAAAATGATACTGGG > NC_002947/5689967‑5690254 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |