| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1583554 | 93 (1.050) | 6 (0.070) | 6/234 | NT | 6.1% | intergenic (+68/+50) | ttgR/PP_1388 | HTH‑type transcriptional regulator TtgR/EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| ? | NC_002947 | = 1583575 | 95 (1.130) | intergenic (+89/+29) | ttgR/PP_1388 | HTH‑type transcriptional regulator TtgR/EmrB/QacA family drug resistance transporter | |||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCGGAACGTTTC > NC_002947/1583405‑1583702 | tgtCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAACTGGGTCGACACGGGGCTGGATATGCTGCGATTGAGCCCGGCTATGGGCAAATGATACTGTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTCGTTCCCTTTTGTATTAAGGGGGTATTAAGGGCATGgccgcc > 2:917295/1‑150 (MQ=255)tgtCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGTTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCCCC > 2:857854‑M1/1‑150 (MQ=255)tgtCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCC < 2:1748760‑M1/150‑1 (MQ=255) tGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCgg < 2:2207733/141‑1 (MQ=255) gATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCgcag < 1:571270/150‑1 (MQ=255) tGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGAATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCgcagca < 2:957323/150‑1 (MQ=255) tCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGcaca > 2:80271/1‑150 (MQ=255) tCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGcaca > 2:782049/1‑150 (MQ=255) gAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGt > 1:2291889/1‑138 (MQ=255) gAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAg < 1:1148012‑M2/150‑2 (MQ=255) cGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGc > 2:238445/1‑150 (MQ=255) acCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAgg < 1:1015267‑M2/136‑3 (MQ=255) acCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAgg > 2:1015267‑M2/1‑134 (MQ=255) gCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGc < 1:1127546/150‑1 (MQ=255) tGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCttgtgctgcgaacagccgcagggcggccatgccct < 1:1077148‑M1/141‑36 (MQ=255) tGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCttgtgctgcgaacagccgcagggcggccatgccct > 2:1077148‑M1/1‑106 (MQ=255) tGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCCGCTGGTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGt < 1:2371752/150‑1 (MQ=255) ggATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTa < 2:2031771/150‑1 (MQ=255) atatGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTGTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGc < 1:80271/150‑1 (MQ=255) ctgcGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCa > 1:1653589/1‑150 (MQ=255) tgcGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAg > 2:1154902/1‑150 (MQ=255) ccGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCGTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCaa > 1:1043665/1‑150 (MQ=255) ggCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGc > 2:1372822/1‑91 (MQ=255) ggCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGc < 1:1372822/91‑1 (MQ=255) tctGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCCGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGcc > 2:170700/1‑150 (MQ=255) tctGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGcc < 2:1470187/150‑1 (MQ=255) tctGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATCATGGTCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGCCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGcc < 1:782049/150‑1 (MQ=255) cgcAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGc < 1:136050/124‑1 (MQ=255) cAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTCTTGGGTTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCTAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCgg > 2:943729/1‑150 (MQ=255) aaaTGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTc < 1:242125/86‑1 (MQ=255) aaaTGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTc > 2:242125/1‑86 (MQ=255) aaaTGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGc > 2:756230/1‑128 (MQ=255) aaaTGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGc < 1:756230/128‑1 (MQ=255) aaaTGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCggg < 1:1154902/150‑1 (MQ=255) gACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAg < 1:917295/150‑1 (MQ=255) gACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAg < 1:1443593/150‑1 (MQ=255) 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ttAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGt > 1:1452431/1‑101 (MQ=255) ttAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGt < 2:1452431/101‑1 (MQ=255) ttAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCg > 2:914763/1‑131 (MQ=255) ttAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCg < 1:914763/131‑1 (MQ=255) ttAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGcc > 2:790198/1‑150 (MQ=255) aGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCa > 1:839532/1‑150 (MQ=255) 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aGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTc > 2:295396/1‑113 (MQ=255) aGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTc < 1:295396/113‑1 (MQ=255) aGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCAGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGTAGCTg > 2:416497/1‑150 (MQ=255) gggCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAg > 2:541861/1‑59 (MQ=255) gggCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAg < 1:541861/59‑1 (MQ=255) gggCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGc > 1:795261/1‑150 (MQ=255) gggCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGc < 1:700764/150‑1 (MQ=255) gCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGcc > 2:120027/1‑149 (MQ=255) cATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAggcggccatgcccttaatacccccttaacacaaaggggaaaca > 1:1168554‑M2/1‑31 (MQ=255) cATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAggcggccatgcccttaatacccccttaacacaaaggggaaaca < 2:1168554‑M2/74‑44 (MQ=255) cATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCgg > 2:777913/1‑150 (MQ=255) tGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCGGaa < 2:643867/150‑1 (MQ=255) ggCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGCCCGCACTCCCCAGCAGCAGCTGCCGGAAc < 1:1771636/150‑1 (MQ=255) ccgccCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAggcggccatgcccttaatacccccttaacacaaaggggaaacactccctcacaatccttaacaaagt < 2:218199‑M2/93‑68 (MQ=255) ccgccCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAggcggccatgcccttaatacccccttaacacaaaggggaaacactccctcacaatccttaacaaagt > 1:218199‑M2/1‑26 (MQ=255) ccgccCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCGGAACGt > 2:1027284/1‑150 (MQ=255) gccCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCGGAACGttt > 1:2247826/1‑150 (MQ=255) ccttgtgctgcgaacagccgcagggcggccatgcccttaatacccccttaacacaaaggggaaacactccctcacaatccttaacaaagtgtcatttgcgcagagccgggctcaagcgcagcatatccagcccggt < 1:1015267‑M1/136‑135 (MQ=255) cccTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCGGAACGTTTc < 1:857854/150‑1 (MQ=255) | TGTCGATCTGTTGGGTGATGTCGAAAAATGGGTCGACACCGGGCTGGATATGCTGCGCTTGAGCCCGGCTCTGCGCAAATGACACTTTGTTAAGGATTGTGAGGGAGTGTTTCCCCTTTGTGTTAAGGGGGTATTAAGGGCATGGCCGCCCTGCGGCTGTTCGCAGCACAAGGCGGCTCTTGCAGCGAGTGCGTAGCCTTCAGCGGCCGCGCAATTGCCGGTCGGGCAAGGCCAGTGCCGCAAGCAGTCCCAGCACCGCGACGACCGCACTCCCCATCAGCAGCTGCCGGAACGTTTC > NC_002947/1583405‑1583702 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |